美國人是如何看待中國駐南斯拉夫使館被炸的？
而接下來經過精心安排的道歉行動又進一步激怒了中國民眾。
尚慕傑大使在炸館事件之後，立即與中國外交部聯繫，對這一「可怕失誤」而引起的傷亡表示哀悼。但華盛頓卻在事發數小時後才表態，聲稱炸館事件是一個目標定位錯誤，並對「誤炸所造成的傷亡深表遺憾」。柯林頓總統稱炸館事件是個「不幸的失誤」，就此事「向中國領導人和人民表示真誠的遺憾和哀悼」，但同時又指出，塞爾維亞總統米洛舍維奇的「種族清洗」政策才是問題的根源。
這些言論激怒了中國駐美大使李肇星，他告訴公共電視網（PBS）新聞節目的吉姆·勒瑞爾：「如果你們只說聲『對不起』卻不採取任何深入措施就甩手走人的話，只會增加中國人民的憤慨。」顯然，華盛頓必須做出更多努力才能滿足中方的要求，包括道歉、調查、賠償及懲罰責任人。
調查結果：美國人自己都很難理解
事態發展至此，一個由白宮、國務院和國防部官員構成的部際工作組才開始定期協商，為國安會主要領導成員提出政策建設。一位參加者曾說：「我知道這件事根本是個意外，是一個行動上的失誤，但要了解發生的原因，然後再解釋給中國方面聽，那就完全是另外一回事了。整個事件神秘莫測，官僚們一籌莫展，這實在是一場災難。」
8日傍晚，國務卿奧爾布賴特親自攜帶道歉信前往中國駐美大使館。除了傳達我方誤炸中國大使館及其所造成的悲劇深感歉意之外，還提到「我們不能坐視米洛舍維奇施行其『種族清洗』的政策」，北約有必要繼續對南聯盟進行軍事行動。信中還希望中國政府加強對美駐華外交機構的安全保衛措施。
同時，美國政府針對中情局的作業程序及失察，進行了一系列調查，希望藉此了解指定目標作業為什麼會出現如此大的偏差。整個調查由副國務卿約翰？哈姆雷和參聯會主席約瑟夫？羅爾斯頓牽頭負責，有層層保密措施。儘管哈姆雷博士和中情局局長特內特後來列舉了目標定位錯誤的主要原因，但細節和結論至今未能解密。
有一位參與調查的官員描述說：「有兩個並存的事實：一方面美國有非常好的技術，例如隱形轟炸機、激光制導系統、衛星定位技術和空中加油；但另一方面，某人在地下室里一邊讀著報紙體育版，吃著裹了糖粉的麵包圈，喝著大杯的思樂飲料，一邊選定一個他從未去過的城市作為轟炸目標。」
這種情況就連美國人自己都很難理解，對中國人來說就更加不可思議。因此，他們很容易將這一事實與陰謀聯繫起來，並且深信不疑。
唐家璇駁回美方解釋：誤炸結論斷難接受
初步調查結束之後，美方馬上組團到北京解釋調查結果。代表團由總統特使、負責政治事務的副國務卿托馬斯·皮克林率領，成員來自白宮、情報界、國務院和國防部長辦公室。
6月17日，皮克林藉助幻燈片和其他可視資料，竭力讓充滿疑問的中方官員相信，炸館事件純屬意外。他把這起意外事故歸咎於諸多失誤：目標定位技術出了問題，資料庫的不準確和不完整，以及本應發現錯誤的複審過程不盡完善。
皮克林強調美國沒有理由故意襲擊中國使館，那樣一個決定是違反美國理念和實踐的，無助於實現北約削弱「南斯拉夫政府和軍隊鎮壓科索沃能力」的目標，而且會使美國為結束這場衝突而在外交上徵得中方的支持變得更加困難。
中國外交部長唐家璇駁回了美方的解釋，認為它不夠充分、缺乏說服力。他說：「美方迄今對事件發生原因所做出的解釋，是難以令人信服的，由此而得出的所謂『誤炸』結論，是中國政府和人民斷然無法接受的。」
而在華盛頓，國防部明顯對特使之行缺乏熱情，軍職官員沒有一人隨團去北京。部分國會議員指責中國政府利用炸館事件，操控公眾情緒，煽動反美抗議活動，以迫使美國在其他問題上讓步。
危機善後：中國如願加入WTO
儘管中國政府對皮克林的解釋並不滿意，但官方層面停止了對炸館事件的追究。柯林頓政府也表示不會為了平息中方怒氣而在台灣問題、中國入世條件或其他雙邊爭端上讓步。炸館事件引發的爭吵至此大體結束，雙方開始採取實質性措施平息危機。
7月30日，中美雙方宣布，美國政府將向事件中的27位受傷者以及3位死者的家屬，支付450萬美元的賠償。9月，美方將賠款交付中國政府。同月，柯林頓和江澤民利用參加在紐西蘭奧克蘭舉行的亞太經合組織首腦會議之機，進行了數次頗有成效的會談。此後，總統國家安全事務助理桑迪？伯傑對外表示中美關係已經「回到正軌」。
1999年11月，中美雙方就中國加入世貿組織達成協議。同年12月，美國政府同意支付中國政府2800萬美元以賠償中國使館遭受的損毀，協議同時要求中國付給美國280萬美元以賠償美駐華外交機構的損失。2000年初，中美兩國恢復了全面的雙邊軍事交流。
然而在非官方的場合，很多中國人依然認為炸館事件是蓄意而為，美國人或是為了懲罰中國在科索沃戰爭問題上與美國作對，或是為了逼迫中國在台灣或其他問題上做出讓步。
2000年4月，中情局宣布了對炸館事件責任人的處罰：解僱一位中級官員，並對其他6人給予行政處分。中國外交部發言人批評中情局的措施失當，並再度呼籲美國政府「懲罰肇事者」。然而，此時華盛頓已忙於即將在11月舉行的總統大選，北京也將注意力集中到應對民進黨候選人陳水扁競選台灣「總統」一事上。
事後來看，此次危機之所以最終得以緩解，很大程度上有賴於雙方多年的交往、商貿關係、對兩國共同戰略利益（「壓艙石」）的全面認識，以及危機管理者真誠的努力，使這一依然神秘難解的悲劇性事件不再成為影響兩國關係發展的障礙。穩住了中美關係這艘在驚濤駭浪中穿行的巨輪
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