腸道菌群：連接營養與健康的橋樑 | 熱心腸日報

今天是第784期日報。

腸道菌群在營養和健康中的作用（綜述）

British Medical Journal[IF:20.785]

① 腸道菌群影響免疫、能量代謝等人體健康的諸多方面，菌群失調和多樣性降低與多種疾病相關；② 飲食和營養影響腸道菌群，菌群發酵膳食纖維生成短鏈脂肪酸，有多種健康益處，三甲胺、吲哚丙酸等菌群代謝產物也對健康產生直接影響；③ 藥物、食品添加劑、抗生素和殺蟲劑，均可能對腸道菌群產生不良影響；④ 膳食纖維及益生元/菌等干預方法靶向腸道菌群，可對特定病症有改善作用，需更多隨機對照臨床試驗進行驗證；⑤ 個性化營養需考慮腸道菌群。

Role of the gut microbiota in nutrition and health

06-13DOI:10.1136/bmj.k2179

Trends in Immunology[IF:13.287]

① 腸道和肝膽道存在宿主特異性菌群定植，腸道菌群影響腸壁屏障的完整性；② 腸道菌群調控肝臟和代謝功能，參與酒精性和非酒精性脂肪肝等的發病，膽汁酸及FXR等肝臟來源的信號影響菌群；③ 晚期肝病出現菌群成分易位所致的相關癥狀，菌群調控代謝性肝病的敏感性，原發性硬化性膽管炎、肝硬化及肝性腦病與菌群相關；④ 循環性菌群成分促進晚期肝病的發病；⑤ 肝-菌群雙向交流在健康和各種肝臟疾病中發揮重要作用，可能成為治療晚期肝病的靶點。

Liver–Microbiome Axis in Health and Disease

05-26DOI:10.1016/j.it.2018.05.002

ISME Journal[IF:9.664]

① 家蠶與另兩種食桑昆蟲的腸道菌群組成之間存在明顯差異；② 變形菌、厚壁菌、放線菌和擬桿菌四門細菌在家蠶整個生命階段佔主導地位，真菌主要是子囊菌門和擔子菌門；③ 蠶繭養育和產卵等人類操作外界因素可能影響家蠶腸道菌群組成；④ 家蠶不同腸段的腸道菌群組成沒有明顯區別，但早齡（L1和L2）和末齡（L3和之後）幼蟲的腸道菌群發生明顯改變；⑤ 研究宿主-菌群互作進化和生態學有助於改善家蠶經濟性狀及制定防治害蟲生物控制策略。

Gut bacterial and fungal communities of the domesticated silkworm (Bombyx mori) and wild mulberry-feeding relatives

06-12DOI:10.1038/s41396-018-0174-1

Microbiome[IF:8.496]

① 用接近全長16S rRNA基因的二代測序方法分析野生和馴化的昆士蘭果蠅幼蟲的腸道菌群；② 野生幼蟲的腸道細菌群落更加多樣化，在野生幼蟲中檢測到與水果相關的細菌（醋桿菌科、腸桿菌科等），大部分在馴化幼蟲中不存在；③ 在成年果蠅中檢測不到的醋酸細菌Asaia，普遍存在於野生和馴化的幼蟲中；④ 來自同一桃子的幼蟲有相似的腸道細菌組成，而來自同一樹上的不同桃子的幼蟲有不同的腸道細菌組成，來自不同位置的野生果蠅有不同的Asaia菌株。

Near full-length 16S rRNA gene next-generation sequencing revealed Asaia as a common midgut bacterium of wild and domesticated Queensland fruit fly larvae

05-05DOI:10.1186/s40168-018-0463-y

貓糧類型對喵星人的代謝和腸道菌群有什麼影響

Frontiers in Microbiology[IF:4.076]

① 隨訪一群相關小貓，從斷奶（8周）到5歲維持粗磨或罐裝兩種商業貓糧，前者碳水化合物比例較高，後者蛋白質和脂肪比例較高；② 飲食和年齡均影響糞便菌群組成，年齡與身體組成的變化相關，但飲食對身體組成沒有影響；③ 胰島素敏感性不受年齡和飲食的影響；④ 消化鏈球菌科某未分類的菌屬在所有年齡段都佔優勢，且在罐裝貓糧組中較高，普氏菌屬在粗磨貓糧組中佔優；⑤ 隨年齡增長，年齡對身體組成和胰島素敏感性的影響可能會變得顯著。

The faecal microbiota in the domestic cat (Felis catus) is influenced by interactions between age and diet; a five year longitudinal study

06-19DOI:10.3389/fmicb.2018.01231

組學方法幫助提高奶牛的產奶量（綜述）

Journal of Dairy Science[IF:2.474]

① 奶牛依賴瘤胃菌群消化飼料獲得近70%的能量和50%的蛋白質；② 新一代測序技術為解析瘤胃菌群結構以及研究飼料、濃縮物、補充劑和益生菌對菌群的影響提供了可能；③ 宏基因組學可識別參與代謝途徑的特定基因，而環境轉錄組學可描述菌群基因的轉錄活動，這些方法幫助梳理瘤胃菌群和飼料營養素之間複雜的相互作用，更全面地理解瘤胃中的飼料消化過程；④ 組學技術有助於改進飼料配方以提高產奶量，滿足全球人口對高質量動物蛋白的需求。

Symposium review: Understanding diet-microbe interactions to enhance productivity of dairy cows

05-30DOI:10.3168/jds.2017-13858

Bioinformatics[IF:7.307]

① LiveKraken接受Illumina測序儀的實時原始數據流，並依據物種來源不同將這些數據進行分類；② 在既有的Kraken工具基礎上開發，當測序完成時二者所得結果完全一致；③ LiveKraken的優勢是在測序的早期也能得到與完成時類似的結果，最多可以爭得一周的時間，且數據累積越多越精確；④ 提供了可執行文件安裝和Conda方式兩種部署方式；⑤ 和Kraken相比，LiveKraken有輕微性能損失，但在緊急實驗中，LiveKraken將具有明顯的時間優勢。

LiveKraken - Real-time metagenomic classification of Illumina data

06-01DOI:10.1093/bioinformatics/bty433

Human Microbiome Journal[IF:N/A]

① 採集60例出生後21天嬰兒的糞便樣本：29名母乳餵養嬰兒從出生第7天開始餵食長雙歧桿菌嬰兒亞種EVC001，31例僅母乳餵養作為對照；② 補充兩周後，雙歧桿菌科顯著增加，而腸桿菌科和梭菌科顯著降低；③ 副流感嗜血桿菌、大腸桿菌和緩症鏈球菌在對照組中顯著較高；④ 餵養EVC001的嬰兒，其腸道宏基因組中的毒力因子基因的相對丰度比對照組低85%；⑤ 母乳餵養嬰兒餵食EVC001，能顯著改變腸道宏基因組，包括減少毒力因子基因的數量。

Colonization of breastfed infants by Bifidobacterium longum subsp. infantis EVC001 reduces virulence gene abundance

06-04DOI:10.1016/j.humic.2018.05.001

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