閩南之役
鄭成功是一個雄心勃勃的人，他致力建立起一個完善的軍事組織。他曾經歷過弘光政權與隆武政權，並發現明帝國一直以來內部紛爭不斷，文臣與武將之間相互排擠傾軋，又有所謂「清流」與「閹黨」之爭，他曾經痛心地說過「我朝委實無人，文臣弄權，」 「君實非戡亂之君，臣多庸碌之臣。」正是這種派系利益乃至個人利益之爭，使得偌大一個帝國，擁有廣闊的土地、人口、資源，卻面對滿族人的打擊而潰不成軍。鄭成功決心將自己的軍隊建立成一支團結一致、絕對服從於他的強大軍事力量，避免內部爭鬥為組織帶來的災難性後果。
從泉州撤兵，雖然是一次挫折，但他的軍隊並沒有遭到損失，鄭成功開始網羅更多的名士與武將。不久，原浙江巡撫盧若騰、進士葉翼雲、舉人陳鼎等人相續投奔鄭成功，鄭成功對這些文士十分尊重，以上賓之禮相待，在制定政策過程中，不時諮詢他們。另外，鄭成功也收羅一批武將，其中有甘輝、藍登、邱縉、林壯猷、金裕。
甘輝是海澄人，身材短小，猛勇絕倫，後來成為鄭成功麾下最驍勇的戰將之一；藍登是漳浦人，武藝高超。鄭成功深知自己的力量還過於脆弱，他不是象黃道周那樣容易意氣用事的人，他首先要訓練一支能征善戰的軍隊，並且必須要有足夠的物力、財力來維持這支軍隊的給養。
鄭成功繼承了父親海上貿易事業，作為鄭芝龍的長子，他生長於一個有著濃厚商業氣氛的家庭里，對海上貿易的重要性有著深刻的認識。鄭成功曾經向隆武帝建議「通洋裕國」，也曾向父親鄭芝龍建議「大開海道，興販各港，以足其餉」，不過由於此時鄭成功只有沒有一塊穩固的基地，所以他在海上貿易上也同樣存顯得薄弱。
正當鄭成功忙於通商與練兵之際，閩粵的抗清形勢又出現樂觀的局面。
在1647年七月，福建義軍攻克建寧府之後，緊接著，魯監國政權的南明軍隊在八月到
十月間又攻克連江、長樂、永福、閩清、羅源、寧德等地，福州周邊的縣城幾乎都落入南明軍隊手中。南明軍隊的勝利大大激勵淪陷區抗清運動的升級，在福州府的東北部的福寧州，原隆武朝廷的大學士劉中藻於福安起兵，並且克複縣城，之後，福寧府各地也先後爆發義軍起兵，到了次年（1648年）初，在劉中藻的主持下，義軍佔領福寧州。這樣，福建中北部的福州府、建寧府、興化府、福寧州基本上落入南明的控制之中。
從1644年清軍入關到1647年的幾年間，清軍以令人不可思議的速度將佔領區由北推進到南方，勢如破竹。但是這種千里大躍進的作戰導致了一個後果，就是清軍的佔領區並不牢靠，一方面是清政府野蠻的政策引起強烈的反彈，另一方面，由於收降太多的明朝將領，要給每個降將予合適的職位與權力，顯然是不可能的，這無疑使得明朝降將對清廷的態度出現了轉變。
金聲桓是一位為清廷賣命的南明降將，他原是左良玉的部將，投降清軍之後，作戰很賣力，在進攻江西的戰役中充當急先鋒，可是最後清廷授予的官職與他的期望值相去甚遠，同時他與清廷任命的江西巡撫、巡按等人矛盾甚深，在這種情況下，他決心反清歸明。
1648年正月，金聲桓發動兵變，殺死江西巡按、布政使等多名高官，江西巡撫被擒。金聲桓的反清歸明，對全國的抗清時局產生了非常積極的作用，除了江西南部地區外，其餘大部都起兵響應金聲桓，一時間江西成為反清的陣地，金聲恆的軍隊繼而攻佔九江，長江中下游一帶的淪陷區倍受鼓舞，特別是湖北、安徽等地的反清勢力迅速復甦。
在金聲桓反清之後的三個月，即1648年四月（此清歷，明歷為閏三月），兩廣提督李成棟也宣布反清歸明。李成棟這個人，是個屠夫、劊子手，他曾是李自成的部將，後投降清廷，充當清廷打手，是「嘉定三屠」這一駭人聽聞屠城事件的主要責任人，在剿殺隆武帝與紹武帝更是充當急先鋒的角色。李成棟與金聲桓一樣，自認為為清廷立下卓著功勛，在攻佔廣東後，他自認為朝廷將授他兩廣總督之職，不想清廷卻將兩廣總督、廣東巡撫授予所信任的遼東漢人佟養甲，這令李成棟懷恨在心。李成棟之所以最終反清歸明，還與他心愛的一個女人有關，這個人是他的愛妾趙氏，
福建、江西、廣東均掀起一波反清浪潮，鄭成功審時度勢，準備主動出擊。
鄭成功的實力仍然不夠強大，所以他將進攻的矛頭指向安平西部的同安縣，這裡的清軍守備力量比較弱，攻佔同安也可以保證安平基地的安全。
同安城外的戰鬥，表現最突出的是剛剛投奔鄭成功不久的甘輝，他作戰勇猛，膽氣過人，在戰鬥中，同安守備王廷被甘輝所斬殺，清軍傷亡過半，只得退入城中。由於同安城的城垣低矮，而且地形平坦，無險可守，所以清軍副將廉彪、知縣張效齡棄城而逃。第二天，鄭成功的軍隊兵不血刃佔領同安城。
這次戰役規模不大，不過對於鄭成功來說，意義不小。與前一年的泉州戰役不同，這次鄭成功是獨立作戰，這一年他也只有二十四歲，獨立指揮對於磨鍊他的軍事才能有著重要作用，同時也使他的影響力日益擴大。一些鄭芝龍的部將又陸續歸集到了鄭成功的麾下，其中有林察等人。
林察曾是鄭芝龍的部下，海軍將領，在鄭芝龍降清之後，鄭氏集團許多舊將都投降清軍，但林察拒絕投降，他南下廣東，擁立紹武帝，但不久紹武帝與永曆帝兩個政權兵戈相見，爆發內戰，林察率海軍擊敗了永曆軍隊，但不僅後由於李成棟率清軍入廣東，紹武政權覆滅，林察四處輾轉，回到福建。鄭成功發動同安戰役取得勝利後，林察前來投靠，並向鄭成功詳述永曆政權的情況。
此時李成棟在反正之後，控制了廣東，並將永曆帝從廣西迎回到廣東肇慶，廣東成為反清的大後方，永曆帝在南明的合法政權得到承認，在這樣的背景下，鄭成功決定放棄使用隆武年號，改奉永曆年號，並派人前往肇慶，上表稱賀，表示認可永曆政權的領導地位，並且率領一部分戰船，抵達福建南部的銅山島，準備等候永曆帝的聖旨，以便與永曆政權的其他軍事力量通力合作，共圖恢復大業。
此時，福建中北部的抗清運動遭到清政府的血腥彈壓。
魯監國與鄭彩的軍隊，包括各路自發興起的義軍曾一度控制了福建的中北部地區，在形勢大好的情形下，兩個因素導致了收復福建軍事行動的失敗。
第一個因素，是南明政權中無法克服的毛病，就是內部的爭鬥與傾軋。來自魯監國集團的熊汝霖與鄭遵謙與鄭彩之間矛盾重重，在1648年初，鄭彩先後除掉熊汝霖與鄭遵謙，這使得魯監國與鄭彩之間的合作出現了巨大的裂痕，同時，收復福寧州的功臣劉中藻與鄭彩也是矛盾很深，這些內部的爭鬥破壞了抗清力量的團結，內耗使得清軍得以各個擊破中北部的南明力量。
第二個因素，是清軍大舉增兵，禮部尚書陳泰被任命為靖南將軍，統兵大舉進入福建，同時，浙閩總督陳錦也派兵從浙江入福建，到四月清軍援軍主力進入福州，之後幾個月內，魯監國政權控制下的福建中北部絕大多數縣城，均落入清軍之手。
七月，由於閩中、閩北等地義軍多被清軍擊敗，清軍將領佟鼐、李率泰、陳錦率軍南下，直撲同安。
留守同安的鄭軍出城與清軍會戰，但寡不敵眾，鄭軍將領邱縉身中五箭，身負重傷，軍隊被迫撤回同安城內，但是同安城的防禦工事很是脆弱。由於鄭成功已率主力到銅山島，同安城守軍沒有外援，只得死守，鄭軍的戰鬥非常頑強，使得清軍屢屢受挫，攻城戰持續了一個多月，到八月中旬，同安城終於被攻破。
鄭軍守將邱縉、林壯猷、金作裕均投入與清軍的巷戰之中，力戰而死，擔任同安知縣葉翼雲等人被俘，拒絕投降，從容赴死。
這次同安保衛戰，鄭軍表現出極為英勇的大無畏精神，令清軍傷亡極大，清軍主將佟鼐惱羞成怒，下令屠城，致使同安城內屋舍一空，血滿溝渠。
由於同安距鄭成功所駐的銅山島距離很遠，加之清軍的封鎖，直到八月份，鄭成功方才得知同安城被圍攻的消息，他大驚失色，當即命令海軍返援，可不巧的是，海上狂風巨浪，迫使船隊整整花了五天的時間，才抵達金門島，此時已經傳來同安失守、全城遭屠的消息，鄭成功在金門島遙祭英靈，失聲痛哭，全體將士，無不動容。
同安陷落後，鄭成功將軍隊帶回銅山島，一部分駐於鎮海。銅山島位於福建的南部，離廣東較近，可見此時的鄭成功希望與永曆政權聯合作戰，共同推進抗清事業。
可能在這個時間段，施郎、施天福、洪習山、黃廷等閩籍將領從廣東投奔到鄭成功麾下。
施郎曾追隨黃道周入江西，由於他的軍事建議得不到黃道周的認同，他便擅自脫隊返回福建，在鄭芝龍降清後，施郎也隨即投降清軍，並與其他鄭軍將領跟隨李成棟入廣東與南明軍隊作戰。李成棟對這些鄭軍舊將懷有很深的偏見，除了施郎外，其他鄭家舊將如施福、洪習山、黃廷等人，均被李成棟所打壓。
在李成棟反清歸明、迎回永曆帝之後，大力排斥鄭軍舊將，上書要求將施福、施郎、林習山等福建籍將領遣返回福建。當施郎部經潮州準備返回福建時，佔據潮州的李成棟部將郝尚久企圖加害施郎，將這支福建軍隊一網打盡。
施郎得知此事後，急忙率領所部士兵逃到饒平，郝尚久率軍追擊，施郎且戰且退，經過一個多月的艱苦突圍，終於擺脫郝尚久的追擊，施郎的兩位從弟都在撤退途中死去，施郎率所部投奔鄭成功，鄭成功授予他左先鋒鎮的鎮將軍職。
李成棟、郝尚久對鄭軍舊將的迫害，導致了嚴重的後果，為日後鄭成功與郝尚久兵戎相見，埋下了禍根。
施郎確實是一員非常優秀的將領，他的到來，給鄭軍帶來了軍事訓練上的革新，他深諳兵法，猶其在海戰上他有一套獨特的陣法，後來鄭軍海軍中的樓櫓、旗幟、伍陣相離之法，多是施郎所創置。
除施郎外，施福、林習山、黃廷等人也陸續返回福建，並投奔到鄭成功麾下，這不僅壯大了鄭成功的軍事力量，更重要的是，使鄭軍擁有一批富有作戰經驗的將領與士兵，戰鬥力得到大大的提升。
鄭成功移師銅山島，可能還有一個目的，這一年福建出現了嚴重的饑荒，鄭成功不得不與鄭彩聯手，組織大批的船隻前往廣東購買糧食，同時也在銅山附近的詔安募兵征餉。
鄭成功在詔安征糧餉遇到了很大的困難，詔安人林日灼等人鼓動當地人拒絕交糧餉，武裝對抗，結果鄭成功不得不動用軍隊，派甘輝率軍鎮壓林日灼等人的騷亂。
在鄭成功陷入糧荒的困境中時，全國的抗清形勢再次發生大逆轉。
1649年初（永曆三年），南明中興的希望，三大軍事力量金聲桓、何騰蛟、李成棟相續敗亡，中興的希望泡沫破滅。
江西在金聲桓反清歸明後，曾有一度成為全國的抗清中心，金聲桓在1648年的三月對江西南部的贛州發動進攻，但是贛州戰役卻進展緩慢，經過兩個多月的圍攻，仍然未能攻克贛州。此時清廷以譚泰為征南大將軍，大舉增兵江西，並開始進攻南昌。金聲桓被迫放棄贛州之戰，退保南昌，到次年（1649年）正月，南昌終於被清軍攻破，金聲桓自殺身亡。
中國人都知道唇亡齒寒的道理，但在南明內部，這個淺顯的道理一再被爭權奪利的官僚們所忽視。在金聲恆被圍困南昌期間，無論是南方的李成棟還是西面的何騰膠，都沒有給予有力的支援。李成棟並不急於救援南昌城，而是在九月份對江西贛州發動進攻，然而這次浩大的攻勢卻意外地被堅強的贛州守軍所遏制，南明軍隊損失了一萬多人，李成棟心灰意冷地返回廣州。次年二月，李成棟對贛州發動第二次進攻，贛州的清軍採取主動出擊的策略，李成棟軍大敗，而他本人也在渡河過程中意外落水喪命。
幾乎與金聲桓、李成棟敗亡的同時，永曆政權下最重要的將領之一何騰蛟意外失手。
金聲桓與李成棟的相續反正，給了南明的復興一個難逢的機會，在這種情況下，南明軍隊乘機反撲，佔領了湖南絕大部分地區，然而南明內鬥的故事卻一再重演，致使軍隊內部一片混亂，清軍漁翁得利，濟爾哈朗迅速進逼何騰蛟所在的湘潭，當時何騰蛟想召回逃亡的南明軍隊，手上根本沒有軍隊，因此被清軍所俘虜，他拒絕投降，最終被清軍處死。南明復興的事業，又從高潮跌落低谷。
西子湖邊草木肅，岳王廟宇柏青青。
英魂遺像應長駐，古井精忠尚有名。
細柳軍發敵陣裂，背嵬奮迅浮圖驚。
金牌十二汴梁外，風過松濤猶恨聲。
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