不敢苟同OMIM和ClinVar的殺生丸

來自專欄罕見遺傳病的基因檢測和藥物治療9 人贊了文章

對於做遺傳諮詢的人來說，OMIM, ClinVar 等資料庫就是權威， 而對於遊戲人間的妖怪殺生丸來講，不合理的解釋，哪怕是OMIM和ClinVar, 大妖殺生丸也是無法接受的。

今天處理的案例就是這種情況， 患兒全外顯子測序找出突變在HUWE1基因，OMIM/ClinVar判定是特納氏智力障礙， 但是我覺得有問題。

OMIM的注釋如下：

ClinVar的截屏如下：

先說明一下，患兒四肢畸形，所以我很關心OMIM的原始文獻中的病人表型是否符合：

Tuner1994年的原文圖片：

智力發育有問題，但是四肢沒有問題。

再看OMIM 的第二篇文獻：

Clinical Features of the Three Families with Missense Mutations in HUWE1

Family A323

This large family, with linkage to the pericentromeric

region of the X chromosome including the HUWE1 gene,

has been reported previously.18 In brief, all affected males

in the family were nondysmorphic and had macrocephaly

and moderate MR. All heterozygous females were also

macrocephalic and had significant degrees of learning

difficulty.

一共3個家系，我節選了其中一個，但是所有3個家系都沒有四肢畸形。

附帶說一句，這篇文章的一作Froyden等人2012年發表了新的進展， 證明智力發育遲緩和HUWE1基因的擴增有關係。

至於ClinVar資料庫記錄的HUWE1基因突變案例， 我的判斷是有些是正確的，但是有些對不上的，負責的醫生就不註明是特納氏智力障礙。

我的個人判斷是下面這篇報道：

同樣是外顯子測序發現HUWE1基因錯義突變，但是這篇文章的判定是Juberg-Marsidi and Brooks綜合症。

Additional features were brachydactyly, decreased musculature of the distal legs, foot deformation (right foot everted, left foot with midfoot varus)

這些描述符合患兒的癥狀， 所以我個人判斷傾向於Juberg-Marsidi and Brooks綜合症， 而不是特納氏智力障礙。

小結： 我知道絕大部分中國醫生和測序公司拿到測序報告後就將結果告知家屬了，這報告還附有 美國ABMGG證書認證的醫生簽名， 這就是最後結論了。 OMIM只有這一種病的記錄， 那報告當然就會說是這個病。

但是我看了患兒的照片和OMIM的原始文獻之後，發現兩者對不上， 所以我要說， 我不贊同測序公司出具的遺傳分析報告。

寫到這裡，讀者應該可以明白， 各大測序公司的遺傳分析報告其實都是使用軟體從OMIM資料庫裡面調取裡面的記錄， 而ClinVar資料庫其實也是基於OMIM之上的，OMIM沒有記錄的結果，就不會出現在公司的遺傳分析報告上， 而國內的醫生，也沒有時間去校對患兒的表型是否和OMIM資料庫中原始文獻的表型相符合。

OMIM那幫人其實只是從醫學文獻中摘錄數量輸入資料庫而已， 從我的實驗室走到他們那裡也就幾分鐘。有些人會認為OMIM是絕對正確的，而我不然，寫下這篇文章，是為了患兒的家長，也是提醒國內做醫學遺傳分析的諸位，不要過於迷信OMIM/ClinVar, 知其然，還需要知其所以然。