首發丨腫瘤數據挖掘還在用TCGA？這個資料庫你絕對沒聽過！2

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上期初步介紹了TARGET資料庫，今天繼續。

沒看過上期的小夥伴，直接戳下面鏈接就可以進。

首發丨腫瘤數據挖掘還在用TCGA？這個資料庫你絕對沒聽過！（一）

TARGET為選定的兒科癌症生成了大規模基因組數據，並提供了訪問許可權，其目的在於發現兒童癌症的治療靶點，並將這些發現轉化為臨床應用。

下面我們就來簡單介紹一下TARGET資料庫的數據類型，下載方法等。

數據類型

Genome-Scale Characterization

通過晶元以及測序的檢測得到癌症以及癌旁的數據，從而分析其基因結構和表達的變異。不同類型的數據可以單獨分析，也可以多組學分析來構建更為全面的基因組圖譜。

Sequencing

使用第二代和第三代測序技術，對癌症和配對癌旁樣本進行測序，分析兒童癌症中 mutations, gene fusions以及其它的一些變異。此外，在ALL和NBL項目中使用了靶向測序。

Open vs Controlled Access

由於TARGET對於患者的隱私有嚴格的保護，因此，數據分為兩類： open or controlled access。這兩種數據都可通過 TARGET Data MatrixOpens來訪問。

Open Access Data

這種類型的數據是經過驗證和解析的數據，無法識別單個患者，但此類數據可以用於分析。研究者可以通過點擊TARGET Data MatrixOpens中任何標有「Open」的鏈接來訪問這些數據。

Controlled Access Data

這類數據包含特定的患者/腫瘤信息以及原始數據，此類數據可用於進行複雜的生物信息學分析。但此類數據只有獲得DUC才能進行訪問和下載。

下載介紹

The Data Matrix （https://ocg.cancer.gov/programs/target/data-matrix）可以鏈接到TARGET的open and controlled access 數據。用戶可以通過點擊相應的文本鏈接來獲取特定的數據。下載示例如下：

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3. Pan-cancer genome and transcriptome analyses of 1,699 paediatric leukaemias and solid tumours（February 28, 2018）

相信大家對TARGET資料庫已經有了一定的了解，也一定有一些疑問！

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