康熙十二年三月，「平南王」尚可喜年老還鄉遼東，請留其子尚之信繼續鎮守廣東。但經朝議不許，矛盾終於總爆發了。吳三桂和耿精忠得知後不能自安，在同年七月先後疏請撤兵，以試探朝廷意旨。當時，朝廷上主張不可撤藩的占絕大多數，支持撤藩的只有兵部尚書明珠等少數官員。二十歲的康熙帝力排眾議：「三桂等蓄謀久，不早除之，將養癰成患。今日撤亦反，不撤亦反，不若先發。」於是遂詔令盡撤三藩。

　　吳三桂見勢不妙，在康熙十二年(公元1673年)自封「天下都招討兵馬大元帥」以復明為口號反清，並連接其他二藩和台灣鄭經。但他劣跡斑斑的不齒行徑早被人們看穿，就是願意復明的人都不依附他。吳三桂輕視康熙，也錯誤地估計了形勢，現在清朝基本統一之後人心思定，不願造反了。開始吳三桂氣勢洶洶，主力東侵黔、湘，達十四萬人馬，側翼也有幾萬人攻打川陝。一時南邊大亂，康熙臨危不懼，為了顯示決心，殺了吳三桂子吳應熊(娶皇太極之女建寧長公主)、其孫吳世霖，其孫吳世璠早歸得免。消息傳到吳軍，吳三桂正在吃飯，聞訊大驚失色。康熙加強了一線指揮官的權力，經過艱苦奮戰，終於先後迫降耿精忠、尚之信，集中兵力對付吳三桂。

　　清軍扼守荊州、陝南，遏制了吳三桂的進攻，然後不停地調兵遣將，漸漸掌握了戰爭主動權。吳三桂在節節敗退之際，還不忘在康熙十七年三月于衡州稱帝，但八月十七日就病死了，其孫吳世璠即位，軍心渙散。康熙十九年(1680年)，清軍攻克昆明，吳世璠自殺。歷時八年的「三藩之亂」終於平息，這對鞏固中央集權、促進經濟發展有重大意義。當康熙在半夜得到勝利的報告時，欣喜之餘寫下了「回思幾載焦勞意，此日方同萬國歡」的詩句。

　　金甌無缺：維護國家統一

　　康熙對中華民族做出的巨大貢獻之一是全力維護了中國的統一，可謂彪炳史冊。

　　統一台灣。17世紀初，荷蘭、西班牙等殖民者乘明末動亂之時先後侵入台灣，後被荷蘭獨霸。順治十八年(公元1661年)四月，鄭成功以南明王朝招討大將軍的名義，率2　5萬將士及數百艘戰艦進攻台灣，經過激烈戰鬥於次年收復了台灣作為反清基地，這是中國反抗西方殖民主義的一次巨大勝利，為中華民族立下了大功。

　　可惜天妒英才，次年即康熙元年(公元1662年)不肯降清的鄭成功不幸去世，年僅三十八歲。鄭經經過內鬥繼承了王位，在「三藩之亂」時曾經出兵大陸但遭到失敗；鄭軍經常騷擾沿海，清朝被迫實行「海禁」，以斷絕台灣和大陸的軍政、經濟聯繫，以圖瓦解鄭軍。在大力招撫不成的同時，清朝也策划過武力征服，康熙三年(公元1664年)、康熙四年兩次以鄭軍降將、和鄭成功有殺父之仇的施琅率領水師攻打台灣，不料都遭遇颶風被迫退回。

　　在平定「三藩」後，統一台灣就再次被提上了議事日程。康熙二十年(公元1681年)，鄭經突然死亡，長子被殺，次子鄭克塽即王位，內部爭鬥不息。施琅認為有可乘之機，請求攻台。康熙聽取了大家的意見，反駁了一些人認為施琅不可信的說法，以施琅為福建水師提督，於康熙二十二年(公元1683年)六月十四日帶領兩萬水師、戰船三百艘自銅山出發，向台灣的門戶澎湖列島進軍。

　　鄭軍守將劉國軒以兩萬水師、戰船兩百多艘迎戰。劉國軒先是小勝，但施琅總結經驗，「以五船結一隊，攻彼一船」的「五梅花」陣法，分三路急攻，經過激烈戰鬥大破鄭軍，鄭軍死亡1　2萬人，水軍主力殆盡。劉國軒退回台灣，勸說鄭克塽投降。鄭克塽見大勢已去，被迫削髮投降，封為正黃旗海澄公。

　　至此，中國終於再次實現全部統一，作為決策者的康熙居功至偉。鄭成功對台灣的回歸功不可沒，但此時已經是事變時移了，和清朝剛剛入關時不同了。當清軍入關時民族矛盾是主要矛盾，當清朝基本統一之後，中央和地方的矛盾(或者說統一和分裂的矛盾)就成為主要矛盾了。鄭經在時還曾經想在大陸發展，後來失敗後就畫地為牢，不再以光復大明為念了，逐漸變成一方割據勢力，而且兵力眾多，百姓負擔很重，內亂不已，性質已經不能和鄭成功之時相比了，所以康熙統一台灣是歷史的必然，值得大書特書。

　　抗擊沙俄。從17世紀中葉起，沙俄侵略軍開始越過外興安嶺，侵入中國黑龍江流域，燒毀村莊，殺掠人口，搶奪糧食和各種物產，給中方造成了巨大損失。不僅如此，沙俄還採取修建據點的辦法逐步蠶食中國國土，先後在黑龍江上游修建了尼布楚、雅克薩、楚庫柏興三個重要的據點，此外還有一些小的據點，無惡不作。康熙十九年(公元1680年)，沙俄又成立了「尼布楚督軍區」，並在額爾古納河東岸建立了額爾古納堡，入侵的勢頭更猛。

　　康熙二十年(公元1681年)，康熙派大理寺卿明愛前往黑龍江與沙俄交涉談判被拒，於是康熙決定武力驅逐俄軍。康熙二十一年(公元1682年)四月，康熙在到盛京謁陵後巡視了東北邊疆，並觀看了松花江上的水師演習，九月派副都統郎談等人以打獵為名前去雅克薩偵探。他拒絕了郎談在春天發動進攻的意見，而是在黑龍江城和呼瑪兩地建立城堡，與俄軍對峙，並做好戰鬥準備。

　　此時沙俄方面也在加緊備戰，不僅加固了雅克薩城堡，建立了炮樓，還不斷增兵，單獨成立了「雅克薩督軍區」，為了解決糧食問題還建立了多處農莊，準備長期抵抗。康熙先文後武，又派了兩名使臣去尼布楚要求談判但遭無理拒絕，於是第一次雅克薩戰爭爆發。

　　康熙二十四年(公元1685年)，康熙任命彭春為統帥，以三千人集結於黑龍江城。在五月二十二日發出最後通牒不果後，清軍於二十四日消滅了一隊沙俄援軍，擊斃三十多人，俘虜十多人；二十五日發動強攻，擊斃一百多人，城堡里火光衝天，雅克薩督軍托爾布津走投無路只得投降，七百多人被俘。彭春按照康熙「勿殺一人，俾還故土」的精神，在得到其不再重犯的保證後把他們都放了，並允許帶著全部武器和財產。

　　但是彭春犯了個大錯：他既沒有等到莊稼收割，也沒有等到朝廷詔令、設立哨所，只是燒毀了城堡就撤軍了，兩個月後，沙俄見有機可乘就再次佔領了雅克薩。過了好幾個月康熙才得知，他立即部署了第二次雅克薩戰爭。

　　康熙二十五年(公元1686年)二月，康熙令黑龍江將軍薩布素率軍二千人進攻雅克薩。五月上旬，薩布素逼近雅克薩，令敵軍投降，此時敵軍有八百二十六人，並配有十二門大炮，仗勢不理。清軍斷其歸路，從南北兩路進攻，斃敵一百一十一人，敵督軍托爾布津也被擊斃。因為敵人火力強大，一時急攻不下，就改為長期圍困達五個月，俄軍大部死亡，僅剩一百五十人坐以待斃，到了十二月就只剩六十六人了。此時沙皇得知，大為驚慌，派出使者到北京同意談判。薩布素遵令停止進攻，任其出入。但狡詐的沙俄竟因圍解而故意托延達一年半之久，在清朝的多次催促下才在尼布楚進行談判。此時因為噶爾丹攻佔喀爾喀(即外蒙)，康熙根據新的形勢，確定了談判底線。經過一番舌戰，在中國作出一定的讓步之後，中俄雙方終於於康熙二十八年(公元1689年)七月二十四日達成協議，即著名的《尼布楚條約》。

　　條約主要規定以格爾必齊河、外興安嶺、額爾古納河為兩國分界線，俄軍撤出雅克薩和其他在中國界內的所有據點；同時在商貿上清朝也作出了讓步。這是一個基本平等的條約，確保了這一地區一百七十多年的穩定，直到不平等的《璦琿條約》簽訂。

　　第二次雅克薩戰爭中，清軍人多勢眾，士氣高昂，竟然不能攻克雅克薩城堡，主要原因就是攻擊力太弱——清軍二千人除了「神威無敵大將軍」等少量火炮外，只有五十枝火槍，其餘均是古老落後的弓箭！這是康熙不忘祖先以騎射取天下的居安思危的長處，然而更是他在這方面目光短淺的地方，令人惋嘆的是戰後清朝也沒有大力發展軍械，這一巨大的錯誤，為日後中國的百年受辱埋下了伏筆。

　　平定噶爾丹之亂。清初的蒙古分為漠南蒙古(內蒙古)、漠北蒙古(外蒙古，即喀爾朝喀蒙古)、漠西蒙古(西蒙古，即厄魯特蒙古)三大部分。其中漠南蒙古早已與清朝聯盟，康熙起的作用就是收服外蒙古、部分統一西蒙古(剩餘部分是雍正和乾隆時收服)。其中，三次親征平定西蒙古四部之一的準噶爾部的噶爾丹反叛是平息蒙古各部內鬥實現統一管轄的關鍵。

　　為人狡黠的噶爾丹是噶爾丹部首領僧格之弟，最早在西藏為僧，很受達賴喇嘛的賞識，封為「大活佛」。他身在佛門，卻志不在此，喜好武功。康熙十年(公元1671年)僧格被殺，二十八歲的噶爾丹在西藏藏王(第巴)桑給嘉措控制的五世達賴的支持下奪取了汗位。他的上台，多虧了叔叔之力；但他過河拆橋，一上台就向叔叔開戰但失利，然後向岳父求救並打敗了叔叔；誰知忘恩負義的他又翻臉不認人，把岳父打得逃亡青海。經過幾年戰爭基本統一了西蒙古，於康熙十九年(公元1680年)派十二萬騎兵進入喀什控制了南疆。康熙二十七年(公元1688年)又率領三萬人馬突襲外蒙三大部之一的土謝圖汗，以報復他殺死弟弟多爾齊扎卜。其弟之死其實也怪噶爾丹自己，因為是他挑撥土謝圖汗和札薩克圖汗的關係想達到火中取栗的目的，這也是與沙俄勾結受沙俄驅使的。土謝圖汗不敵，投向清廷。因為康熙怕兩面受敵，不僅導致原定的在外蒙與沙俄談判改為尼布楚，而且白白損失了不少領土。