推薦一款大牛級藥物基因組學資料庫,你不看看么?
如果你想知道哪些藥物需要對患者提前進行基因檢測?點擊「Drug Lables」就行啦!
這裡能查看來自FDA,EMA,PMDA,HCSC等機構的詳細建議,包括哪些藥物需要做基因檢測,以及檢測哪些基因,一目了然。有沒有覺得很強大?此外,你是否也很想了解有哪些通路是和藥物代謝有關的呢?這個問題問PharmGKB就對了!因為它提供了117個藥物代謝通路,尤其是pharmacokinetics (PK)以及pharmacodynamics (PD)通路,點擊「pathways」即可查看。需要重要說明的是,這些通路都是基於公開發表的文獻以及其他數據支持,由人工收集歸納,並手工編輯才繪製出的通路圖。準確性可不是一般的機器學習可以比的!比如Acetaminophen Pathway,顯示在肝臟對乙醯氨基酚(在圖中為APAP, 又名撲熱息痛)的代謝和轉運的過程。該藥物臨床用於解熱鎮痛。對不宜使用阿司匹林的頭痛發熱患者服用此葯。在一定的治療劑量下,有一部分的APAP經過葡萄糖醛酸轉移酶(UGT)催化成為APAP葡萄糖醛酸結合物APAP-glu, 或者通過與硫酸轉移酶(SULT)代謝成為APAP硫酸結合物(APAP-sulfate)轉運進入血液。故事見下圖:
有這樣一張張高質量的通路圖在手,是不是覺得描述分子機理都輕鬆了好多?不僅如此,這個資料庫還對各種通路進行了歸類,小編髮現與抗癌相關的通路是研究得最多的:
除了通路,你還可以在主頁面上選擇基因、藥物、疾病等進行關鍵詞查詢,可以得到關聯鏈接及支持的所有參考文獻!很贊吧?查文獻的工作又省了~
舉個例子,如何對感興趣的基因展開查詢呢?先點擊「Genes」, 你想看基因的哪些信息,可以先過濾一下(limit results to)
這裡以CYP2C19為例,輸入「CYP2C19」進行檢索,結果顯示該基因是VIP基因,有68 條臨床相關注釋, 20種藥物劑量指南,是34種藥物的生物標誌物。另外還可以看到CYP2C19基因相關的藥物基因組實驗,參與的藥物作用通路,包含的單體型等,是不是應有盡有呢?
臨床信息
文獻信息
藥物、疾病及表型信息PharmGKB目前收錄了兩萬多個與疾病和藥物相關的基因,那麼有哪些基因是特別需要關注的呢?它很貼心地幫我們挑選了63個對藥物基因組非常關鍵的VIP基因,即Very Important PGx gene summaries,點擊可以得到更為詳細的註解。
PharmGKB資料庫對這些基因進行了詳細的註解:
同樣的,藥物劑量問題不容小看。PharmGKB資料庫收錄了CPIC,DPWG,PRO,FDA等來源的資料並進行了匯總。點擊就可以查看,是不是很方便?
介紹了這麼多,有沒有覺得這個資料庫好強大,用起來又so easy? 想用來試試的話,點擊官網鏈接就可以啦:https://www.pharmgkb.org/溫馨小貼士: 目前, PharmGKB資料庫的信息,已經被整合到Genecards資料庫了,於是,我們也可以通過Genecards來看各個資料庫整合以後的結果,將藥物基因組的信息與其他生物信息學資料庫進行關聯,比如疾病,變異,治療,基因調控等信息。至於怎麼樣從Genecards挖掘基因,藥物的信息,請看上一篇文章!學會了要記得分享哦~ 我們將繼續推薦一些強大好用的資料庫,不想錯過更多精彩內容的話,記得關注我們的公眾號哦! 了解更多行業動態以及最新資訊,請關注下面的克里克學院微信公眾號:
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