做實驗 | 做好這幾步,分分鐘成為WB達人!
來自專欄東澳生物
在做WB實驗時總會遇上這樣那樣的問題,比如WB檢測信號弱、檢測不到條帶、背景深等,其實嚴格按要求做,控制好實驗中的幾個關鍵步驟,分分鐘搞定WB~
蛋白樣品的製備與定量
好的蛋白是成功的一半
1.提細胞蛋白
(1)消化或刮下細胞至1.5的EP管中,標記,10000r離心2min,PBS洗3遍
(2)吸去EP管中PBS,最好用濾紙吸干裡面的水分,加適量RIPA裂解液(RIPA裂解液:蛋白酶抑製劑=250:1),如果你想做信號通路指標還得再加上磷酸酶抑製劑(磷酸酶抑製劑:RIPA裂解液=1:1000)
(3)冰上裂解30min~1h,開4°離心機
(4)4°離心11000r,20min
(5)測蛋白濃度,取上清,加蛋白上清的四分之一體積5x上樣loading buffer,煮沸,分裝(蛋白質變性)
2.提組織蛋白
(1)研缽中倒入液氮,加入組織塊,研磨,加液氮,葯匙刮
(2)刮下後放入1.5ml的EP管,加適量裂解液,吹打
(3)冰上放置1h,期間,每隔10~15min吹打一次,開4°離心機
(4)4°離心10000r,1h
(5)測蛋白濃度,取上清,加1/4體積5x loading buffer,煮沸,分裝
3.測蛋白濃度(BCA法)
(1)八個標準孔,按說明書先加超純水,再加標準蛋白液
(2)目的孔,每孔加18ul超純水+2ul目的蛋白
(3)按說明書配BCA工作液,每孔加200ul
(4)37°放置半小時後測濃度
4.計算上樣量,設計上樣順序
上樣體積:上樣量/濃度x 5/4
上樣順序:無處理,對照,處理;體積最好不要相差太大
經驗總結:
- 如何提高蛋白濃度:首先當然是多種點細胞啦,其次可以少加點裂解液,盡量裂解充分。
- 如何處理蛋白濃度低的問題:實驗過程中發現蛋白的濃度太低,如果上樣的話,體積太大,甚至電泳孔都裝不下,舉例:假設我需要上樣40ul才能達到20ug,那麼顯然按照常規的方法,10孔的梳子只能加25ul左右,我們此時可以取40ul蛋白入EP管中,放置於PCR儀器,變性溫度濃縮蛋白體積,這樣不斷濃縮之後促使EP管中蛋白的水分降低,蛋白量依舊是20ug。
- 如何保證對照組和實驗組蛋白濃度大概是一致的:種植細胞的時候盡量保持鋪下去的細胞數接近,收細胞之後觀察細胞的多少適當加入幾倍體積的裂解液。
電泳
(1)清洗玻璃板,去離子水沖,風乾或烤乾(一定要以處女座的精神去嚴格要求自己把板子洗乾淨,相當重要)
(2) 按說明書配膠。先配下膠(分離膠),一般兩塊板配10ml的10%的膠(20~80kDa通用)膠的濃度根據你所需要跑的蛋白的分子量大小決定,混勻後灌膠,立即用正丁醇或無水乙醇封,待凝固後倒出正丁醇,用去離子水沖洗,濾紙吸干
(3)配上膠(積層膠),參考說明書,一般兩塊板配4ml的5%的膠,混勻後灌膠,插板,待凝固。(可4°過夜)
(4)配電泳液(tris3.03g,甘氨酸14.4g,SDS1g,定容至1L)
(5)將玻璃板裝好放入電泳槽中,加電泳液,輕輕拔梳。
(6)上樣(這是每個WB達人最能裝逼的一個環節,高手會告訴你憑感覺加樣連孔都不用看)
(7)連接電源,一定要注意紅對紅,黑對黑,定電壓和時間,上膠(90v,約40min,maker分出條帶),換壓,下膠(120v,2h)。(不要讓溴酚藍跑出去)
經驗總結:
- 想要條帶跑的好看點,最好把上膠稍微配高一點。
- 換電壓主要是看溴酚藍有沒有跑到下膠,沒有確定的時間點
- 膠最好現配現用,如果需要保存最好用濕潤的保鮮膜包好
轉膜
整個WB過程中最重要的環節
(1)跑到溴酚藍距離最下緣25px時配電轉液(tris3.03g,甘氨酸14.4g,甲醇100ml,定容至1L)
(2)在電轉液中剝膠,裁膠,剪膜,膜活化(甲醇1min,去離子水1min,電解液15min)
(3)「三明治」黑板~海綿~三層濾紙~膠~膜(正面朝下,分清左右,與膠對應)~3層濾紙~海綿~白板,夾緊後放入電轉槽中。(海綿,濾紙,膜需浸潤透,過程中不能幹,趕趕氣泡)
(4)連接電源,一定要注意紅對紅,黑對黑,定電流和時間(150mA,1h,若分子量大於90,再加200mA,2h)具體情況具體分析
經驗總結:
- 溴酚藍跑到最終的距離是根據你所需要切的分子量決定的,假如你就只需要切一條ACTIN(43Kda)這樣的,你完全只需要跑到下膠,看到差不多marker分開了就可以切膠了。假如你要從最上到最下切好多條出來,你則需要把溴酚藍盡量跑到最下面,這樣marker容易被跑開,有利於切膠。
- 濾紙和PVDF膜的裁剪必須要整齊,乾淨,標記清晰。
- PVDF膜型號的選擇要正確。如正常的30~170kDa的分子一般需要孔徑0.45mm的膜就足夠了。太小的則需要選擇孔徑為0.22mm的膜。
- 關於轉膜是否要加SDS的問題。SDS帶負電,加SDS一般是針對那些分子量大的WB,加入SDS可以增加分子導電性,這樣更利於轉膜。
- 關於轉膜電流,分子是否能夠轉過去和轉膜時間沒有必要關係,而更在於轉膜電流的大小。舉個例子,200kDa的分子量,你用90mAh就算轉一年都轉不過去。
免疫印跡
(1)膜處理(甲醇1min,風乾(放濾紙上),甲醇1min,水1min)
(2)封閉(用TBST配5%牛奶)1h配搖床
(3)加一抗,牛奶稀釋,所需濃度參考抗體說明書,看膜的大小配多少一抗,4°過夜。
(4)室溫孵育20min
(5)0.1%TBST洗10min x 3次配搖床(0.1%TBST:tris12.1g,NaCl87.66g,HCl至PH7.6後定容至1L後,加入1ml的TWEEN20)
(6)加二抗,牛奶稀釋,一般1:10000,1h配搖床
(7)0.1%TBST洗10min x 3次配搖床
(8)發光(A液B液等體積混合,孵膜1min,正面朝上放入儀器內發光)
經驗總結:
- 封閉液的選取具體得看抗體說明書,有的抗體是明確要求只能用BSA,而且封閉液濃度的選擇也是具體得看抗體的要求,但是一般情況5%BSA的效果會比5%牛奶要好。
- 信號通路一般都是用5%BSA封閉。
- 信號通路在洗膜的時候用快速搖床5min/次 3次就可以了。
- 如果你想省時間,一抗可以放在37℃1~2hour,但是一定要封好,以免溫度太高而導致抗體幹了出現假陽性。二抗可以37℃半個小時。
- 發光液的選取,如果是一般的抗體,建議用一般的發光液效果會好一點,如keygen的,背景會比較乾淨。但是一些難發出來的一般建議用靈敏度更高的發光液如FD的或者是MILLIPORE之類的發光液。
結果分析
1微笑條帶
解析:由於凝膠的中間部分凝固不均勻所致,多出現於較厚的凝膠
處理辦法:配膠時一定要充分混勻,待其充分凝固後再做後續試驗
2帶出現紋理現象
解析:樣品不溶性顆粒
處理辦法:加樣前最好是離心一下樣品
3電泳條帶粗
(這是個內參β-actin)
解析:蛋白樣品沒有濃縮,量太大
4條帶出現好多洞洞
解析:轉膜的時候沒有把三明治里的氣泡幹掉
推薦閱讀:
※轉移性結直腸癌分子分型和臨床治療
※circRNA研究報道匯總20171116上
※DNA不止有雙螺旋!三飛,搞基,克里克的棺材板壓不住了
※與腫瘤相關的熱門circRNA分子匯總
※現代分子生物學講義.朱玉賢.pdf
TAG:分子生物學 |