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1281年七月，忽必烈又發動第二次侵日戰爭，日本史書稱為「弘安之役」，由范文虎、李庭率江南軍十餘萬人，到達次能、志賀二島，因日軍積極抵抗，且元軍又遇到颱風，最後再度慘敗。通常認為颱風（日本人稱之為「神風」）與元軍不擅水戰是造成失敗的最大原因。而後元世祖又準備第三次東征，因大臣勸阻，再加上出兵安南的緣故而罷。而後元世祖多次遣使均遭日本拒絕，通使關係一直未能建立，但是元朝與日本的經濟和文化交流仍然十分繁盛，來元日本人以商人與禪僧最多。元廷令沿海官司通日本國人市舶，主要港口是慶元（今寧波）。

1283年元世祖為了討伐日本，於高麗國設置征東行省，高麗王為行省的左丞相，內政受蒙古人控制。高麗君主從忠烈王開始娶蒙古公主為妻，高麗君主繼承人按照約定，必須在元大都以蒙古人的方式長大成人後，方可回高麗。

1287年海都聯軍夥同鎮守遼東的東道諸王乃顏與哈丹襲擊和林（今蒙古國哈爾和林），元世祖親率大軍擊敗之，派伯顏、玉昔帖木兒與李庭平定東北乃顏，主持西北軍事。1289年海都再犯和林，最後其勢力被驅出阿爾泰山以西。而哈丹於遼東高麗一帶游擊，至1292年敗亡。

1294年元世祖駕崩後，雖然太子真金早死，但是元世祖曾賜真金的三子鐵穆爾「皇太子寶」並且讓他鎮守和林。隨後鐵穆爾在庫里爾台大會中獲得重臣伯顏與玉昔帖木兒等支持，打敗真金的長子甘麻剌與次子答剌麻八剌等繼位，即元成宗。元成宗主要恪守元世祖時期的成憲，任用其侄海山（答剌麻八剌之子）鎮守和林以平定西北海都之亂，並且下令停止征討日本與安南。在內政方面專力整頓國內政治，減免江南部分賦稅。然而，由於元成宗過度賞賜，入不敷出，使國庫資財匱乏。

元成宗即位後，任命其侄海山（後繼位為元武宗）總領漠北諸軍。1301年海都聯軍被海山和晉王甘麻剌擊潰，史稱鐵堅古山之役。海都於戰後去世，其子察八兒繼位，窩闊台汗國被篤哇掌控。

1303年由於篤哇被欽察汗脫脫蒙哥擊潰，就與察八兒共同派使者向元廷請和，脫脫蒙哥也向元廷請和，而伊兒汗本來就支持元廷，至此四大汗國皆承認元朝的宗主地位，雙方廣設驛路，解除封禁。不久之後，窩闊台汗國被察合台汗篤哇與元朝元武宗先後攻滅而亡，察八兒投降元朝。

1307年正月，元成宗駕崩，由於太子德壽早逝，左丞相阿忽台擁護皇后卜魯罕與信奉伊斯蘭教的安西王阿難答監國，並有意讓阿難答稱帝。海山之弟愛育黎拔力八達與右丞相哈剌哈孫發動大都政變。他們斬殺阿忽台，控制大都局勢，擁護率軍南下的海山稱帝，即元武宗。皇后與阿難答被元武宗斬殺，其回回部下退入西域吐魯番地區。大德十一年（1307年），罷和林宣慰司都元帥府，立和林等處行中書省。

元武宗因愛育黎拔力八達有功，冊封他為皇太弟（即未來的元仁宗），相約武宗系與仁宗系交替稱帝，即武仁之約。元武宗時期，加封孔子為「大成至聖文宣王」，並給予孔子的家族與弟子一些稱號。為了解決元成宗時期的財政危機，元武宗設置常平倉以平抑物價，下令印製至大銀鈔，然而反而使銀鈔嚴重貶值。此外他將中書省宣敕與用人權劃歸給尚書省。1311年元武宗因沉耽淫樂、酗酒過度而逝，由皇太弟愛育黎拔力八達繼位，是為元仁宗，這次是元朝首次和平繼承帝位。【疆域最廣】元世祖到元武宗期間是元朝國力鼎盛時期，軍事上平定西北，但在征伐日本、東南亞諸國卻屢次失利，其中在元日戰爭戰敗。元朝承襲蒙古帝國的主要領土，經過多次擴展後，於1310年元武宗時期達到最大，西到吐魯番，西南包括西藏、雲南及緬甸北部，北至都播南部與北海、鄂畢河東部，東到日本海，被譽稱「東盡遼左西極流沙，北逾陰山南越海表，漢唐極盛之時不及也」。元朝且為欽察汗國、察合台汗國、窩闊台汗國與伊兒汗國等四大汗國的宗主國，其藩屬國涵蓋高麗與東南亞各國。1312-1332：皇位頻繁更迭，政治混亂時期

元仁宗力圖改變元武宗時造成的財政枯竭、政制混亂的局面，他推行「以儒治國」政策，並且減裁冗員、加強中央集權以整頓朝政。他曾令王約將《大學衍義》譯為蒙文，賜臣下說「治天下，此一書足矣。」並將《貞觀政要》和《資治通鑒》等書摘譯為蒙文，令蒙古人與色目人誦習。1312年元仁宗將其儒師王約特拜集賢大學士並將王約「興科舉」的建議「著為令甲」，至此恢復科舉制度。本次科舉以程朱理學為考試的內容，史稱延祐復科，最後錄取護都答兒、張起岩等56人為進士。他還倚重漢人文臣，處死蒙丞相托克托等，排除朝中異己。

財政方面，元仁宗取消元武宗的經濟措施，並且於1314年在江浙、江西、河南等地查清地方田產，史稱延祐經理。任用床兀兒統軍，擊敗察合台汗王也先不花以平定西北地區。然而元仁宗未能制止太后答己干預朝政，也無力制裁備受太后重用的重臣鐵木迭兒貪贓枉法。在繼承問題方面，元仁宗以王約輔助皇太子碩德八剌，並且聽從鐵木迭兒的建議，廢除武仁之約。他將元武宗長子周王和世琜外放鎮守雲南、次子圖帖睦爾放逐海南島。同年冬天，元武宗舊臣皆感憤怒而擁護和世琜叛變，最後敗走漠北，依附察合台汗國。1320年元仁宗駕崩後，皇太子碩德八剌即位為元英宗。

元英宗繼續實行元仁宗的以儒治國、加強中央集權和官僚體制的政策，並於1323年下令編成並頒布元朝正式法典——《大元通制》，共2539條，他還下令拔除權臣鐵木迭兒在朝廷的勢力。然而支持鐵木迭兒的蒙古與色目保守派厭惡元英宗的新政，有意發動政變。1323年鐵木迭兒的義子鐵失趁元英宗去上都避暑之際，在上都以南15公里的南坡地刺殺元英宗及宰相拜住等人，史稱南坡之變，仁宗系自此未能再奪得皇位。晉王甘麻剌的長子，鎮守和林的也孫鐵木兒率兵南下，殺掉行刺元英宗的叛臣並稱帝，即泰定帝。【天曆之變】泰定帝召回被放逐到海南島的武宗系圖帖睦爾為懷王。泰定帝於1328年七月崩於上都，丞相倒剌沙擁立七歲的阿速吉八為帝，是為天順帝。而鎮守大都的燕帖木兒與伯顏擁立周王和世琜於漠北、懷王圖帖睦爾於江陵，同年圖帖睦爾先至大都繼位，是為元文宗。燕帖木兒率軍攻入上都，天順帝不知所終。隔年和世琜於漠北和林稱帝，即元明宗。元文宗放棄帝位，派燕帖木兒迎元明宗繼位，並且被立為皇太子。然而燕帖木兒毒死元明宗，複位元文宗，改元天曆，史稱天曆之變。

元文宗時期大興文治，1329年設立了奎章閣學士院，掌進講經史之書，考察歷代治亂。又令所有勛貴大臣的子孫都要到奎章閣學習。於奎章閣下設藝文監，專門負責將儒家典籍譯成蒙古文字，以及校勘。同年下令編纂《元經世大典》，兩年後修成，為元朝一部重要的記述典章制度的巨著。然而丞相燕帖木兒自恃有功，玩弄朝廷，導致朝政更加腐敗。1333年元文宗去世後，為洗刷毒死元明宗的罪行，遺詔立年僅七歲的明宗次子懿璘質班為帝，是為元寧宗。但元寧宗僅在位不到兩個月即去世，不久後燕帖木兒也去世。
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