生物信息百Jia軟體（五）：fastqc

05-14

編者按
fastqc是一款經典的二代測序數據質控軟體，其實也不單單是二代測序了，基本上所有測序類型都支持，而且可以直接輸出網頁格式的結果，非常好用。速度也比較快，我一直在想如果能配合一個數據過濾軟體，或者給出過濾建議，這個軟體就更智能，更好用了。

一、功能分類：

測序質控

二、軟體官網：

http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

三、軟體介紹:

FastQC是一款功能強大又使用簡單的軟體，主要用戶測序數據的質控。FastQC軟體支持多種平台數據的評估，包括illumina、454、pacbio等等。軟體可以支持Linux，windows，macos等多種平台，並且可以生成網頁格式的報告，方便閱讀。

四、下載安裝：

wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.7.zipunzip fastqc_v0.11.7.zip

五、軟體使用：

fastqc運行起來還是比較簡單，如果系統安裝有xming的圖形化窗口，直接敲命令就會彈出圖形界面模式，這個模式下可以直接點滑鼠導入數據。這裡我們採用命令行模式。

加上-h參數看一下有哪些選項。

這裡面選項都比較簡單。選擇比較重要的

-f 指定輸入文件的類型，支持多種格式，

-o 指定輸出目錄，需要先建立一個輸出目錄

還有一些指定是否分析kmer，是否壓縮數據文件等，都比較簡單。

我們拿兩條測序reads來做一下演示。

先創建一個數據目錄，mkdir result，然後

敲fastqc -f fastq -o result reads.1.fq.gz reads.2.fq.gz；

回車之後程序就開始執行了，運行速度還是比較快的。最終會生成網頁文件。

六、使用案例：

mkdir resultfastqc -f fastq -o result reads.1.fq.gz reads.2.fq.gz

報告模板：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/good_sequence_short_fastqc.html

七、注意事項：

1、數據質控是一個綜合的評價標準，其中主要指標為鹼基質量與含量分布，如果這兩個指標合格了，後面大部分指標都可以通過。如果這兩項不合格，其餘都會受到影響。

2、其中一些指標並不適合所有數據。要根據具體數據類型，具體分析。