生物信息學軟體安裝2：使用Bioconda管理生信軟體

來自專欄 菜鳥學飛記

在蘋果操作系統上，我們可以從App Store下載各種軟體。Linux操作系統有沒有一個類似於App Store的平台，可以使我們非常方便的下載各種軟體，而不用考慮各種依賴包的問題呢？答案當然是肯定的，就是我們今天要介紹的Bioconda。

要介紹Bioconda首先得介紹一下Anaconda：

Anaconda指的是一個開源的Python發行版本，而Bioconda是Anaconda中專門用來管理生物信息學相關軟體的channel。目前，Bioconda已經支持安裝2700多種生物信息學相關的包。

1.安裝conda

要使用Bioconda，必須先安裝conda，有兩個版本可供我們選擇：miniconda和anaconda。miniconda的體積較小，但是能滿足正常的生物信息學使用，如果你的網速較慢或者硬碟空間較小，可以優先選擇此版本。進入miniconda的下載頁面，選擇合適的版本進行下載和安裝，此處以Python3.6版本為例：

1. # cd進入你的軟體安裝目錄
2. cd /mnt/h/Workspace/Biosoft/
3. # 下載miniconda安裝包
4. wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
5. # 安裝miniconda
6. bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

安裝完成後，重新登錄或者source ~/.bashr,並將conda添加到環境變數PATH。

2.配置Chanels

在conda的迷人配置中，並不包含生物信息學軟體源，所以需要把生物信息學相關的chanels添加到conda中：

1. conda config --add channels r
2. conda config --add channels defaults
3. conda config --add channels conda-forge
4. conda config --add channels bioconda

3.添加國內源，解決下載慢的問題

Bioconda默認的chanel都在國外，下載軟體非常緩慢，我們可以添加國內的chanel，以提高下載速度：

1. conda config —add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
2. conda config —add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
3. conda config —add channels https://nanomirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

4.使用bioconda管理生物信息學軟體

1. # 此處以軟體bwa為例
2. # 安裝bwa，默認安裝最新版本
3. conda install bwa
4. # 查找bwa的所有版本
5. conda search bwa
6. # 安裝特定版本的bwa
7. conda install bwa=0.7.12
8. # 查看conda中已經安裝過的軟體
9. conda list
10. # 升級軟體
11. conda update bwa
12. # 卸載軟體
13. conda remove bwa 或者
14. conda unistall bwa

推薦閱讀：