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如何利用R包qqman畫曼哈頓圖?

眾多周知,R語言提供了各種各樣的包,方便實現我們的目的,下面給大家介紹一個可以便捷的畫曼哈頓圖的包:qqman

install.packages(「qqman」) # 安裝包

library(「qqman」) #載入包

data(package=「qqman」) # 查看qqman包中的測試數據,此包中包含gwasResultssnpsOfInterest 兩個測試數據

View(gwasResults) #查看 gwasResult的數據格式

head(snpsOfInterest)#查看 snpsOfInterest的數據格式

---------------------------

1.數據格式。

文件命名為gwasResults

表頭依次是SNP(snp名稱,字元型,命名時以「rs」開頭),CHR(染色體編號,整型),BP(鹼基位置,整型),P(數值型)

2.snpsOfInterest

文件中是需要高亮的snp位點

3. 參數說明

x: 輸入數據

col: 定義x軸染色體的顏色 

chrlabs:自定義染色體標號

suggestiveline: 添加一條橫線,默認值是-log10(1e-5)

genomewideline: 添加一條橫線,默認值是-log10(5e-10)

highlight: 需要標亮的snp位點

4.畫圖

Library(「qqman」)

manhattan(gwasResults)####出現下圖

manhattan(gwasResults,highlight = snpsOfInterest,col=c("#A4D3EE","#DDA0DD"))

#####出現下圖

當需要單獨畫某一條染色體時:

manhattan(subset(gwasResults,CHR==2),col="#DDA0DD")###出現下圖


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紐約曼哈頓

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