測序數據分析工具大全 | Public Library of Bioinformatics

08-09

目前有不少用於基因組裝配和比對的程序和演算法，但是該選哪一個呢？許多序列分析的專家認為，這取決於基因組的大小、讀取有多長，以及採用的是哪種測序技術。通常，軟體還需要優化，以滿足每個實驗室的獨特需求。在此，我們整理了這些數據分析工具的信息，供大家參考。

Alignment與mapping:

BLAT:http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start

Bowtie:http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml

CABOG:http://sourceforge.net/apps/mediawiki/wgs-assembler/index.php?title=Main_Page

CLUSTALW:http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2

LAGAN & Shuffle-LAGAN:http://lagan.stanford.edu/lagan_web/index.shtml

MUGSY:http://mugsy.sourceforge.net

MUMmer:http://mummer.sourceforge.net

Assembly:

SOAPdenovo:http://soap.genomics.org.cn/soapdenovo.html

Abyss 1.3.0:http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/abyss/releases/1.3.0

Arachne & AllPath:https://www.broadinstitute.org/scientific-community/science/programs/genome-sequencing-and-analysis/computational-rd/computational-

TotalReCaller:http://bioinformatics.nyu.edu/wordpress/projects/totalrecaller

Velvet:http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet

VISTA tools，包括AVID:http://pipeline.lbl.gov/run5details.shtml

ABI數據分析軟體：http://www.appliedbiosystems.com/absite/us/en/home/applications-technologies/solid-next-generation-sequencing/ngs-data-analysis-software.html

Illumina的軟體：http://www.illumina.com/software.ilmn

ION PGM測序儀的社區：http://www.iontorrent.com/forum/

另外附上一些精選的數據分析工具：

名稱	鏈接	評論
基因組重測序
Bwa	http://bio-bwa.sourceforge.net	比對工具
Dindel	http://sites.google.com/site/keesalbers/soft/dindel	小的插入/缺失發現
Erds	http://www.duke.edu/~mz34/erds.htm	拷貝數變異發現
Pindel	http://www.ebi.ac.uk/~kye/pindel/	小的插入/缺失發現
Samtools	http://samtools.sourceforge.net	操控比對後數據的工具
Sequence Variant Analyzer	http://www.svaproject.org	在基因組背景下顯示變異
Chip-Seq
Findpeaks	http://vancouvershortr.sourceforge.net
RNA-Seq
Cufflinks	http://cufflinks.cbcb.umd.edu	測定轉錄本丰度
Tophat	http://tophat.cbcb.umd.edu	剪接點定位
De Novo拼接
Oases	http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/oases/	根據轉錄組數據拼接
基因組瀏覽器
Integrated Genome Browser	http://www.bioviz.org/igb/
Integrative Genomics Viewer	http://www.broadinstitute.org/software/igv/

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