如何查找組織特異表達性基因
來自專欄腸道菌群
相信很多小夥伴在研究中會有查找組織特異性表達基因的需求，但百度後會發現，一無所獲：我在bing上檢索關鍵詞「tissue-specific expression genes database」，發現了很多相關的資料庫，分享如下：
TiGER
Tissue-specific Gene Expression and Regulation
TiGER (TIGER:Tissue-specific Gene Expression and Regulation)是由Johns Hopkins University 建立的資料庫，基於NCBI EST數據，共有30個人類組織，可以按照基因，轉錄因子，組織檢索，也可以下載；缺點就是數據有些陳舊。
TiSGeD
the Tissue-Specific Genes Database
TiSGeD (Tissue-SpecificGenesDatabase) 是由廈門大學建立的，目前該版本已經不維持了，最新版本是PaGenBase，鏈接如下，該資料庫目前涵蓋的物種很多，動植物都有。
PaGenBase
THE HUMAN PROTEIN ATLAS
該資料庫是蛋白水平上的，也可以檢索，基於是蛋白質組數據，用途很廣泛。
The Human Protein Atlas
GTEx
現在不得不說，強大的GTEx項目了，該項目由NIH資助，旨在了解基因變異如何影響基因表達這一生物學問題。GTEx的表達譜數據來源於175名死者身上採集的1641個屍檢樣本，這些樣本來自身體43個不同的部位，包含5萬4千個基因的測序信息。
https://gtexportal.org/home/#
該項目的研究成果在Nature有個Collections，匯總該項目的進展及發表的論文。最近的研究表明，90%個體的特定組織基因表達異常高或低，受基因附近的罕見突變影響。
BioGPS
此外，BioGPS也提供了基於79種人和61種小鼠的組織表達晶元數據的資料庫。
your Gene Portal SystemGeneCards
有蛋白表達水平的數據
https://www.genecards.orgHuman BodyMap 2.0 data
有16個人類組織的RNAseq數據，可以自由下載分析，提供了相應的BAM文件。
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