ImageJ實用技巧——面積測量綜述(定量分析篇)
面積測量，是ImageJ中最常用的功能之一，之前的教程中沒有對這一功能進行過多的說明。
而越來越多的同學在使用ImageJ測量面積時，出現了各式各樣的問題。
這一篇穩重會對怎樣利用ImageJ進行面積測量作更的全面敘述，包括手動、半自動和自動框選等類型，旨在讓大家對面積測量有更深入的理解，掌握更多面積檢測的方法，同時根據所舉出的例子，找到適合自己的測量方法。
面積測量的Workflow很簡單，只需要兩步：
1、選出感興趣的區域（ROI）——即圖像分割
2、Measure
面積測量的本質其實就是圖像的分割，圖像分割的好壞直接決定了結果的好壞。
區域的框選又可以分為三種類型：
1、自動框選（Threshold、Analyze Particles、Color Threshold）
2、半自動框選（魔法棒工具）
3、手動框選（矩形、圓形、Free hand工具等）
下面會對這三種類型逐一說明並舉例：
第一步：告訴ImageJ你要測面積這一參數（Analyze -> Set Measurements）
在Set Measurements界面勾選Area。
情景一：自動框選（Threshold、Analyze Particles、Color Threshold）
1、整體面積（Image -> Adjust -> Threshold）
圖像轉為8-bit後，通過調整閾值，框選出細胞，然後Measure得到整體的面積。要求所選區域的灰度值，與周圍區域有明顯的差別。
2、單個細胞面積（Analyze -> Analyze Particles）
圖像轉為8-bit後，通過調整閾值，框選出細胞。如果細胞之間有重疊，還需要進行細胞分割。然後Analyze Particles，得到單個細胞的面積。
可參考這篇文章：
Treasure琛：ImageJ實用技巧——單個細胞平均熒光強度自動檢測(定量分析篇)
3、RGB彩色圖像面積（Image -> Adjust -> Color Threshold）
對於RGB圖像，通過顏色、飽和度、亮度等參數的調節，可以選取到顏色統一的區域。通常適用於免疫組化圖像分析等。例如下圖，通過調整Color Threshold可以選取到葉子深綠色的部分。
情景二：半自動框選（Wand tool）
利用魔法棒工具（Wand tool）中的圖像分割演算法，自動識別出區域邊界，要求所選區域與周圍區域具有明顯的界限。
可參考這篇文章：
Treasure琛：ImageJ實用技巧——快速區域選取(基礎功能篇)
例如可以魔法棒工具勾選皮下脂肪，從而進行面積測量。
情景三：手動框選測量（各種框選工具）
利用矩形、圓形、多邊形和Free Hand、Selection Brush Tool等工具，把想要測量的區域框選出來，然後Measure。面積測量的Golden rule其實還是手動框選。
該情景適用於所選區域與周圍差別不大，無法利用上述自動框選出來的情況。例如下圖無法利用調整閾值和魔法棒工具框選出每一層，需要利用Selection Brush Tool，框選出大腦切片的不同分區。
可參考這篇文章：
Treasure琛：ImageJ實用技巧——腦片分層灰度值統計(定量分析篇)
綜上所述，面積測量的方法很多，需要多嘗試才能找到最合適的。
如果對於ImageJ使用有什麼問題可以私信我，或者給我發郵件：zhaoyc9@163.com
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ImageJ實用教程
希望對大家有幫助~
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