高校綜合改革及其研究，建設「雙一流」大學和學科，是我國高等教育事業現代化發展中的重要任務。1978年5月，廈門大學成立了高等學校教育研究室，是我國第一所專門從事高等教育相關研究的實體機構，意味著一個新的學科由此誕生，新的研究領域與國家改革開放同期誕生，從此我國高等教育研究的人才培養、學科發展和對全社會的貢獻走向了科學化的發展之路，並鑄就成為一支高等教育研究的「國家隊」。 拓荒：開創新學科 開創一個新的學科，並非易事。成立伊始，作為學科創始人的潘懋元教授出版了兩部標誌性的著作，而他一直堅持認為這兩部著作是建立高等教育學新學科邁開第一步的「引玉之磚」，寄希望於更多有識之士來研讀，共同探討高等教育的基本理論，共同關注高等教育改革與發展的現實問題，而事實上它們已成為該學科發展的奠基之作。
作為和改革開放同期成長起來的機構，彼時的研究室在國家改革和社會進步的浪潮中逐漸壯大，經歷了幾度更名，從「高等學校教育研究室」到「高等教育科學研究室」，又從「高等教育科學研究所」定格至如今的「教育研究院」。意識到「變與不變」，理清學科建設所必須面對的問題，積極反映出高等教育從精英到大眾化的變化，以「和而不同」的理念解決高等教育變革中所出現的各種基本矛盾，已經成為教育研究院的使命。 「得天下英才而教育之」，正是這樣的理念指引，對在中國辦大學充滿熱忱、對高等教育本土化滿懷信心的青年們來到教育研究院學習、研討，也吸引了全國高校和國家教育部門業務骨幹前來取經、培訓，聚成一團火；研究院面向教學改革實際，發揮學科獨特優勢，培養了一批批高素質的碩士、博士，已成為全國各地高等教育教學科研領域的學科帶頭人、骨幹教師，散作滿天星。 堅守：鑒古才能知今 研究院的發展歷程，始終和國家命運息息相關。誕生在改革開放的1978年，在學科建立之初，對高等教育學科的基本特徵和屬性進行了探討，明確了高等教育的特點，使得廈門大學高等教育研究室能夠明確培養人才和發展科研的方向，當時的中國高等教育研究，也便有了前行的方向。從高等教育的基本原理開始，梳理大學理念、高等教育思想千年之演變，推進至直接作用於高等教育的課程與教學論，圍繞高等教育改革與發展的實際問題，及時研究高等教育變革中所出現的矛盾，並為之陸續培養起一批批學科建設者和接班人。
1992年，在我國經濟體制轉軌的關鍵時期，以劉海峰教授為學術帶頭人，對影響千年的古代科舉考試製度正式進行首創性的全面梳理和系統研究，成為學術界廣泛認可的「科舉學」，也是廈門大學教育研究院原創性的專學。因為鑒古，才能知今。對高考改革的理論與實踐展開全方位考察，為高考改革出謀劃策，既是高等教育考試研究領域處於全國領先水平的成就，也是對國計民生重大議題的具體回應。 2000年前後，隨著我國高校擴招，高等教育從精英教育逐漸轉型為大眾化教育，重大轉型實踐急切呼喚理論的進一步指導。立足我國大眾化高等教育道路的各方面問題，教育研究院師生從多個角度進行了全方位的考察和論證，給剛剛經歷了大轉型的中國高等教育注入一針「強心劑」。 領跑：提質關乎全局 「全面提高高等教育質量」是我國高等教育從注重量的增加轉向注重質的提升的核心與本質，無論是理論研究還是後備人才培養，「質量」關乎高等教育全局，教育現代化及其實現牽動國家層面關注。教育研究院史秋衡教授研究團隊以高等教育質量、大學生學情研究來踐行「立德樹人」，並在破解全國高校難以分類設置的問題上，以「強化分類發展、完善設置標準」為核心，通過高等學校分類設置與發展來助推高等教育質量提升，既是高等教育研究者「以人為本」的學術使命與責任擔當，也能更大程度發揮高等學校在學習型社會建設中的地位和作用。 「不求最大，但求最好、以質取勝」，這是教育研究院長期秉持的核心發展理念。當然，開創性的事業需要不斷發展提高。第一個碩士學位點、第一個博士學位點……開創性的第一標誌著廈門大學教育研究院在中國高等教育研究領域的「領跑者」地位。
高等學校承擔著立德樹人的歷史使命和任務，廈門大學教育研究院選擇了挺立在高等教育改革與發展的潮頭，發揮在高等教育研究與諮詢方面的「國家隊」的龍頭作用，與國際頂尖的教育研究機構保持密切的交流合作，進一步開闊研究視野，守護高等教育研究的中國特色。同時，繼續在高教基本理論、高考改革、高校分類設置、高教質量建設、中外合作辦學等研究領域為國家教育決策提供重要的諮詢，以學科發展、實踐研究和智庫建設為高等教育強國建設譜寫新的篇章。
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