Nature子刊高分DIA文章解讀，助你找到科研新思路

前言

PCT-SWATH:高壓循環-衛星掃描質譜技術

PCT技術(Pressure Cycling Technology)，在由程序設定的超高壓和標準大氣壓之間的循環能夠誘導基質和蛋白質的溶解，促進和加速蛋白質水解，可用於蛋白質組樣品的製備。對於臨床樣本，PCT也可以滅活潛在的污染傳染性微生物，能夠在最大程度上還原樣本的原始狀態。

SWATH技術(Sequential Window Acquisition of all Theoretical fragmentions), 指的是在質譜過程中連續採集每個窗口中母離子及其碎裂離子，等同於DIA （ Data-Independent Acquisition ）：一種新的數據非依賴型的質譜數據採集方式，採用MS/MS二級定量，可以對傳統蛋白質組學研究的相關樣本進行更準確的定性和定量分析；並能將生物樣本中蛋白質信息轉化為數字文本的形式，從而實現蛋白信息的永久保留。

PCT-SWATH技術結合了循環壓力技術（PCT）質譜連續窗口分段式掃描技術（SWATH），可以實現對質譜產生的海量蛋白數據進行反覆分析，相互比較和數據挖掘，從而來發現和量化特異的蛋白表達情況，並最終獲得一些疾病變化的標誌物或者探尋某些疾病發生背後的相關分子機理。

將組織活檢樣品快速質譜轉換為永久定量數字蛋白質組圖譜

基本信息

材料：組織活檢樣品

期刊：Nat. Med.

影響因子：32.621

文章摘要

本質上，每個臨床樣本都是獨特、珍貴，並且不可複製的。像組織切片那樣的小樣本，常常會被有限的幾個分析項目所瓜分。我們這裡提出了一個方法，可以快速穩定地將組織樣本（約切片大小）轉化為一份數據文檔，永久地存貯這個樣本經質譜分析得到的蛋白質組結果。這個方法結合了循環壓力技術（PCT）質譜連續窗口分段式掃描技術（SWATH）。我們可以在電腦中反覆對產生的海量蛋白譜圖進行分析，相互比較和數據挖掘來發現和量化特異的蛋白表達情況。在這片文章中，我們用這個方法將來自9個腎癌病人的18個組織切片分別轉化為SWATH-MS多肽離子碎片譜圖，並從這些譜圖中對2000個蛋白樣本進行定性和定量分析。 我們發現腎組織切片的蛋白質組測序結果具有很好的可重複性，而且能完全將腎癌病人和健康人，以及不同組織形態的腎癌亞型區分開來。

方法流程

小鹿點評

PCT技術是一種基於循環超高壓的快速破碎微量樣品的技術，具有速度快、損失少、操作簡便、保真度高等特點，結合SWATH（DIA模式）的全範圍掃描技術，特別適合大隊列（幾十上百甚至上千個樣品）、少量樣品（比如組織活檢樣品）蛋白組批量分析。文章採用PCT-SWATH技術進行腎癌樣品的批量分析，不僅能區分健康組織和腫瘤組織，還能實現對癌症的分子分型，進一步的，該方法還可以應用於藥物功能分析、突變功能分析等多個研究領域，是從蛋白組層面進行大隊列分析的理想方法。

文獻來源

Guo T. et al., Rapid mass spectrometric conversion of tissue biopsy samples into permanent quantitative digital proteome maps. 2015, Nat Med.

近期，由中國生物化學與分子生物學會蛋白質組學專業委員會（CNHUPO）主辦，第十屆中國蛋白質組學大會定於 2018 年 11 月15 日 -17 日在廣州市召開。作為國內蛋白組學，代謝組學服務提供者，上海鹿明生物科技有限公司受邀參加本次盛會，屆時推出熱門技術服務——蛋白質譜技術:DIA(Data-Independent Acquisition)。