15號染色體q11.2區單拷貝缺失的遺傳分析

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首先感謝家屬允許我分享這個案例用於產前遺傳診斷的科普，孕婦在孕期19周通過染色體微陣列技術發現15號染色體存在約512 kb的單拷貝DNA缺失， 位置是chr15: 22,770,421- 23,282,798. 測序報告說NIPA1, NIPA2, CYFIP1 和TUBGCP5這4個基因是OMIM基因， 可能造成發育遲緩，語言障礙，行為障礙等等， 外顯率10.4%。然後家屬向我求助。

下面是我的分析流程：

第一步， 使用人類基因組瀏覽器查對相關區域，看看基因分布， 結果如下：

測序的生物公司標註了左側和中間的4個基因(NIPA1, NIPA2, CYFIP1和TUBGCP4)， 漏掉了最右邊的GOLGA6L1基因。

第二步， OMIM致病突變的校對：

我發現只有NIPA1有OMIM突變數據，其他基因都沒有， 我無法了解報告中「外顯率10.4%」這結果怎麼來的。

第三步， 看OMIM資料庫的原始注釋：

TUBGCP4是隱性遺傳， 證明少一個沒事。

CYFIP1沒有疾病注釋。

NIPA2 也沒有疾病注釋, 但是下面注有讓我產生興趣的文獻， 注意#3和 #4：

第4步， 醫學文獻複查：

細讀文獻#3和#4之後發現， NIPA2基因突變在白人中很罕見，但是在中國的漢族人群中伴隨在癲癇的高風險。

再複查ClinVar資料庫，有且僅有一例報道，來自德國：

這一結果支持中國學者的NIPA2基因是單倍體缺陷致病基因理論。

另外NIPA1基因的遺傳模式是顯性而非隱性， 再加上這兩個NIPA基因的得名來自於NONIMPRINTED GENE IN PRADER-WILLI SYNDROME/ANGELMAN SYNDROME CHROMOSOME REGION 1, 這涉及到兩種基因印記相關的遺傳病，這裡我就不細說了。

綜上所述， 我個人的分析結論是因為這段染色體微缺失最大的影響是NIPA2基因單拷貝缺失， 在漢族人群中具有癲癇的高風險， 加上NIPA1基因的單拷貝缺失，進一步增加胎兒異常的風險。