他的叛亂致使清軍趁機南下，直接導致了南明政權的滅亡

1645年3月，左良玉為躲避李自成余部可能出現的南下，打著為崇禎太子複位的旗號，順江而下準備進攻南京。南京的弘光政權為了抵抗東進的左良玉，將江淮一帶的大部分兵力抽調至南京的西邊，只是江淮一帶的防禦力量十分空虛。北方的清軍不會放過這樣好的機會，迅速南下一舉瓦解了弘光政權。雖然說弘光王朝也有這樣那樣的問題，但是左良玉的叛亂是導致南明弘光政權的直接原因。

一、崇禎時期的獨斷專行和割據一方

左良玉在崇禎時期可以說是不可一世，李自成在河南一帶活動時，朝廷命令左良玉會同其他將領合圍李自成，但是左良玉總是出工不出力。面對小股農民軍趕盡殺絕，一旦遇到強敵立刻撤退。在孫傳庭的軍隊覆沒以後，左良玉可以說是中部地區唯一一支可以牽制李自成的力量。但是左良玉為了保存實力，遠遠地躲著李自成，從河南的中部一直退到了武昌一帶，想依靠長江進可攻退可守。崇禎皇帝幾次命令他北上襲擊李自成的後方，他都置若罔聞。在李自成率領軍隊向北京開進時，如果他能北上河南，李自成估計後方安全敢不敢繼續北上還很難說，但是左良玉就老老實實待在武昌沒有任何動作。

崇禎皇帝在北京自縊以後，福王朱由崧在南京即位。由於在李自成經過洛陽的過程中，左良玉救援不及，致使老福王被李自成一鍋煮了。所以左良玉很不希望福王朱由崧即位，他一直支撐潞王朱常淓。在朱由崧登基的聖旨到達武昌時，左良玉甚至不願意承認，在湖廣巡撫何騰蛟等人的勸說之下才接受了朱由崧的任命詔書。左良玉在荊襄一帶，完全不受任何控制，對於巡撫和巡按的話也是置若罔聞。由於朱由崧的登基完全是江淮地區軍閥的功勞，左良玉幾乎沒有得到任何的好處，這使左良玉十分的不快。

二、為了躲避農民軍的打擊，假借太子之名揮師東進

1645年3月，李自成在清軍的打擊之下節節敗退，逐步退往了湖北的襄陽地區，襄陽距離武昌的距離近在咫尺，之間僅有長江可以依靠。況且根據細作的報告李自成確實在搜集船隻準備渡江進攻武昌，這個情況讓左良玉十分恐慌，自己好不容易的安身之所怎麼能隨隨便便交給李自成。正好此時的南京發生了崇禎太子案，左良玉感覺機會到了，先不管太子是真是假，是假的也不要緊，當成真的供著就可以了。何況這樣自己既可以躲避李自成的軍隊，又可以把朱由崧趕下台，可以說是雙贏。說干就干，他偽造了皇太子密令，在將武昌城燒殺搶掠乾淨以後，他率領全軍順江東進。

在東進的過程中，還挾持了江南總督袁繼咸，如果是在太平時期，左良玉以下犯上的行為可以直接斬首。但是在那和混亂的時期，身為一品大員的袁繼咸也無可奈何。袁繼咸三次跳入長江自殺，均被救起沒有成功。天有不測風雲，左良玉在東進的途中暴斃而亡，但是他的兒子左夢庚繼續東進。聽到左軍東進的消息，南京的君臣十分恐慌，立刻調動江淮四鎮中的三鎮前往堵截左夢庚的軍隊。不過弘光皇帝朱由崧也不是傻瓜，他感覺三鎮的調動會造成江淮的空虛。但是當時的內閣大學士馬士英卻說「清軍南下，還可商議賠款；左軍若到我君臣只有死路一條」，事已至此也只能先關一頭了。

三、清軍趁機南下，弘光王朝迅速崩潰

當時已經到達江蘇北部的清軍當然不會放過這樣好的機會，趁你亂要你命。清軍迅速南下，史可法率領幾千軍隊死守揚州最後壯烈殉國。南明所依靠的江淮四鎮中的高傑、劉良佐、劉澤清三鎮投降清軍，共投降士兵23萬8千人。隨後左夢庚也帶著自己麾下的15萬軍隊投降，唯一還忠於明朝的黃得功被部下殺害後，也向清廷投降。就這樣清廷不費吹灰之力，南明投降軍隊的總數就在45萬以上，而南下的清軍總數只有11萬人，敗得可是真冤枉。

清軍以投降的明軍到達南京城下以後，南京的那些大臣打開城門向清軍投降，南京作為明太祖朱元璋時期的首都，北京失陷以後有的人把它當成了再次北伐光復大明的基地，還有人把它當成了劃江而治的中心。但是誰也沒有想到南京會這麼快陷落，這與弘光朝的腐敗和左良玉的叛亂是分不開的。那位弘光皇帝逃進了唯一還忠於大明朝的黃得功軍營之中，但是雖然黃得功忠心耿耿，但是他的屬下們卻各懷鬼胎。他們發動了兵變要交朱由崧送給清軍，黃得功彈壓不住，只能自殺謝罪。而朱由崧就這樣被亂兵送給了清軍，白白葬送了最有利的時機。