孟浩巍 高通量測序技術專欄

第1次Live上機錄像：2017-06-26-R語言相關內容補充

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主要內容：

R語言背景介紹（1:00 - 24:00)

R studio 代碼演示RNA-Seq相關圖的製作 （25:00 - 75:00)

第2次Live上機錄像：2017-08-04-高通量測序技術交流錄像

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主要內容：

Linux基礎操作 （1:00 - 20:30)

conda的安裝與調試 （20:30 - 24:30)

參考基因組的下載與bowtie2 index的建立 （24:45 - 41:00）

RNA-Seq的分析流程 （41:30 - 75:00）

PCA的原理與實現 （76:00 - end）

第3次Live上機錄像：20170904-ChIP-Seq實驗背景與數據分析

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主要內容：

ENCODE計劃 （6:30 - 7:30)

ChIP-Seq技術 （7:40 - 13:00）

Hi-C技術（13:30 - 15:40）

FAIRE-Seq （15:40 - 24:00）

CLIP 技術（24:00 - 26:00）

從ENCODE上下載數據 （26:40 - 33:00）

ChIP-Seq的標準分析流程 （34:00 - 100:00）

第4次Live上機錄像：2017-10-09-UCSC Genome Browser 和 WashU Genome Browser

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主要內容：

Vim的介紹與配置（1:00 - 21:00）

數據的標準格式fasta,fastq,bed,bam,sam,bigwig (22:00 - 40:00)

資料庫的選擇（42:00 - 46:00）

千人基因組資料庫 (48:00 - 54:00)

TCGA資料庫 (55:00 - 60:00)

GTEx (60:00 - 66:00)

UCSC genome browser (66:00 - 86:00)

Wash U genome browser (87:00 - 110:00)

第5次Live上機錄像（第1部分）：20171030-學習Python做生信-Python基礎入門

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主要內容：

Python的安裝[linux,windows](0:00 - 5:00)

Python的基礎操作[賦值，加，減，乘，除，乘方，取余等] (5:00 - 14:00)

Python的數據類型與基本操作[int，str，list，dict等] (14:00 - 54:00)

Python的循環語句與判斷[while，for，if...elif...else] (54:00 - 68:00)

Python的自定義函數[def]（69:00 - 79:00）

Python的文件讀寫[open] (80:00 - 95:00)

課程PPT及第1部分作業要求及答案：

鏈接:[圖片]http://pan.baidu.com/s/1jHNphyu 密碼:ybdu

第5次Live上機錄像（第2部分）：20171030-教你用snakemake搭pipeline

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主要內容：

snakemake的優勢(00:00-03:00)

snakemake的基礎格式(03:00-09:00)

一個簡單的snakemake流程(09:00-12:34)

如何運行一個snakefile(12:34-17:51)

把tophat2-cufflinks-cuffdiff寫成一個snakemake流程(22:20-50:00)

第5次Live上機錄像（第3部分）：20171106-學習Python做生信-實戰練習

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第1次直播作業的講解，統計人類線粒體序列中長度及各種鹼基的個數（0:00 - 22:00）

FASTQ格式轉到FASTA格式（22:00 - 45:00）

FASTA格式的讀取（45:00 - 59:00）

探索人類基因組的長度，N區域，GC含量等信息，提取基因組的序列（59:00 - 97:00）

探索人類轉錄組的exon總長度（98:00 - 128:00）

視頻番外1：20171026-基於BWT演算法的比對軟體原理解析（BWA & Bowtie & Bowtie2）

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第6次Live上機錄像（第1部分，共2部分）：2017-11-30-R語言入門與基礎繪圖系統 Part I

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R 語言的入門 （8:00 - 40:00）

R 語言基礎繪圖系統，繪製histgram和barplot （40:00 - 66:00）

R 語言繪製RNA-Seq兩個樣本FPKM的Scatter plot (67:00 - 77:00)

第6次Live上機錄像（第2部分，共2部分）：2017-12-03-R語言基礎繪圖詳解heatmap與volcano plot

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手把手教你，用R語言繪製RNA-Seq中Cuffdiff結果的volcano plot（1:00 - 63:00）

手把手教你，用R語言寫一個畫熱圖的函數並可視化Hi-C數據（63:00 - 127:00）

手把手教你，從熱圖中選擇感興趣的區域（127:00 - 135:00）

視頻番外2：2018-01-07 生物信息學教程-GO, KEGG, DO富集分析

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RNA-Seq的分析概覽 （4:40 - 9:30）

什麼是Gene Ontology（GO）,什麼是GO富集分析 （10:00 - 26:00）

使用R語言讀取cuffdiff結果並選擇差異表達基因 （28:00 - 40:00）

GO富集常用的網站工具，DAVID與EnrichR （40:00 - 50:00）

安裝調試做GO需要用的R包 （50:00 - 55:00）

使用R語言對RNA-Seq的結果做GO，KEGG，DO富集分析 （55:00 - 80:00）

對於有參非模式生物的注釋文件的搜索與下載（80:00 - 90:00）

第7次Live上機錄像：2018-02-05-轉錄組進階分析

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RNA-Seq的本質是什麼？

RNA-Seq尋找差異基因是為了幹什麼？

Raw Count是什麼東西？怎麼算？

FPKM/TPM是什麼東西？怎麼算？

Cuffdiff的原理

DESeq2的原理及代碼分享

第8次Live上機錄像：2018-05-R與Bioconductor的入門課

[圖片]2018-05-R與Bioconductor的入門課_嗶哩嗶哩 (゜-゜)つロ 乾杯~-bilibili

Bioconductor官網中都有哪些乾貨，應該怎麼學習？

如何安裝Bioconductor中的包？

Bioconductor分析基礎之GRange到底能幹點什麼？

如何使用BioStrings處理序列信息？

如何獲得任意一段human genome的序列信息？

如何統計human各條染色體的長度及GC含量？

如何使用rtracklayer讀取文件（以GTF文件為例）？

如何將不同版本的基因組坐標進行互相轉換？

如何將公共數據的ChIP-Seq peak信息與基因結構信息進行批量可視化？

如何使用GEOquery獲取發表數據信息？