繪製回歸分析結果的森林圖，R和Stata軟體學起來！

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在上一期的內容中，我們向大家介紹了如何通過GraphPad Prism和Excel軟體來繪製森林圖，從而使得回歸分析的結果能夠可視化。在本期內容中，我們再來介紹兩款進階的常用軟體——R和Stata，教大家進一步玩轉森林圖。

我們仍然以2016年發表在JACC雜誌上的這篇文章《A Prospective Natural History Studyof Coronary Atherosclerosis Using Fractional Flow Reserve》為例，利用文章中的Table 3多因素回歸結果來繪製森林圖。

R——統計作圖神器

R作為一個90後，在數據處理、統計分析、計算繪圖等方面，儼然已經成為了一顆新星。尤其是R在繪圖方面的突出表現，憑藉強大的程序資源包，以及漂亮、高質量的圖形輸出，獲得了一大片死忠粉的擁護。

下面我們就來介紹一下，如何通過R簡單的4行代碼，來繪製回歸分析結果的森林圖。

1. 安裝forsetplot程序包（繪製森林圖）和haven程序包（導入SPSS文件）

install.packages("forestplot")

install.packages("haven")

2. 載入forsetplot和haven程序包

library(forestplot)

library(haven)

3. 準備數據文件並導入R

3.1 數據錄入

本文以SPSS軟體數據錄入為例，錄入格式如下：

3.2 數據導入

#用read_sav函數導入SPSS文件並命名為ForestPlot

ForestPlot <- read_sav("C:/資料庫存儲路徑/Forest Plot.sav")

#用attach函數將其添加到R的搜索路徑中，作為當前默認數據框

attach(ForestPlot)

4. 利用forestplot函數繪製森林圖

forestplot(as.matrix(ForestPlot[,1:3]), HR, LowerCI, UpperCI, graph.pos=2, zero=1, graphwidth_=unit(50,"mm"), lineheight="auto", boxsize=0.1, xticks=(c(0.5,1.0,1.5,2.0,2.5)), col= fpColors(all.elements = "black"))

以上參數是forestplot函數最基本的一些設置，最終生成的森林圖如下圖所示。當然還有很多其他參數可以對圖形細節進行進一步修飾，大家可以自行嘗試一下。

Stata——Meta分析全才

Stata功能強大，且操作簡單，在Meta分析中，Stata相對於RevMan（Meta分析最常用的經典款軟體）來說，它除了可以完成普通的二分類變數和連續型變數的Meta分析，還可以進行Meta回歸分析、累積Meta分析、診斷試驗、劑量反應關係等幾乎所有的Meta分析方法，同時也可以對發表偏倚進行Egger』s檢驗，進行敏感性分析等，因此Stata被認為是Meta分析的全才，繪製森林圖當然就不在話下。

下面我們以Stata 14為例，來介紹如何繪製回歸分析結果的森林圖。

1. 安裝Meta分析模塊

1.1 在命令框輸入search meta dialog，點擊Meta分析模塊的安裝包鏈接，並點擊click here to install進行安裝，安裝成功後顯示installation complete。

另，在命令框輸入ssc install metan 也可以進行安裝。

1.2 在命令框輸入help meta dialog，在彈出的界面中找到Menu creation commands，將代碼進行複製，如下圖所示。

1.3 點擊Window → Do-file Editor → New Do-file Editor，將剛剛複製的代碼粘貼上去。注意：複製粘貼的時候每一行代碼要完整，避免出現換行的現象。然後保存為profile.do文件，放在Stata默認保存的位置。

1.4 放置成功後重新啟動，你會發現在User工具欄下面就多出了一個Meta-Analysis的菜單及豐富的子菜單，下面我們就可以利用這個菜單進行繪圖了。

2. 繪製森林圖

2.1 數據錄入：點擊Data → Data Editor → Data Editor（Edit）

2.2 點擊User → Meta-Analysis → Of Binary and Continuous(metan)，按照下圖所示進行設置，點擊OK完成操作。

2.3 Stata繪製的森林圖如下圖所示。在Graph界面點擊Start Graph Editor，也可以對圖形細節進行進一步調整，這裡不再詳述，留給大家自行嘗試。

以上是通過Stata的窗口界面進行設置來繪製森林圖，圖形輸出的同時，在命令框也會顯示對應的命令，熟練的同學也可以直接輸入命令簡單快速的完成森林圖的繪製。

metan hr lowerci upperci, label(namevar=variables) fixed effect(HR) xlabel(0.5,1, 1.5,2,2.5) force nowt nooverall nobox null(1)

通過兩期的內容，我們向大家介紹了4款不同的軟體來繪製回歸分析結果的森林圖，當然如果覺得以上方法還不夠用，繪製森林圖的軟體也還有很多，比如進行Meta分析最經典的基本款RevMan，統計分析老大SAS等等，有興趣的同學可以嘗試一下哈。

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