貓眼綜合症？22號染色體q11區微擴增的深度遺傳分析

來自專欄罕見遺傳病的基因檢測和藥物治療12 人贊了文章

感謝家屬允許我將這個複雜案例發表在知乎上，希望能幫助到更多人。

開宗明義第一句，判斷染色體的微擴增是否有害比判斷染色體的微缺失是否有害要難得多。今天突然接到4位家屬向我諮詢，為了以後不會有人問我類似的問題，我決定寫下每個案例發布在知乎上，以後同樣的案例看我的文章就可以了，不要來找我， 這樣既節省我的時間，也節省你的金錢， 皆大歡喜。

案例是這樣的， 孕期28周羊水穿刺後染色體微陣列檢測發現22號染色體q11區11.1~11.21區域出現局部擴增， 位置是16,888,899-18,631,873.

第一步， 基因組瀏覽器看這個區域的基因分布：

哎呀，這麼多基因，我眼都花了，多一份是否有害呢？

生物公司出具的報告倒是輕鬆， 註明有幾個OMIM基因在這一區域，

問題是基因組瀏覽器上OMIM的標註一般是突變， 不含正常基因拷貝的擴增。

公司的報告又說此區域包含貓眼綜合症的染色體變異區域， 我趕緊去查貓眼綜合症：

In individuals with CES, the short arm and a small region of the long arm of chromosome 22 (i.e., 22pter-22q11) are present four times (partial tetrasomy) rather than twice in cells of the body. In a small number of people with CES, the 22q11 region is present in 3 copies (partial trisomy).

貓眼綜合症的結構區是10.5Mb, 而這個胎兒的微擴增區域是其中的1.7Mb, 只佔16%， 我是不敢下貓眼綜合症的結論的。而公司的報告就拿貓眼綜合症作為結論了， 給我挖了一個深坑。

拋開四處檢索的悲慘遭遇不說， 一步一步的說說這個染色體結構變異的來龍去脈， 更準確的描述應該是22號染色體q11區域的局部擴增，從左到右逐步放大， 見下圖：

胎兒的變異位置在圖C裡面的16.9Mb-18.6Mb， 綠色長方形的上半部分。

我懶得吐槽醫院遺傳專家和生物公司的判斷了， 下面繼續深度分析。已經確定這個異常是22號染色體q11區域的局部擴增， 臨床上的病人表型相差很大，有的幾乎正常，這種情況下給孕婦出具意見是冒著生命風險的，相信各位看官能夠體會。

最關鍵的實錘證據是找到具有相似染色體位置擴增的病例， 這就要人老命了， 坦白說我是虧本了， 我就不說我讀了多少文章了， 關鍵證據在下面這篇。

收錄了下面7位病例：

4號病人的數據17,276,972-18,691,704和諮詢案例16,888,899-18,631,873非常接近：

High-resolution genomic analysis using the Agilent 44K oligonucleotide array demonstrated that the duplication in Patient 4 extends between probes mapping to nucleotides 17,276,972 bp and 18,691,704 bp。

諮詢案例的微擴增區域比發病的4號病人大接近400kb, 主要在左邊界。

基於這一結果，初步判定該案例的癥狀不會輕於4號病人。

這個案例最費時的地方是需要檢索大量醫學文獻找到與諮詢案例染色體結構變異非常近似的病例，然後推出結論， 所以我才說我虧大了。