560個乳腺癌全基因組測序說明了什麼？Nature刊兩文解析

乳腺癌基因測序，這個詞對於很多人不再陌生。無論是商業界還是學術界，對乳腺癌的探索總是蔚然成風。5月2日，《Nature》分析了560個乳腺癌全基因組序列，鑒定出了與乳腺癌相關的93個基因以及其他一些非編碼區的突變，同時在《Nature Communications》繪製了乳腺癌基因組突變的過程。

在Wellcome Trust Sanger研究所Serena Nik-Zainal博士的引領下，研究人員分析了560個乳腺癌基因組，其中556份女性樣本，4份男性樣本，患者來自美國、歐洲及亞洲。結果發現了93個編碼蛋白的癌症基因可能攜帶驅動突變。一些非編碼區域表現出較高的突變頻率，但大多數為非驅動突變。研究人員將突變特徵的分析拓展至基因組重排，揭示了12個鹼基置換和6個鹼基重排突變。3個重排突變（包含重複和缺失）與基於同源重組的DNA 修復缺陷有關：其中一個與BRCA1基因缺陷有關，一個與BRCA1或BRCA2功能缺陷有關，另外一個原因未知。此外，研究人員分析了外顯子、內含子及基因間隔區所有類型的體細胞突變，展示了癌症基因庫及突變過程，對乳腺癌細胞遺傳基礎的綜合理解提供了參考。

與乳腺癌相關的93個基因

本項研究找到的93條基因，黃色高亮的為與乳腺癌相關的新基因，或有新的證據將它與乳腺癌進行聯繫。

尋找突變

該研究結果不僅揭示了乳腺腫瘤的成因，還提供證據表明乳腺癌基因的高度個性化。每個人的癌症基因組是一個完整的歷史變化過程，受精卵發展至成年人，也是細胞中的DNA積累突變的過程，這是因為人類DNA不斷受到環境因素的影響從而受損，這些損傷形成了一定的模式或稱為突變特徵，為癌症病因提供線索。

研究人員尋找了促使癌症生長的突變，並搜尋每個患者的突變特徵，結果發現，攜帶BRCA1或BRCA2基因的女性，患乳腺癌及卵巢癌的風險增加，這類患者之間的癌症基因圖譜差別很大，並與其他類型的乳腺癌有很大的差異，這一發現有助於對患者的精準分類治療。

Nik Zainal博士說，在未來，我們希望能夠繪製個體腫瘤基因組，從而能為女性或男性提供最可能成功的乳腺癌治療方案，這與實現癌症個性化治療又進了一步。」

此外，確定乳腺癌基因組中的突變位置也很重要。本研究的共同作者，歐洲生物信息學研究所Ewan Birney博士利用計算機技術來分析每個樣本的基因組序列，他說，「眾所周知，癌症基因組中的遺傳變化以及變化的位置影響著患者對癌症治療的反應。多年來，我們一直在試探索DNA中的非編碼區是否在癌症發展過程中發揮作用。這項研究給我們展示了首個大規模的乳腺癌基因組，為乳腺癌的發生提供了一些新的見解，並描述了某些乳腺癌的突變類型。」

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