R語言入門4：數據框元素的提取和作圖

1. 數據框：提取元素

> gene_exp Sample1 Sample2 Sample3gene1 1 2.0 0.3gene2 4 5.0 6.0gene3 7 0.8 9.0gene4 10 11.0 12.0> gene_exp[2,1] # 提取第二行，第一列的元素[1] 4> gene_exp[2,3] # 提取第二行，第三列的元素[1] 6> gene_exp[2,] # 提取第二行的所有列 Sample1 Sample2 Sample3gene2 4 5 6> gene_exp[,2] # 提取第二列的所有元素[1] 2.0 5.0 0.8 11.0> gene_exp[2] # 提取第二列（不輸入行號，默認提取列） Sample2gene1 2.0gene2 5.0gene3 0.8gene4 11.0> gene_exp[1:3] # 提取第1到3列 Sample1 Sample2 Sample3gene1 1 2.0 0.3gene2 4 5.0 6.0gene3 7 0.8 9.0gene4 10 11.0 12.0> gene_exp[c(2:3)] # 提取2到3列 Sample2 Sample3gene1 2.0 0.3gene2 5.0 6.0gene3 0.8 9.0gene4 11.0 12.0> gene_exp[c(1,3)] # 提取第1列和第3列 Sample1 Sample3gene1 1 0.3gene2 4 6.0gene3 7 9.0gene4 10 12.0> gene_exp$Sample2 # 使用$列名提取某一列[1] 2.0 5.0 0.8 11.0

2.直接使用數據框中的變數

我們可以使用R語言提取數據框中的數據進行畫圖：

> gene_exp Sample1 Sample2 Sample3gene1 1 2.0 0.3gene2 4 5.0 6.0gene3 7 0.8 9.0gene4 10 11.0 12.0# 以第一列和第三列數據繪製散點圖> plot(gene_exp$Sample1,gene_exp$Sample3)

繪製效果如下：

但是，上述代碼中gene_exp會重複出現，使代碼非常不優雅，可通過attach命令，將數據框的名稱添加到搜索目錄中，我們在通過plot命令畫圖時，只需要輸入列名即可：

> attach(gene_exp)> plot(Sample1,Sample3)> detach(gene_exp) #畫圖完成後，使用detach()命令，將gene_exp從R的搜索目錄中去掉

當兩個數據框中的列名相同時，同時attach()會報錯：

> gene_exp3<-gene_exp[c(1,3)] # 將gene_exp的第一列和第三列定義為gene_exp3> gene_exp3 Sample1 Sample3gene1 1 0.3gene2 4 6.0gene3 7 9.0gene4 10 12.0> attach(gene_exp) > attach(gene_exp3) # attach gene_exp3時報錯The following objects are masked from gene_exp: Sample1, Sample3

我們可以通過R的with命令避免上述情況的發生：

with(gene_exp, plot(Sample1,Sample2))

運行結果如下：