PCR 引物不用愁,一個網站全搞定

PCR 引物不用愁,一個網站全搞定

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還在為設計 PCR or qPCR 引物耗損腦細胞嗎?

還在為 P 不出條帶而不斷摸索條件費時費力嗎?

還在為 P 出了條帶,but,有 N 條條帶而糾結痛苦嗎?

下面,筆者將介紹一個神奇的網站,只有輸入你想研究的基因名,就能找到合適的引物。

PrimerBank

PrimerBank 是一個 PCR 引物的公共資料庫。 其引物可以用於 PCR 或 qPCR,共包含超過 306 800 個引物,涵蓋大多數已知的人和小鼠基因。

有幾種方法可以搜索 PrimerBank 上的引物:GenBank 登錄號,NCBI 蛋白質登錄號,NCBI 基因 ID,Gene Symbol,PrimerBank ID 或 Keyword。

下面將以 GAPDH 舉例說明怎麼利用 PrimerBank 來查找引物:

1打開網站主界面

2在 search for PCR primer 的 Search by 下拉菜單中選擇想通過所查基因的什麼信息來查找引物,一般知道基因名稱的話,選擇 NCBI gene symbol(如果不知道所查基因的基因名是否為 gene symbol,則選 Keyword。例如大家熟知的 β-acting,其 gene symbol,也就是官方大名其實是叫 ACTB);

Species 中選擇物種 human or mouse;

For text 中填入想查基因的 gene symbol;

之後,Submit

可以看到針對 GAPDH 的不同對引物,具體序列,長度,Tm 值以及在其 cDNA 上位置等一些列信息

點擊「Click here for cDNA and amplicon sequence」,可以得到這對引物擴增的片段序列及位置:

紅色標記為上下游引物,藍色標記為引物之間的擴增序列:

超級方便有木有,大家快去試試吧~


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