推薦一款大牛級藥物基因組學資料庫，你不看看么？

前幾日,朋友圈被一篇"史上最全癌症靶向葯(2016)"的文章刷屏了。很多童鞋私信小編, 既然提到靶向，肯定是只針對一部分人的，那麼問題就來了：哪些藥物明確提出需要基因檢測？藥物和基因的信息可以從哪裡總結?藥物劑量有沒有哪些指南可以參考？藥物相關的代謝通路有哪些？為了拯救常常面臨這些疑問的童鞋們，小編覺得很有必要給大家介紹一款這方面大牛級的資料庫。而且，它是免費的！這個資料庫的名字說來有點長，叫做遺傳藥理學和藥物基因組學資料庫PharmGKB (the pharmacogenetics and pharmacogenomics knowledgebase)。它是由美國國立衛生研究院（NIH）創建，收集了史上最完整的與藥物基因組相關的基因型和表型信息，並將這些信息系統地歸類。截至2016年7月，該資料庫收錄了與3579 種藥物和3410種疾病相關27007個基因的資料。如果我們點擊主頁上的「Search」，就能很容易地查看這些資料。

如果你想知道哪些藥物需要對患者提前進行基因檢測？點擊「Drug Lables」就行啦！

這裡能查看來自FDA，EMA，PMDA，HCSC等機構的詳細建議，包括哪些藥物需要做基因檢測，以及檢測哪些基因，一目了然。有沒有覺得很強大？此外，你是否也很想了解有哪些通路是和藥物代謝有關的呢？這個問題問PharmGKB就對了！因為它提供了117個藥物代謝通路，尤其是pharmacokinetics (PK)以及pharmacodynamics (PD)通路，點擊「pathways」即可查看。需要重要說明的是，這些通路都是基於公開發表的文獻以及其他數據支持，由人工收集歸納，並手工編輯才繪製出的通路圖。準確性可不是一般的機器學習可以比的！比如Acetaminophen Pathway，顯示在肝臟對乙醯氨基酚（在圖中為APAP, 又名撲熱息痛）的代謝和轉運的過程。該藥物臨床用於解熱鎮痛。對不宜使用阿司匹林的頭痛發熱患者服用此葯。在一定的治療劑量下，有一部分的APAP經過葡萄糖醛酸轉移酶（UGT）催化成為APAP葡萄糖醛酸結合物APAP-glu, 或者通過與硫酸轉移酶（SULT）代謝成為APAP硫酸結合物（APAP-sulfate)轉運進入血液。故事見下圖：

有這樣一張張高質量的通路圖在手，是不是覺得描述分子機理都輕鬆了好多？不僅如此，這個資料庫還對各種通路進行了歸類，小編髮現與抗癌相關的通路是研究得最多的：

除了通路，你還可以在主頁面上選擇基因、藥物、疾病等進行關鍵詞查詢，可以得到關聯鏈接及支持的所有參考文獻！很贊吧？查文獻的工作又省了~

舉個例子，如何對感興趣的基因展開查詢呢？先點擊「Genes」， 你想看基因的哪些信息，可以先過濾一下（limit results to）

這裡以CYP2C19為例，輸入「CYP2C19」進行檢索，結果顯示該基因是VIP基因，有68 條臨床相關注釋， 20種藥物劑量指南，是34種藥物的生物標誌物。另外還可以看到CYP2C19基因相關的藥物基因組實驗，參與的藥物作用通路，包含的單體型等，是不是應有盡有呢？

臨床信息

文獻信息

藥物、疾病及表型信息PharmGKB目前收錄了兩萬多個與疾病和藥物相關的基因，那麼有哪些基因是特別需要關注的呢？它很貼心地幫我們挑選了63個對藥物基因組非常關鍵的VIP基因，即Very Important PGx gene summaries，點擊可以得到更為詳細的註解。

PharmGKB資料庫對這些基因進行了詳細的註解：

同樣的，藥物劑量問題不容小看。PharmGKB資料庫收錄了CPIC，DPWG，PRO，FDA等來源的資料並進行了匯總。點擊就可以查看，是不是很方便？

介紹了這麼多，有沒有覺得這個資料庫好強大，用起來又so easy? 想用來試試的話，點擊官網鏈接就可以啦：https://www.pharmgkb.org/溫馨小貼士: 目前, PharmGKB資料庫的信息，已經被整合到Genecards資料庫了，於是，我們也可以通過Genecards來看各個資料庫整合以後的結果，將藥物基因組的信息與其他生物信息學資料庫進行關聯，比如疾病，變異，治療，基因調控等信息。至於怎麼樣從Genecards挖掘基因，藥物的信息，請看上一篇文章！學會了要記得分享哦~ 我們將繼續推薦一些強大好用的資料庫，不想錯過更多精彩內容的話，記得關注我們的公眾號哦！　了解更多行業動態以及最新資訊，請關注下面的克里克學院微信公眾號：

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