如何利用R包qqman畫曼哈頓圖?
眾多周知,R語言提供了各種各樣的包,方便實現我們的目的,下面給大家介紹一個可以便捷的畫曼哈頓圖的包:qqman
install.packages(「qqman」) # 安裝包
library(「qqman」) #載入包
data(package=「qqman」) # 查看qqman包中的測試數據,此包中包含gwasResultssnpsOfInterest 兩個測試數據
View(gwasResults) #查看 gwasResult的數據格式
head(snpsOfInterest)#查看 snpsOfInterest的數據格式
---------------------------
1.數據格式。
文件命名為gwasResults
表頭依次是SNP(snp名稱,字元型,命名時以「rs」開頭),CHR(染色體編號,整型),BP(鹼基位置,整型),P(數值型)
2.snpsOfInterest
文件中是需要高亮的snp位點
3. 參數說明
x: 輸入數據
col: 定義x軸染色體的顏色
chrlabs:自定義染色體標號
suggestiveline: 添加一條橫線,默認值是-log10(1e-5)
genomewideline: 添加一條橫線,默認值是-log10(5e-10)
highlight: 需要標亮的snp位點
4.畫圖
Library(「qqman」)
manhattan(gwasResults)####出現下圖
manhattan(gwasResults,highlight = snpsOfInterest,col=c("#A4D3EE","#DDA0DD"))
#####出現下圖
當需要單獨畫某一條染色體時:
manhattan(subset(gwasResults,CHR==2),col="#DDA0DD")###出現下圖
推薦閱讀:
※美國之行《二十》曼哈頓環島游
※歐·亨利:曼哈頓的囚徒小說家
※曼哈頓的前身今世:400年前的曼哈頓是什麼樣的?(組圖)
※黃德瑩 : 曼哈頓的唐人街 B
※紐約曼哈頓