代謝組專題| 代謝組學樣本收集指南
代謝組學研究的樣本主要是尿液、血漿或血清、唾液，以及細胞和組織的提取液等。由於代謝譜容易受到眾多因素的影響，收集代謝組學研究的樣本需要根據實驗設計、樣本特徵進行嚴格的控制，考慮收集的時間、樣本的保存條件和保存時間等的平行性。特別是臨床生物樣本不易控制，要考慮受試患者和健康對照人群之間的年齡、性別、飲食狀況、作息習慣、體重、用藥情況等因素的匹配。這些因素的改變均可導致代謝譜的變化，影響實驗結果。
特別注意：
樣本採集需要馬上進行萃滅：快速使組織或細胞內的酶失活，防止代謝物的變化。液氮速凍是常用的萃滅方式。
1.人和動物組織類樣本收集
適用於心、肝、脾、肺、腎、腸、腦、肌肉等。
1.樣本量要求
GC-MS，LC-MS實驗200 mg/樣本。
2.樣本收集步驟
1）如果組織上有血，用生理鹽水漂洗掉。
2）根據具體實驗設計取特定的部位，200 mg/樣本裝入離心管中。
3）標號後迅速放入液氮中冷凍處理至少15 min，-80 °C凍存；乾冰寄送。
2.糞便、腸道內容物樣本收集
1.樣本量要求
200 mg/樣本，避免反覆凍融。
2.樣本收集步驟
收集到新鮮糞便或腸道內容物樣本後，分裝樣本200 mg/管，建議分裝15~20管備用，立即用液氮速凍處理15 min，-80 °C凍存，乾冰寄送。
3.注意事項
由於糞便/腸道內容物中有非常多微生物，其代謝速度很快，反覆凍融會對代謝水平有很大影響。建議樣本收集後，按照200 mg/樣本進行分裝凍存。
3.植物類樣本收集
1.葉片、莖、花
1.1 樣本量要求
GC-MS，LC-MS實驗200 mg/樣本。
1.2 樣本收集步驟
取整片葉片/一段莖/一朵花，用錫箔紙包裹並標記後，迅速放入液氮中冷凍處理至少15min。取出後迅速放入自封袋中(每組一袋)，在自封袋中放入標籤紙註明樣本信息。迅速放入-80°C凍存，乾冰寄送。
1.3 注意事項
1）採集葉片樣本時，最好在中午光照好的時間收集。
2）要根據實驗設計，採集樣本時保持樣本一致性，尤其是同一組樣本（如顏色、衰老程度、葉脈佔比、光照、位置等）。
2.根
2.1 樣本量要求
GC-MS，LC-MS 實驗500 mg/樣本。
2.2 樣本收集步驟
1）取整株植物的根部，迅速用1×PBS漂洗掉根上的泥土。
2）根據具體實驗設計取植株根特定的部位，500 mg/樣本裝入離心管中。
3）標號後迅速放入液氮中冷凍處理至少15 min。-80 °C凍存，乾冰寄送。
2.3 注意事項
1）PBS 漂洗要快。
2）由於根部組織特別脆弱，被擠壓後會變成漿糊狀，所以推薦保存至離心管中，而不是錫箔紙包裹。
3.果實、種子
3.1 樣本量要求
GC-MS，LC-MS 實驗200~500 mg/樣本。
3.2 樣本收集步驟
1）對於含多汁、塊頭較大的果實（番茄、西瓜、蘋果等）需要先用鋒利的刀分割成「均勻」合適的小塊(≈200 mg/樣本)分裝至2 mL離心管中，標號後迅速放入液氮中冷凍處理。
2）對於細小的顆粒種子(擬南芥種子、穀物種子等)，可以先將同一組的植株種子混勻後再分裝(≈200 mg/樣本)至離心管中，標號後迅速放入液氮中冷凍處理。
3）對於要求對整個果實進行提取的（整粒葡萄等），需要把果實裝在50 mL離心管中/自封袋中，標號後迅速放入液氮中冷凍處理。
3.3 注意事項
1）對多汁的果實進行取樣很難保持均一性(如番茄、皮、果肉、果瓤、籽的佔比)，建議將整個果實進行研磨、凍干，對粉末進行稱重分裝。
2）不推薦用錫箔紙包裹。
4.微生物樣本收集
適用樣本：大腸桿菌、枯草桿菌、釀酒酵母菌、惡臭假單胞菌、酵母、棒桿菌屬、單胞藻、運動發酵單胞菌、氧化葡萄糖酸桿菌等。
1.菌體數量
需要菌體的數量為：1×108 （一次實驗的用量）。一般OD600≈0.6時，細菌處於生長指數，其濃度為108 cell/mL。此標準為經驗值，需根據自己實驗室具體情況進行調整。
2.取樣步驟
1）將1~2 mL菌液轉移到離心管（進口）中。
2）1000 g離心10 min收集菌體（1×108個細胞為宜），棄上清。
3）用預冷的PBS小心重懸清洗沉澱一次，4 °C 1000 g離心10 min收集菌體，棄上清。
4）再用PBS重懸並離心一次，倒掉PBS（盡量倒乾淨），將離心管的尖端插入液氮中，萃滅細胞沉澱1 min。-80 °C凍存，乾冰寄送。
3.注意事項
1）請先拿空離心管的尖端插入液氮中試試離心管的質量，如果不破則沒問題。
2）微生物代謝速度非常快，所有的步驟需儘快完成。
3）菌體數量不同樣本間需要保持一致。
4）OD值供參考，需要根據具體情況確認。
4.微生物培養液（研究胞外代謝）取樣步驟
方法一：培養好的菌液混勻後，取10 mL菌液，用0.2 μm孔徑的過濾膜進行快速抽濾，去除菌體。將濾液按1 mL/well進行分裝，‐80 °C凍存，乾冰寄送。
方法二：培養好的菌液混勻後，取1 mL菌液，3000 rpm，4 °C離心10 min，取上清800 μL，‐80 °C凍存，乾冰寄送。
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