兵貴神速：且看 R 軟體繪製高級論文圖

07-20

曼哈頓圖，學名 Manhattan plot，是全基因組關聯分析（Genome-Wide Association Study, GWAS）的標配，可以展示所有染色體上的不同位置的 SNP 的顯著水平，因酷似曼哈頓的海邊景色（高樓林立的）所以稱為曼哈頓圖。

本質上，曼哈頓圖是以 SNP 在基因組上的坐標/位置為 X 軸，以顯著水平（通常是-log(P)）為 Y 軸的散點圖，所以理論上說所有能做散點圖的工具都能畫曼哈頓圖。

但是你想一想全基因組有多少 SNP，然後還要坐成能用來發表的酷炫的樣子，像 Excel 這種強（fei）大（jin）的工具還是算了吧（卡死電腦是必然的，然後調整染色體的標籤，標註不同的顏色等都很麻煩）……除了是 GWAS 的標配外，你做一個 EWAS 也可以畫曼哈頓圖，做一個表達分析也可以做一個曼哈頓圖，只要是你想要看基因組上不同的位置的都可以做。

由於二代測序技術的發展，測序的價格不斷下降，GWAS 研究越來越多得應用於各種疾病的研究中，而用於做曼哈頓圖的工具也開始有所增加，比如 Java 程序 Haploview， python 的 geneview 庫等。

今天要跟大家介紹的是 R 語言的 2017 年 3 月 20 號更新的 CMplot 包，優點如下：

操作簡單，一行代碼搞定曼哈頓圖；
形式多樣，長方形、環形，甚至可以做出 Circos 的效果；
可以比較多個不同性質的結果；
QQ 圖，density 圖一網打盡。

操作流程

1自行下載並安裝 CMplot 包

在 R 中輸入 install.packages(「CMplot」)，然後選擇一個鏡像，一般選擇 China 開頭的，離你所在的城市近的就好啦

2載入 CMplot 包

輸入 library（CMplot）

3準備/讀入數據

a<>

數據的格式為一個至少四列的數據表：

第一列是標記名如 SNP 編號，甲基化探針名等；

第二列是染色體編號，推薦使用純數字表示；

第三列是標記的基因組坐標；

第四列及以後各列是相關性 p 值，一種性狀的相關性 p 作為一列，可以有多列。如下圖所示：

4一行代碼搞定曼哈頓圖

CMplot(a)

結果如圖所示：

另外 CMplot 還給出了其他形式的圖：

環狀曼哈頓圖

QQ 圖

密度圖

5美化曼哈頓圖

（已經很美了 T-T）還是說自定義吧

CMplot 的參數及解釋 ↓