生物信息學100個基礎問題 —— 第6題 讀懂FastQC報告 Part I

Hello 大家好！

通過前面的5個問題，我相信大家對Illumina測序，測序的儲存文件格式，一些簡單的建庫原理已經有了一個初步的認識。那麼接下來，我們就要用我們學到的知識去解決一些問題啦。

在實際操作和處理過程中，我們拿到的Illumina測序數據應該是.fastq.gz格式，其中gz表示的是使用gzip進行壓縮，fastq表示使用fastq格式進行存儲。獲得數據的第一步，通常就是使用FastQC軟體進行質控。

FastQC會對每一個輸入的fastq.gz文件生成1個html網頁和一個zip的壓縮包。壓縮包里是網頁中包含的圖片信息，因此我們只需要看網頁裡面整理好的內容就好。

今天的問題圍繞著FastQC的質控圖來展開，請看下面2張圖。

問題如下：

1. 圖中的橫坐標表示什麼意思？

2. 圖中的縱坐標表示什麼意思？

3. 圖中的藍色線是什麼意思？

4. 圖中的box 下面的bar ， 上面的bar，箱體的下沿，箱體的上沿，箱體內部的橫線分別代表什麼意思？

5. 圖1與圖2最主要的區別在哪裡？結合我們之前的問題，為什麼會出現這種情況？

參考資料：