科學家利用新方法發現廣泛分布於人類腸道中的新病毒

2014-07-29 科學公園

  科學公園訊(UnknownC4/編譯)近日,美國聖地亞哥州立大學 Robert Edwards 率領的研究團隊利用新策略,從人類糞便樣品中發現了一種廣泛分布於人類腸道的新病毒。這種新方法給科學家研究人體微生物群提供了一條非常有效的新思路。  傳統手段要發現新的微生物,需要先將其在體外單獨培養。腸道病毒由於只能存活於腸道細菌中,而後者的培養相當困難,使得它們的發現也有相當的難度。隨著近代高通量測序手段的發展,人們能夠測定樣品中所有微生物基因組片段,然後通過拼接這些片段來發現新的微生物。然而,這種方法仍有不足——拼接短片段的時候需要有已知的微生物基因組作為參考,所以對於全新的微生物而言並不適用。  這次 Edwards 團隊發表在《自然·通訊》上的研究給出了一種新的思路:如果某些基因片段在各個樣品之中都出現,那麼它就更有可能是屬於同一套微生物的基因組。他們通過交叉比對來自不同樣品的基因片段,找到那些多次出現的片段,組裝成了一套新的微生物基因組。之後又根據其特徵,推斷出這種新病毒可能是一種噬菌體,並且在樣品中找到了它可能的細菌宿主。由於人體糞便樣品的基因片段中的未知部分超過七成,這一思路可能會給人們對它們的研究帶來很大助益。  來源:nationalgeographic  論文:nature


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