質粒圖譜大全·如何閱讀質粒圖譜(ZT)

基因酷質粒圖譜http://www.genecool.com/bbs/forum-38-1.html，收藏了將近800種質粒的圖譜及相關信息 特向大家推薦，介紹及使用方法見：http://www.genecool.com/bbs/thread-417-1-1.html 質粒圖譜信息 一.九種表達載體 Pllp-OmpA, pllp-STII, pMBP-P, pMBP-C,pET-GST, pET-Trx, pET-His, pET-CKS, pET-DsbA 二.克隆載體 pTZ19R DNA pUC57 DNA PMD18T PQE30 pUC18 pUC19 pTrcHisApTrxFuspRSET-ApRSET-BpVAX1 PBR322 pbv220 pBluescript II KS (+) L4440pCAMBIA-1301pMAL-p2XpGD926 三.PET系列表達載體 Protein Expression ? Prokaryotic Expression ? pET Dsb Fusion Systems 39b and 40b Protein Expression ? Prokaryotic Expression ? pET Expression System 33b Protein Expression ? Prokaryotic Expression ? pET Expression Systems Protein Expression ? Prokaryotic Expression ? pET Expression Systems plus Competent Cells Protein Expression ? Prokaryotic Expression ? pET GST Fusion Systems 41 and 42 Protein Expression ? Prokaryotic Expression ? pET NusA Fusion Systems 43.1 and 44 Protein Expression ? Prokaryotic Expression ? pET Vector DNA Protein Purification ? Purification Systems ? Strep?Tactin Resins and Purification Kits 四.PGEX系列表達載體 T EcoR?pGEX-1 I/BAPpGEX-2TpGEX-2TKpGEX-3XpGEX-4T-1pGEX-4T-2pGEX-4T-3pGEX-5X-1pGEX-5X-2pGEX-5X-3pGEX-6P-1pGEX-6P-2pGEX-6P-3五.PTYB system PTYB1 PTYB2 PTYB11 PTYB12 六.真核表達載體 pCDNA3.1(-) pCDNA3.1(+) pPICZ alpha ApGAPZαAPYES2.0 pBI121 pEGFP-N1 pEGFP-C1 pPIC9KpPIC3.5K

如何閱讀分析質粒圖譜

載體主要有病毒和非病毒兩大類,其中質粒DNA是一種新的非病毒轉基因載體。一、一個合格質粒的組成要素複製起始位點Ori? 即控制複製起始的位點。原核生物DNA分子中只有一個複製起始點。而真核生物DNA分子有多個複製起始位點。抗生素抗性基因 可以便於加以檢測，如Amp+? ,Kan+多?克隆位點MCS 克隆攜帶外源基因片段P/E? 啟動子/增強子Terms 終止信號?加poly（A）信號? 可以起到穩定mRNA作用二、如何閱讀質粒圖譜第一步：首先看Ori的位置，了解質粒的類型（原核/真核/穿梭質粒）第二步：再看篩選標記，如抗性，決定使用什麼篩選標記。（1）Ampr 水解β－內醯胺環，解除氨苄的毒性。（2）tetr 可以阻止四環素進入細胞。（3）camr 生成氯黴素羥乙醯基衍生物，使之失去毒性。（4）neor（kanr） 氨基糖苷磷酸轉移酶 使G418（長那黴素衍生物）失活（5）hygr 使潮黴素β失活。第三步：看多克隆位點（MCS）。它具有多個限制酶的單一切點。便於外源基因的插入。如果在這些位點外有外源基因的插入，會導致某種標誌基因的失活，而便於篩選。決定能不能放目的基因以及如何放置目的基因。第四步：再看外源DNA插入片段大小。質粒一般只能容納小於10Kb的外源DNA片段。一般來說，外源DNA片段越長，越難插入，越不穩定，轉化效率越低。第五步：是否含有表達系統元件，即啟動子－核糖體結合位點－克隆位點－轉錄終止信號。這是用來區別克隆載體與表達載體。克隆載體中加入一些與表達調控有關的元件即成為表達載體。選用那種載體，還是要以實驗目的為準繩。啟動子－核糖體結合位點－克隆位點－轉錄終止信號啟動子－促進DNA轉錄的DNA順序，這個DNA區域常在基因或操縱子編碼順序的上游，是DNA分子上可以與RNApol特異性結合併使之開始轉錄的部位，但啟動子本身不被轉錄。?增強子/沉默子－為真核?基因組（包括真核病毒基因組）中的一種具有增強鄰近基因轉錄過程的調控順序。其作用與增強子所在的位置或方向無關。即在所調控基因上游或下游均可發揮作用。/沉默子－負增強子，負調控序列。核糖體結合位點/起始密碼/SD序列（Rbs/AGU/SDs）：mRNA有核糖體的兩個結合位點，對於原核而言是AUG（起始密碼）和SD序列。?轉錄終止順序（終止子）/翻譯終止密碼子：結構基因的最後一個外顯子中有一個AATAAA的保守序列，此位點down－stream有一段GT或T富豐區，這2部分共同構成poly（A）加尾信號。結構基因的最後一個外顯子中有一個AATAAA的保守序列，此位點down－stream有一段GT或T富豐區，這2部分共同構成poly（A）加尾信號。?回答有人之前提出的一個問題：為什麼質粒圖譜上有的箭頭順時針有的箭頭逆時針，那其實是代表兩條DNA鏈，即質粒是環狀雙鏈DNA，它的啟動子等在其中一條鏈上，而它的抗性基因在另一條鏈上.三、介紹一下關於載體的知識（雖然課本上都有寫）1.什麼是載體即要把一個有用的基因（目的基因——研究或應用基因）通過基因工程手段送到生物細胞（受體細胞），需要運載工具（交通工具）攜帶外源基因進入受體細胞，這種運載工具就叫做載體（vector）。P.S.基因工程所用的vector實際上是DNA分子，是用來攜帶目的基因片段進入受體細胞的DNA2.載體的分類―――按功能分成：（1）克隆載體 都有一個鬆弛的複製子，能帶動外源基因，在宿主細胞中複製擴增。它是用來克隆和擴增DNA片段（基因）的載體。（所以有時實驗時擴增效率低下，要注意是不是使用的嚴謹行載體）（2）表達載體 具有克隆載體的基本元件（ori,Ampr,Mcs等）還具有轉錄/翻譯所必需的DNA順序的載體。―――按進入受體細胞類型分：（1）原核載體 （2）真核載體 （3）穿梭載體（sbuttle vector） 指在兩種宿主生物體內複製的載體分子，因而可以運載目的基因（穿梭往返兩種生物之間）.P.S. 穿梭質粒含原核和真核生物2個複製子，以確保兩類細胞中都能擴增。3.基因工程載體的3個特點：（一）都能獨立自主的複製：載體DNA分子中有一段不影響它們擴增的非必需區域，如MCS，插在其中的外源DNA片段，能被動的跟著載體一起複制/擴增，就像載體的正常成分一樣。（二）都能便利的加以檢測： 如載體的藥物抗性基因，多是抗生素抗性基因，將受體細胞放在含有該抗生素培養板上培養生長時，只有攜帶這些抗性基因的載體分子的受體細胞才能存活。（三）都能容易進入宿主細胞中去，也易從宿主細胞中分離純化出來。4.載體的選擇和製備：選擇載體主要依據構建的目的，同時要考慮載體中應有合適的限制酶切位點。如果構建的目的是要表達一個特定的基因，則要選擇合適的表達載體。載體選擇主要考慮下述3點：【1】構建DNA重組體的目的，克隆擴增/表達表達，選擇合適的克隆載體/表達載體。【2】.載體的類型：（1）克隆載體的克隆能力－據克隆片段大小（大選大，小選小）。如<10kb選質粒。（2）表達載體據受體細胞類型－原核/真核/穿梭，E.coli/哺乳類細胞表達載體。（3）對原核表達載體應該注意3點：①選擇合適的啟動子及相應的受體菌；②用於表達真核蛋白質時注意克服4個困難和閱讀框錯位；③表達天然蛋白質或融合蛋白作為相應載體的參考。【3】載體MCS中的酶切位點數與組成方向因載體不同而異，適應目的基因與載體易於鏈接，不產生閱讀框架錯位。選用質粒（最常用）做載體的4點要求：①選分子量小的質粒，即小載體（1－1.5kb）→不易損壞，在細菌裡面拷貝數也多（也有大載體）；②一般使用鬆弛型質粒在細菌里擴增不受約束，一般10個以上的拷貝，而嚴謹型質粒<10個。③必需具備一個以上的酶切位點，有選擇的餘地；④必需有易檢測的標記，多是抗生素的抗性基因，不特指多位Ampr（試一試）。無論選用哪種載體，首先都要獲得載體分子，然後採用適當的限制酶將載體DNA進行切割，獲得分子，以便於與目的基因片段進行連接