使用Snap替代「冥想」，設計載體構建方案

先說一下snap的主要功能：

• 查看載體（DNA）序列，並自動標註酶切位點；
• 輸入自己的序列，查看GC比、Tm、酶切位點等一系列信息；
• 進行載體構建的設計；

下面給大家簡要說明使用Snap如何進行載體構建的設計：首先，DNA序列的導入：

依圖中所示，可選擇導入的是環狀還是線性的DNA分子；

將你要在載體上進行操作的表達框輸入進去，這裡要包含：線性化載體的兩端的部分序列（你可能會用其進行同源重組或末端連接）、表達框里的啟動子、目的基因、終止子等元件；

其實這一步就是模擬了一個你要構建成的載體，你也可以將全部載體序列都輸進去；

你會得到形如下圖所示的一個未命名DNA文件；

隨後，根據你的序列，添加你的各元件名稱及顏色標識；

以上的部分要填好，注意各個元件都是什麼要填明白；

然後你的序列會變成這樣；

隨後，用高版本的Snap打開（高版本的Snap有顯示GC值的功能），點擊左下方的sequence，就可以根據序列優雅地設計各個區段的引物了；

比如我要設計MpEF1α元件與載體發生同源重組的引物，這涉及MpEF1α的上引物：

從圖中我們可以發現，元件向上的20bp區域恰好滿足了我們的試劑盒種與載體進行同源重組的需求（15-20bp，GC% 40-60）；

根據引物設計原則，我們選取一段區域作為引物：

此時，拷貝Top Stand即可；

如果是下引物，則需拷貝其Bottom stand，注意選取5』-3』的區域；

如果你要設計引物添加酶切位點，亦可使用Snap，方法更加簡明；