全面組學分析：腸道菌群改變代謝引發脂肪肝 | 熱心腸日報

今天是第787期日報。

Nature子刊：腸道菌群及其代謝物引發脂肪肝

Nature Medicine[IF:29.886]

① 分析脂肪肝患者的糞便宏基因組、分子表型組學（肝轉錄組、血漿和尿液代謝組）和臨床表型；② 患者腸道菌群基因豐富度低，菌群的膳食脂質代謝、內毒素、芳香族和支鏈氨基酸的生物合成能力增強；③ 與此一致的是患者的代謝組特徵，肝臟中免疫炎症等基因表達增強；④ 糞菌移植實驗表明腸道菌群可引發脂肪肝，長期攝入苯乙酸（PAA，菌群代謝芳香族氨基酸的一種產物）也有相似作用；⑤ 基於分子表型組學和宏基因組學的建模可準確預測脂肪肝情況。

Molecular phenomics and metagenomics of hepatic steatosis in non-diabetic obese women

06-25DOI:10.1038/s41591-018-0061-3

Nature Immunology[IF:21.506]

① 1型糖尿病與乳糜瀉共享部分遺傳風險因素，包括HLA基因（HLA-DQ2、HLA-DQ8），以及某些非HLA基因，例如與T細胞活化相關的CTLA4及IL2RA基因；② 細菌或病毒等病原體感染，以及菌群的改變，均是1型糖尿病及乳糜瀉的環境風險因素，但具體的機制尚未明確；③ 在乳糜瀉中，細菌或病毒感染、菌群結構及功能的變化伴隨著腸道屏障功能障礙，可能改變先天性免疫反應以及谷蛋白特異性T細胞的應答；④ 在1型糖尿病中，上述變化可能促進自身抗體的產生。

Common ground: shared risk factors for type 1 diabetes and celiac disease

06-20DOI:10.1038/s41590-018-0130-2

Gut[IF:16.658]

① 對來自多個隊列IBD患者的結腸活檢樣本中的全基因組表達譜進行分析；② 漿細胞比例可作為IBD患者對抗TNF-α療法是否應答的生物標誌物，並在2個獨立隊列中進行驗證；③ 利用炎症活檢樣本中的漿細胞分數預測IBD患者對抗TNF-α療法的不應答，AUC為82%；④ 在對抗TNF-α療法不應答的患者中，炎症性巨噬細胞增加與TREM-1及CCR2-CCL7軸表達上調相關；⑤ 血液基因表達分析鑒定出，基礎TREM-1下調可作為IBD患者對抗TNF-α療法不應答的標誌物，AUC為94%。

Cell-centred meta-analysis reveals baseline predictors of anti-TNFα non-response in biopsy and blood of patients with IBD

04-04DOI:10.1136/gutjnl-2017-315494

Microbiome[IF:8.496]

① 向樣品中加入合成的嵌合體DNA作為內參，可定量計算環境樣品中微生物的絕對丰度，並在不同來源樣品間進行比對；② 嵌合體DNA的引物結合位點、插入序列的CG含量對應相應的擴增子序列，以質粒為載體被加入樣品；③ 該方法會影響菌群種繫結構的計算，在相對丰度減少的情況下，特定菌群的絕對丰度可能維持穩定甚至增加；④ 利用該方法，發現18S和ITS擴增子可能分別高估和低估了土壤中的黴菌數量；⑤ 最好通過預實驗來選擇內參的加入量。

Absolute quantitation of microbiota abundance in environmental samples

06-09DOI:10.1186/s40168-018-0491-7

SIV感染後先出現腸道屏障損傷，後發生粘膜免疫失調

Mucosal Immunology[IF:7.478]

① 恆河猴直腸內感染SIV後，縱向分析粘膜及全身的T細胞活化、菌群易位、Th17細胞及中性粒細胞比例，並對結腸蛋白組進行分析；② SIV感染後3-14天內，HLA-DR+ T細胞活化增加，外周連蛋白減少，SIV感染14天後開始出現菌群易位；③ 外周及粘膜Th17細胞的缺失發生在SIV感染後14-28天內，未發現腸道中性粒細胞積累；④ 在SIV感染3天後，與上皮結構相關的蛋白下調；⑤ 結果提示腸道上皮損傷發生在黏膜免疫失調之前。

Intestinal damage precedes mucosal immune dysfunction in SIV infection

06-15DOI:10.1038/s41385-018-0032-5

益生菌如何影響食慾及代謝（綜述）

Journal of Clinical Gastroenterology[IF:3.328]

① 在動物模型中，益生菌可增加高密度脂蛋白/低密度脂蛋白的比值，降低血清膽固醇，減少甘油三酯，增加短鏈脂肪酸，降低脂肪細胞大小；② 在部分人體試驗中，益生菌可降低血清膽固醇、脂肪肝指數，但也有部分試驗發現益生菌無法改善膽固醇水平；③ 在動物模型中，益生菌可降低血糖，提升胰島素敏感性，在人體試驗中，益生菌對血糖的調節存在爭議；④ 在動物模型中，益生菌可減少豬及斑馬魚的食物攝入，並可改善食源性肥胖小鼠模型的瘦素抵抗。

Influence of Probiotics Administration on Gut Microbiota Core: A Review on the Effects on Appetite Control, Glucose, and Lipid Metabolism

06-02DOI:10.1097/MCG.0000000000001064

Beneficial Microbes[IF:2.923]

① 選取516名胎齡在23周-28周之間的極早產兒，其中346名服用Infloran?益生菌產品（包含嗜酸乳桿菌菌株及長雙歧桿菌嬰兒亞種菌株），170名為對照組（歷史隊列）；② 在服用益生菌的時期內，血液培養中無法分離出益生菌菌株；③ 服用益生菌與Ⅱ級以上的壞死性小腸結腸炎（NEC）發病率增加相關，在校正性別、胎齡、產前類固醇水平、母乳餵養等因素後，仍存在顯著關聯；④ 服用益生菌與晚發性敗血症（LOS）及葡萄球菌敗血症的發病率降低相關。

Increased incidence of necrotizing enterocolitis associated with routine administration of Infloran? in extremely preterm infants

06-11DOI:10.3920/BM2017.0098

PLoS ONE[IF:2.806]

① 納入22項臨床前研究（共743隻動物）及14項臨床試驗（1527名受試者）進行薈萃分析，分析益生菌在抗焦慮中的作用；② 總體上，益生菌顯著減少了動物的焦慮樣行為，亞組分析顯示益生菌僅減少了疾病（包括高血氨症、DSS誘導結腸炎等）動物的焦慮樣行為；③ 在物種水平的益生菌分析揭示，僅有鼠李糖乳桿菌具有抗焦慮作用；④ 在人體試驗中，益生菌並未顯著減少焦慮癥狀，並且在健康人及患者（包括IBS、癌症、情緒低落）中均無抗焦慮作用。

The anxiolytic effect of probiotics: A systematic review and meta-analysis of the clinical and preclinical literature

06-20DOI:10.1371/journal.pone.0199041

感謝本期日報的創作者：mildbreeze，沈志勛，小腸君