基於腫瘤新抗原neoantigen的癌症疫苗治療之八：種瓜得豆的neoantigen演算法

讀文章有時候會發現一些有趣的八卦， 當然都藏在細節裡面， 我這幾天等Catherine Wu的新文章等到無聊，於是跑去看德國組的RNA疫苗文章，發現了一點有趣的事。

Nature在文章最後感謝了一位實名的審稿人：

有趣的是，Nature 請這位審稿人為德國組和美國組的這兩篇文章寫了新聞評論：

我一般都會看這樣的配發評論，裡面的內容經常引人深思，不過知乎上的作者我還沒有看到過有這樣習慣的人。

評論文裡面提到一個有趣的細節，先說說背景：

癌症細胞免疫療法和疫苗療法的核心是經抗原呈遞細胞(APC)將腫瘤新抗原(Ag)通過細胞表面的MHC複合物分子呈遞給免疫細胞的受體(TCR)識別，從而產生識別腫瘤新抗原的CD8+殺傷性T細胞(CTL)來清除腫瘤。

所以， 目前的neoantigen演算法都是基於配合CD8+細胞的MHC I複合物設計的， 而不是根據配合CD4+細胞的MHC II複合物設計的。 理論上，基於這樣演算法的癌症疫苗產生的應該以CD8+細胞克隆為主要產物。

但是，德國組和美國組得到的結果正好相反，主要的克隆都是CD4+細胞克隆。

Surprisingly, both studies found that the neoantigens represented in the vaccine that were recognized by CD4+T cells generated a greater immune response, as assessed by analysis of molecular markers to determine immune cell activation, than was observed for the neoantigens in the vaccine that were recognized by CD8+T cells. Yet Ott and colleagues algorithm did not specifically search for neoantigens that were predicted to be presented by MHC class II proteins, and the algorithm used by Sahin et al. was better at predicting the antigens that bind to class I MHC proteins than those that bind to class II.

Catherine Wu在報告的時候也提到這件事，她也不知道原因。 我想，應該還是neoantigen演算法的缺陷， Catherine Wu這篇Nature文章的演算法還是NetMHCspan2.4, 2017年升級到4.0版，即使是4.0版比她2017年的新演算法也要差不少。

總結一下，兩位大佬本來的目的是種瓜的(CD8+ T細胞）， 結果得到的主要是豆(CD4+ T細胞）， 還好，豆也管用， 暫且過關。