單細胞數據分析資源分享 | single-cell RNA sequencing專欄
05-14
最厲害，最全，最新的莫過於Sean Davis小哥在Github上建的awesome-single-cell repository資源庫：
seandavi/awesome-single-cell
針對於初入門者的single-cell RNA-seq數據分析在線課程資料：
Analysis of single cell RNA-seq data
主講人Vladimir Kiselev主編SC3和scmap兩個single-cell RNA-seq數據分析包，其導師Martin Hemberg是劍橋教授。
有意思的是，現在R里處理single-cell RNA sequencing的packages主要分成兩派：SingleCellExperiment派和Seurat派。
- SingleCellExperiment派使用SingleCellExperiment R包里定義的S4 object，主打分析包有s cater (scater，數據QC和初步visualisation)，SC3（SC3，聚類分析）……（待補充）
- Seurat派使用Seurat包里定義的S4 object儲存數據，主打分析包有Seurat（Seurat，聚類分析等全套內容），monocle（Monocle，pseudotime analysis等）……（待補充）
有一個R package可以將Seurat S4 object和SingleCellExperiment S4 object相互轉換（這個名字現在想不起來了，在推特上看過，待查證）。
下次更新會講一下normalisation的方法。
如果有什麼感興趣的方向希望了解，可以留言。
（此文不定時更新）
題圖來源網路，侵刪
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