清朝與漢、唐、宋、明四朝不同,統治權掌握在一個少數民族手中,而與元朝相同。無論滿族還是蒙古族,都想把政權掌握在一個民族手中。但元朝與清朝並不是皇帝一個人掌權的,在他的背後有整個民族的擁護與支持。
清朝把全國分為兩個不同的部分:主國與藩屬。主國包括內地十八個行省,藩屬則指邊疆民族地區。前者由六部管轄,後者則由理藩院管轄。理藩院與六部並列,專司邊疆民族地區的軍政、司法、宗教等事務,最早叫蒙古衙門,1638年改名理藩院。清軍入關後,隨著清軍在邊疆地區統治權的不斷擴大,理藩院的職能愈益擴大,併兼理某些外交方面的事務。理藩院的組織形式與六部大致相同,設尚書、侍郎等職,但都用滿人與蒙古人,不用漢人。
孫中山稱這種體製為「主國、藩屬之制」。
清朝最突出的貢獻是統一全國,促進了多民族國家的形成,奠定了大中國的版圖。中國自秦漢以來就是統一國家,但不同時期情況複雜,統一與割據錯綜交替。明朝後期,東北、西北、西南廣大地區處在中央政府有效管轄之外。有的地區與明王朝長期對抗,兵戎相見。有的地區接受中央的羈縻,但非明朝號令所能及。明王朝實際管轄的地方只有內地的十幾個行省。
清朝取得全國統治權後,大力經營邊疆地區。經過清統治者的長期努力,原來處於分裂狀態的中國重新統一,版圖得以鞏固。
明朝末年,居住在中國北部的漠南蒙古16個部49個領主奉清為共主,漠北喀爾喀蒙古和漠西、青海等地厄魯特蒙古也先後向清廷輸誠納貢。清統治者入山海關建立全國性政權後,繼續進行統一事業。厄魯特蒙古準噶爾部首領噶爾丹等不願臣服清廷,並乘清朝平定三藩之亂用力安輯南方之際,舉兵進犯喀爾喀及漠南蒙古,擾亂清朝統一全國的部署。為削除這個割據勢力,清廷竭康熙、雍正、乾隆三朝之力,多次對準噶爾用兵,終於在1757年平定準噶爾部,鞏固了對天山北部蒙古等族聚居地區的統治。蒙古各部,除貝加爾湖布里雅特蒙古外,皆歸入清朝版圖。
清統治者在統一蒙古各部的過程中,吸取歷代中原王朝敗於北方民族的教訓,總結與蒙古族長期交往的經驗,制定並實施盟旗制度,以分化蒙古各部,控制蒙族上層貴族。
早在入關前後,清廷就按八旗組織原則,在其原有社會基礎上編製旗分,陸續安置歸附的蒙古各部。到1771年土爾扈特部蒙古返歸中國後,全蒙古部眾悉數納入盟旗體制。