1260年,忽必烈封薩迦派高僧八思巴為國師。此後,藏傳佛教開始在元代蒙古族上層貴族社會傳播。並且以元朝江南釋教都總統楊璉真迦的促使下,在南方地區等地建立了蒙古人心中的藏傳佛教廟宇石刻,之前文章中提到過的杭州寶成寺與飛來峰石刻造像都是元代的遺留在江南地區的藏傳佛教遺迹。
2.第二次接觸為1578年,土默特部阿拉坦汗與格魯派精神領袖索南嘉措在青海湖畔的仰華寺進行會面會談,阿拉坦汗認索南嘉措為「聖識一切瓦齊爾達賴喇嘛」,皈依藏傳佛教格魯派,並且宣布薩滿教為非法開始,以至於第四世達賴喇嘛出生於阿拉坦汗的家族中,藏傳佛教格魯派正式在蒙古族上下層傳播。