生物信息學100個基礎問題 —— 第8題 讀懂FastQC報告 Part III

Hello 大家好！ 我們又見面了！

最近總搞FastQC報告的研讀，是不是都看煩了？沒關係，我們再搞最後2次，就進入下一個主題啦！昨天的問題中，我們告訴大家FastQC的報告中最重要的幾張圖都在下面用紅框框出來了。今天我們來研讀2張圖。

第1張圖是：Per sequence GC content

第2張圖是：Sequence Length Distribution

相關的問題與思考：

1. 圖1-1 與 圖1-2 中的橫坐標是什麼意思？ 縱坐標是什麼意思？

2. 圖1-1中是human全基因組測序，結合昨天的問題，那麼peak的中間大約應該在多少？

3. 圖1-2與圖1-1有哪些顯著的不同？造成這些不同的原因有可能是什麼？遇到這個問題，我們通常應該做些什麼？

4. 圖2-1的橫坐標是什麼意思？縱坐標是什麼意思？

5. 圖2-1是剛下機的fastq數據進行FastQC 結果圖，有什麼特點？為什麼會出現這樣的結果？如果對剛下機的fastq數據進行cutadapter，圖2-1還會是這樣的結果嗎？為什麼？

能力擴展題：

請想辦法，計算Human genome 19（hg19）每一條染色體的GC含量。

參考資料：

1. 高通量測序技術-孟浩巍-使用 FastQC 做質控

2. 高通量測序技術-孟浩巍-illumina 測序原理介紹

3. What Is The Gc-Content Across Different Human Chromosomes?

4. 知乎Live-學習Python，做生信 （ 能力擴展題，在我的知乎Live中我和大家一起已經用python實現了，各位大老爺有錢的可以捧個錢場~ ）

硬廣時間：

如果你想做3D基因組方向，而且還沒有入門，本次的Live你一定不要錯過。參加1次至少幫你省了3個月讀文獻的時間。

時間：本周六晚8點！