清朝的統治之一：平藩與南巡
康熙親政後，「以三藩及河務、漕運為三大事，夙夜廑念，曾書而懸之宮中柱上」。
康熙雖是清朝第二個皇帝，卻面對開國皇帝必須解決的諸多問題。儘管順治在位十八年，但清朝並未有效地統治全國。順治初清兵南下，先後進佔廣東、四川、貴州和雲南，清廷封吳三桂為平西王，留鎮雲南；封尚可喜為平南王，留鎮廣東；封耿仲明為靖南王，其子耿繼茂（耿精忠父）襲封，留鎮福建。吳、尚、耿三人原皆明朝將領，清兵入關前後先後降清。
「三藩」，即吳三桂、尚可喜及子之信、耿仲明及子繼茂、孫精忠三支割據勢力所轄藩鎮。三藩各據一方，互通聲氣，廣布黨羽，勢成割據，嚴重威脅著清朝的統治。
三藩都以打仗起家，十分懂得掌握兵權的重要。當時吳三桂在雲南擁兵六萬，平南、靖南二藩，根據朝廷定額分別統兵七千五百名與七千餘名，實際擁兵遠超此數。三藩中數吳三桂兵馬最多、裝備最好，故有「平西甲兵素稱精銳」之說。順治一朝財政收入大半用於兵餉，且每年入不敷出。
順治十七年（1660年）「會計天下正賦止八百七十五萬餘兩，而雲南一省需銀九百餘萬，竭天下之正賦，不足供一省之用。」（《清世祖實錄》卷136）
康熙帝目睹三藩勢焰日熾，已成尾大不掉的態勢，就委派大吏出任雲南、貴州、廣東、廣西與福建等省的總督、巡撫，以牽制三藩的權力，財政上亦給以一定限制。康熙十二年（1673年）帝下撒藩令，削去三藩的權力，收回他們盤踞的地盤。吳三桂、耿精忠與尚之信發動叛亂。經八年戰爭，終於平定了三藩叛亂。
八年戰亂給南方諸省帶來新的浩劫。浙東很多地方「衣食全無」，「難民牛種全無」。廣東合浦（今屬廣西）等縣，「人民之逃亡死徙十不存一」。貴州「自鎮遠以上數百里，人煙斷絕。而貴陽省會之區，凋殘尤甚，百姓流離失所，真繪圖難盡也」。雲南「拋荒田地，死徙人丁，在在有之」。
清廷為了安定民生，首先陸續廢除三藩虐政。康熙十九年除免耿、尚二藩在廣東、福建所設收稅私行。二十年又停其「總店」。在雲南，將「藩下官兵侵佔民田」，「察出給還小民」，又盡行除去吳三桂時加派的賦稅。
為了加強對南方各省的統治，對於接受招撫的耿、尚二藩屬下官兵，一律撤歸京師。吳三桂部屬中參將、游擊以下人員調往東北。同時增設廣州、福州等地的八旗駐防。廣西與雲南歸由綠營兵鎮守。
平定三藩之亂後，康熙帝終於有較多時間、精力考慮如何治理河患了。「清初治河，必兼治運」。元、明、清三朝定都北京，但其地糧食不能自給，加上統治者巨額消費和軍事需要，每年均須由南方輸入大批糧食。縱貫南北的大運河把政治中心與經濟重心連接起來，運輸糧食獨恃運河。
清代大運河分七段，其中淮陰至揚州段稱里運河。里運河北端的淮安與清口，為黃河、淮河、運河交匯之處，上有洪澤湖，下有寶應、高郵、邵伯諸湖，南通長江，東連大海，河道縱橫交錯，地形、水系甚為複雜。黃河泛濫，運河必壞。清初33年，黃河決口計51次，以致改道，奪淮入江，河水逆入清口，倒灌洪澤湖，合淮水并力沖運堤。江北里運河一線，黃、淮、湖、運聯成一片，變為澤國，以致運堤崩坍，漕運阻塞，漕糧無法及時運到京師，嚴重影響糧食安全。
康熙帝親政之初，便意識到治河乃立國之本，並把治理黃、淮、運三河作為治國理政的第一要務。清軍入關後，設置河道總督，簡稱「總河」，專管河務。又設漕運總督，簡稱「總漕」，專管漕運。二總都有自己的軍隊，分稱「河標」與「漕標」。康熙十七年授安徽巡撫靳輔為河道總督，察審河務，以期一勞永逸解決之。
靳輔籌審全局，制定了「將河道運道一體，徹首尾而合治之」的方案，在黃、淮、運三條河道同時興工，大規模治黃修運。
康熙二十三年（1684年）康熙帝首次南巡途中，視察了治河工程，肯定靳輔功績，同時決定解決靳輔一時無力兼顧的蘇北下河地區水患。這一地區包括高郵、寶應、興化、鹽城等七州縣，地勢低洼，黃河泛濫時，洪水經洪澤湖與運河流入此地，泥沙淤塞河道與入海口，「民間廬舍田疇（常年）被水淹沒」。於是，康熙帝決定將「入海故道浚治疏通」，並委派于成龍專管此事。對此，靳輔提出不同意見，並與于成龍辯論，但未能阻止工程進行，他本人也因其它案件而被革職。
康熙二十八年（1689年）帝第二次南巡，閱視河工，了解到江南淮安一帶民人船夫均稱譽靳輔，同時親見其浚治的河道堤岸修築堅固。返京後，康熙隨即「諭獎輔所繕治河深堤固，命還舊秩」，也就是補發俸祿。
此後的八九年內，康熙忙於徵討，無暇顧及三河的治理，加之河道總督皆不勝任，以致疏浚海口的工程勞師而無功，黃河防務亦時常告急。三十八年（1699年）康熙第三次南巡，提出新的治河方案，包括將黃淮交匯處河堤向東延伸，使淮河斜行流入黃河，包括將清口以西黃河彎曲處「挑挖引河，乘勢取直」，加快黃河流速，使洪澤湖水流入黃河。次年，任命張鵬翮為河道總督，按照新方案施工。四十二年（1703年）各項工程相繼完工，成效顯著。康熙又於四十二年、四十四年（1705年）、四十六年（1707年）先後三次南巡，親臨視察。
康熙六次南巡後，清朝政局基本穩定，社會經濟得到恢復，黃河、淮河、運河的治理大見成效，水災得以緩解，清朝統治進入全盛期。
平定三藩之亂後，康熙帝外出巡幸逐漸頻繁。據統計，從1681-1722年的四十年中，外出巡行的時間每年超過200天的有十一年，100天以上的有二十四年，一個月以上的有七年。每年至少有三分之一的時間，是在巡行途中度過的。
康熙外出巡行，以「木蘭秋獮」和六次南巡最為重要。木蘭圍場建於1681年，位於今河北省圍場縣。每年秋季，康熙都要率王公朝臣及滿漢兵丁來此地圍獵。屆時，內蒙古四十九旗、喀爾喀蒙古四部以及新疆天山北路之蒙古諸部及南路之維族首領，均輪班隨圍陪獵。每次行圍結束，照例盛宴隨圍各部王公，並進行摔跤、賽馬等活動，賞賜甚厚，意在籠絡蒙古各部，加強滿蒙貴族聯盟，以確保滿清王朝長治久安。圍場建成後，康熙帝幾乎每年都要來此行圍，足見極為重視。
康熙也極為重視江南蘇州、松江、常州、鎮江、江寧及杭州、嘉興、湖州等地。此地自唐末以來就是經濟重心文化重鎮，但自清初以來，這裡的抗清鬥爭此起彼伏，滿族與漢族的矛盾激化，如閻應元等保衛江陰；黃淳耀、侯峒曾等堅守嘉定；陳子龍、夏允彝等起兵松江；漁民赤腳張三等活躍於太湖周圍；浙江四明山區的抗清軍聲威遠播……此處也是清初思想文化最活躍的地區。以黃宗羲、顧炎武等為代表的一批傑出學者的動態與向背，對清朝統治的確立至關重要，對全國也有較大的影響。康熙六次南巡，除指授治水方略外，也有擴大清朝統治基礎、加強滿漢統治聯盟的考量。
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