生信分析平台搭建（七）：bioconda

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經過了前面的一系列準備工作，現在終於可以安裝生物軟體了，（慶祝一下，來杯金六福），生物軟體安裝可以源代碼編譯，deb或rpm包，apt安裝，還有bioconda，目前來看，我認為最佳的生物軟體安裝解決方案就是bioconda。當然花錢找人幫著安裝更好用。

bioconda來源於conda，conda是一個軟體模塊管理工具，也是一個可執行命令，其核心功能是包管理與環境管理，可以用來管理Python,

FORTRAN等語言的模塊。在python中使用比較多，有點類似於pip工具。

bioconda官網：http://bioconda.github.io/

bioconda優點：

• 自動安裝依賴，實現生物軟體一鍵安裝，再也不用體會源代碼編譯之苦了；
• 方便進行管理和升級，軟體版本可選擇，同一個軟體，可以選擇安裝任意的版本；
• 使用普通用戶進行安裝，不需要管理員幫忙安裝依賴軟體；
• 創建環境，例如需要使用python3，但默認是python2.7，可以創建一個python3環境

十一：Bioconda安裝

1、下載bioconda，這次我們使用普通用戶來使用bioconda

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

2、bioconda是互動式安裝

1、bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh 2、按回車繼續3、出現一堆說明，空格直接到底（閱讀下也無妨）4、輸入yes，同意條款，默認是no5、安裝目錄，默認即可6、開始安裝7、是否要將bioconda軟體目錄添加到.bashrc的PATH變數中，輸入yes，這樣直接敲軟體名字就能找到，如果按回車了，後面也可以手動添加。

3、這樣軟體就安完成了，在當前目錄下的miniconda2目錄下。

4、source ~/.bashrc刷新一下，或者開一個新窗口，輸入conda命令，彈出幫助信息，說明軟體安裝成功了。

source ~/.bashrc

5、添加bioconda源，剛才安裝的只是Miniconda，只有添加了bioconda的源，才能下載和安裝生物軟體。如果嫌敲命令麻煩，可以直接修改home目錄下的「.condarc」文件。

conda config --add channels conda-forgeconda config --add channels defaultsconda config --add channels rconda config --add channels bioconda

6、默認官方源速度比較慢，一定要添加國內的源，速度有顯著提升，很多很多……這些源有順序關係，將最常用的放到最上面，這樣安裝時從這裡開始搜索，找不到，在繼續從下面的源中搜索。

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

7、完成設置，開始安裝你需要的軟體，conda命令的使用與apt和yum類似，也包括搜索，安裝，顯示，更新等內容。

8、安裝軟體，可以一個個安裝，也可以一次安裝多個，默認安裝最新版本，可以指定固定的版本。例如bwa=0.7.15

conda install -y bwa=0.7.15conda install -y hisat2 conda install -y hmer2 htseq htslib igvtoolsconda install -y gatk4=4.0b6

Tips：bioconda安裝軟體，有時候會斷開，無法安裝成功，可以反覆多試幾次。