生物信息之多序列比對，進化樹分析，保守位點分析

?# 序列下載與整理

網址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene

下載fasta格式序列

• 輸入你想查找的序列，比如Syp基因

• 進入基因詳細信息頁面

• 點擊Genbank

• 如圖所示可以下載到fasta格式的序列，注意這裡下載的是基因或者蛋白質的全序列

• 假如你希望得到promoter的基因，可以在如圖所示的位置輸入起始位點和終止位點

• 一般promoter的位點不確定，可以通過將起始位點左右2kb基因視為promoter

• 比如：如圖起始位點為7638580，那麼起始位點要減500，終止位點加1499，這時需要在from輸入7638080，to輸入7640079（得到長度為2kb的序列）

• 點擊Update view 按鈕

• 然後和同上一步下載fasta序列

合併多個fasta文件

• 下載多個序列後，你的文件夾應該是這樣的

• 在文件夾空白地方Shift+右鍵，點擊在此處打開命令窗口

• 輸入
  type *.fasta > all_sequence.fasta

• 得到整合文件 all_sequence.fasta（這個文件也可以通過記事本打開，下面軟體為UE）

多序列比對

Clustalw，Clustalx 與 MEGA的下載安裝

Clustalw 下載鏈接：http://www.clustal.org/download/current/clustalw-2.1-win.msi

Clustalx 下載鏈接：http://www.clustal.org/download/current/clustalx-2.1-win.msi

MEGA 下載鏈接：http://www.megasoftware.net/releases/MEGA7.0.26_win64_setup.exe

序列比對

• 打開MEGA，進入序列比對分析

• 載入fasta序列

• 使用Clustalw 比對序列，參數默認點OK

• 跑出來的結果需要編輯第一列只留下物種名，序列去掉5,3端的空序列（因為要比對序列同源性，最好把顯示 - 的序列去掉，使多序列的兩端整齊，類似矩陣）

• 導出fasta格式和MEGA格式兩種格式

• 打開Clustalx 載入剛剛比對完的fasta格式（注意是比對完的，文件後綴名為.fas）

• 導出可視化文件，參數默認點OK

• 得到可視化的多序列比對結果，打開類似這樣（打開用到的軟體為Adobe Acrobat）

進化樹分析

• 打開MEGA，載入meg文件

• 參數設置（這裡是核酸序列）

• 得到進化樹

• 導出與美化

美化參考：http://www.sohu.com/a/130616941_278730

保守位點分析

• 輸入網址
  MEME : http://meme-suite.org/tools/meme

• 上傳fasta序列（這裡的序列是整合後的文件，文件後綴.fasta）,並輸入參數（這裡設置motif為10）

• 得到保守位點分析結果