科研工具 | 分子對接-如何快速確定靶點適合分子對接?

在上一期中，小編給大家帶來了分子對接技術的簡介，一項讓研究增彩加分的實用技能（

科研工具 | 分子對接-生物醫學科研之畫龍點睛）。那麼如何快速確定自己的研究對象是否適合分子對接呢？在本期中，小編將從文獻調研、資料庫搜索和同源建模這三個方面為大家細細講解！

1 文獻調研

文獻調研是必經步驟，而且也是確認研究項目是否適合分子對接的最快方法。研究者可以通過PubMed，谷歌學術等免費文獻資料庫，輸入自己的靶標+分子對接關鍵詞（如molecular docking, binding mode, binding pose）。以表皮細胞生長因子受體（EGFR）為例，EGFR是治療非小細胞肺癌（NSCLC）重要的靶標，例如圖1的谷歌學術搜索，直接搜索關鍵詞EGFR + molecular docking這兩個關鍵詞，結果數不勝數（圖1）。研究者通過實驗發現所用的干預物質可能是靶向EGFR發揮作用，那麼可以進行分子對接！是不是感覺非常簡單快速呢？小編要強調，只要有別的研究者進行過相關靶標的分子對接，那麼這個靶標基本可以放心進行分子對接！

2 蛋白結構資料庫

蛋白結構資料庫（Protein data bank, PDB）是目前全球最大、信息最全的蛋白晶體結構數據，目前已經報導的結構靶標都在蛋白結構資料庫上有收錄。網址：http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do（圖2）。

確定一個靶標是否有晶體結構，直接在搜索欄輸入自己的靶標名稱即可。以EGFR為例，可以看到網站上顯示了上百個結構，這些結構由不同的研究者解析，每個研究者解析的精度，所含的配體都不盡相同（圖3）。每個晶體編號都對應相應的信息和文章，研究者需了解更多信息可以打開文章的鏈接。既然有蛋白結構，分子對接自然也不是難事。

3 同源建模

同源建模又稱為比較建模,其原理是序列相似則結構相似,即存在同源關係的兩條序列具有相似的結構。當兩條序列的同源性大於30%時,序列的同源性能夠暗示兩者結構相似,序列的同源性越高則結構模型的準確性越高。假如我們所研究的靶標蛋白只有鼠源的，並沒有人源的，甚至沒有報道過的晶體結構，那怎麼辦呢。我們可以採用uniprot資料庫（圖4）進行序列搜索，然後通過Swiss model同源建模網站進行同源建模得到結構（圖5），同樣可以進行分子對接。此方法需要研究者對研究靶標足夠熟悉！

Uniprot網址：http://www.uniprot.org/

swiss model網站： https://swissmodel.expasy.org/

相信介紹到這裡，大家對自己的研究靶標是否合適分子對接技術有了初步了解，趕緊動手查查吧！小編先介紹到這裡，具體的操作和技術在以後的日子裡會慢慢更新，感謝大家支持我們Sinoscript！下一期關於分子對接的內容，我們將分享LeDock教程，敬請期待。

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