9分多的LncRNA相關的表觀研究是怎麼做的？

其實我不反對追逐什麼趕時髦的課題，比如什麼外泌體啊，自噬啊，環狀RNA啊，腫瘤微環境啊。但是追逐高大上的同時，對於文獻的學習，其實剛剛關鍵的是看清了解並且掌握文獻的邏輯。所有的課題，其實也就只是換一個皮囊。內含的邏輯性，應該都是一致的。

今天講的這篇文獻，是發表在Nucleic Acids Research（IF=9.202）上的，主要講的是一個LncRNA和表觀遺傳相互交錯的故事。我們來看看這是怎麼講故事的：

首先，和所有類似的文獻一樣，要先確定腫瘤和這個LncRNA的關係。也就是腫瘤中，這個LncRNA高表達。

接著，為什麼這個lncRNA會在腫瘤中表達量變高呢？他們分析了一些UCSC上對於這個基因DNA的表觀分析，發現這個LncRNA啟動子區域，有一個區段正好有大量的H3K27的乙醯化。這表示，這段啟動子可能是被激活了。然後他們再用乙醯化的抗體進行ChIP，驗證了一下，發現腫瘤中這個LncRNA的啟動子區段可能是被過度激活了。

接著，就是表型的驗證，通過柯霍氏法則，進行敲減和過表達LncRNA的表型驗證，證明它對於腫瘤的遷移侵襲和增殖有密切關係。

表型驗證也是從體外實驗，一直到體內實驗，也就是動物實驗。

為了了解這個LncRNA的機制，就在分析一下下游基因咯，敲減或者過表達後，下游基因的表達變化肯定會出現相應的改變，於是他們在敲減這個LncRNA後，做了個二代的轉錄組測序。這個真的是很燒錢，右邊是做的差異基因GO分析。

接著用qPCR做了個驗證，可以說這篇文獻在各種驗證和實驗設計上做得還是很全面的。用qPCR就能驗證這樣的差異是否真的存在。

故事講到這裡可能有點接不下去了，但之前的故事基本上已經可以上五分了，對於深入的機制，他們也是有想法的。文章中寫道，這些下游基因被調控，很可能就是由於表觀調控導致的，也就是DNA甲基化。於是他們用RPI-Seq網站進行了預測（這個昨天講過了哈，沒看過點這裡），把所有的和DNA甲基化相關的蛋白和這個LncRNA進行了分析。發現了倆蛋白與這個LncRNA有關，接著用RNA ChIP驗證了一下。Bingo，發現這倆甲基化蛋白結合了這個LncRNA後形成了複合體。

但有了這相關的作用蛋白之後，那LncRNA對於下游基因的作用機制，就肯定是通過這兩個蛋白來進行作用的，也就是，之前分析獲得的LncRNA的下游基因，應該也是這兩個甲基化蛋白的下游基因。那敲減這兩個蛋白的話，下游基因也會發生變化，於是他們用這個取交集的方法篩選出來一個直接下游基因。

那這個基因是下游基因的話，是一個與LncRNA負相關的基因，也就是說這個基因應該有抑制增殖和遷移的表型。於是他們又用柯霍氏法則，來驗證了一下這個最下游的靶基因與表型的關係。

對於細胞核和細胞質的RNA分離後，進行qPCR分析，明確了，這個LncRNA在細胞質和細胞核內都有表達，細胞核內的可能是作為兩個甲基化修飾蛋白的支架，那細胞質中呢？

於是他們又分析了一下可能和這個LncRNA互為ceRNA的基因。也就是和這個lncRNA正相關的下游基因，也就是會促進腫瘤增殖和遷移侵襲。驗證後，確定這個基因也是與細胞增殖和遷移侵襲有關的。這樣下來整個故事就完整了。

我們看一下哈，這個故事有些什麼，首先是有最初的這個LncRNA產生的原因，也就是腫瘤中啟動子區域的組蛋白乙醯化，導致LncRNA的過表達。釋放到核內後，就與兩個甲基化修飾蛋白結合，形成複合體，然後抑制了抑癌基因的表達。釋放到細胞質後，與MiRNA結合，促進了另一種癌基因的表達，導致了最終腫瘤的表型。

…華麗麗的分割線…

李莫愁博士：下面這個就是整篇文章的思路：

雖然對於下游基因的驗證研究，有點一塊饅頭一塊糕，但是，仍然可以看出，整篇文獻的思路很有條理性。好了，今天就先策到這裡吧。

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