什麼？不會做實驗？circRNA晶元輕鬆搞定高分文章

作者：Dr. 饕餮

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近年來，非編碼RNA調控成為的生物學研究，特別是疾病研究的熱門領域。其中，環狀RNA（circRNA）是一類近年來剛被鑒定出有重要的生物學功能的非編碼RNA。環狀RNA是指頭尾相接成環狀的RNA分子，其產生的方式十分多樣。因為缺乏5『和3』末端，circRNA相對於線性RNA更難以被降解，因此大量存在於細胞組織中。

尤其，近年來發現環狀RNA在多種疾病中有特異的表達模式，並行使重要的生物學功能。其中，環狀RNA在疾病中的表達研究是研究環狀RNA功能的第一步，今天，就帶大家來看看疾病中環狀RNA研究的套路。

例子是一篇今年八月中國研究者發表在SCI REP上的文章：

從題目可以看出，是環狀RNA在胃癌（gastric cancer）中的表達譜分析，全文基本都是分析，只有qPCR一個實驗，讓我來帶大家仔細看看。（回復170910可下載，一周有效）

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首先，作者在5對成對的胃癌癌和癌旁組織中進行了環狀RNA表達分析：

發現了一批高表達和低表達的環狀RNA，並對應列出了產生環狀RNA的基因（母基因）：

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得到了表達之後，下一步當然是驗證了，作者擴大樣品量，在50對成對的臨床樣品中使用q-PCR驗證了晶元結果，證實了晶元的可靠性：

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差異表達的環狀RNA可能的功能是什麼。不像非編碼RNA有來自於基因間的，環狀RNA基本都來自於基因座位，先看看差異表達的環狀RNA的母基因的功能聚類，可能會有一些線索：

聚類結果顯示環狀RNA可能和生長素結合，黏附分子結合等相關。暗示了它們的潛在功能。

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接著，環狀RNA的作用方式現在還不是十分明確，其中，報道比較多的是作為分子海綿吸附miRNA，因為它能長期穩定存在，所以這種吸附作用被認為更加穩定。於是，作者分析了差異表達環狀RNA上的miRNA作用位點：

進一步的，作者就三個差異最大的circRNA繪製了預測靶向miRNA的網路圖，可以看到有很多交叉的miRNA，暗示靶向網路的複雜性：

就這樣，一篇環狀RNA在疾病中的表達研究就完成了，是不是很容易呢？所以，只要選擇合適的疾病，加上有套路的實驗設計，臨床樣品中環狀RNA也是非常容易出文章的研究領域。

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近十年來，RNA相關疾病表達譜的研究經歷了mRNA，miRNA到現在很多的lncRNA和circRNA階段，相比於lncRNA來說，環狀RNA研究開始的更加晚。很多疾病中的環狀RNA表達情況都沒有被報道，因為跟母基因相關，環狀RNA從一定程度上可以預測功能，或者像文章作者那樣基於miRNA預測也十分實用。

總之，疾病的環狀RNA還是一片科研的處女地，而國內也有很多提供此服務的公司，推薦有臨床樣品的各位可以嘗試。

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