推廣 | 生命科學中的R語言如何施展拳腳？

作為一種背負著數據統計分析、繪圖神聖使命的語言，R語言想必大家都早已久聞大名。它現在基本上已經成為了

數據統計分析的必備工具

科研工作中必學必用的一款神器

今天，小編對於常見的軟體包的使用，管理和安裝，以及一些便捷的設置與各位看官進行一個簡單的介紹：

1、默認鏡像設置

由於網路問題，CRAN的鏡像往往需要我們提前選擇，每次安裝包均選擇一次大家是否有抓狂的感覺呢？別急，在

linux下面建立一個~/.Rprofile 文件

，輸入如下代碼：

local({r <- getOption("repos")

        r["CRAN"] <- "http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/"

        r["CRANextra"] <- "http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/"

        options(repos=r)})

則自動將CRAN定位到中國科學技術大學的鏡像網站，下載速度比之前快了很多哦~

2、設置bioconductor鏡像

bioconductor是目前生物類主要的R包工具，包括ggtree，DeSeq2等軟體均在bioconductor，安裝過程同樣痛苦，仍然是源的問題，可以使用國內的鏡像。同樣

在.Rprofile中鍵入

以下內容：

options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

3、設置package檢查

在R中安裝包的時候不管之前有沒有安裝過，總是會直接覆蓋重新安裝一遍，浪費很多時間。由此可以通過下面的方式提前進行檢查，跳過已經安裝完成的軟體：

        if(length(which(installed.packages() == package))==0){

                installed.packages(package,Ncpu=8)

        }else{

                print(paste(package," is already installed", sep=""))

        }

4、安裝Task View

在R中，已經準備了很多將R包整理後的集合，成為Task Views。比如Phylogenetics View 是將CRAN中收錄的與系統發育樹相關的R包進行安裝。節省了很多查看包的時間。Task 網頁在

https://cran.r-project.org/web/views/

上，安裝方式：

install.packages("ctv")

library("ctv")

install.views("Econometrics") # 以Econometrics為例，安裝所有與經濟學有關的包

5、非X11環境畫圖

R語言在linux下默認調用X11模塊進行畫圖，如果沒有安裝X11，或者在計算節點上進行畫圖，常規的畫圖就不行了，可以使用如下的方式  

options(bitmapType="cairo")

調用cairo包進行圖形計算和繪製。

6、安裝到個人目錄

在伺服器中，ROOT許可權和其他許可權對R的安裝有些差異，

R的安裝位置可以用.libPaths設置

。

So essy! 該R語言操作指南，小編花費了幾年的心血為各位提煉出來，希望能幫助更多在科研海洋中掙扎的同僚。但天不遂人願，小編還是被反饋出現各種形形色色的問題，其中最大的問題就是，R語言會安裝、簡單使用了，最終

如何將所研究的項目的數據用R語言作出需要的結果

。

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