生物信息學100個基礎問題 —— 第3題 Illumina測序技術細節探究
目前我們最常使用的就是Illumina公司的測序技術，Illumina公司的測序技術最明顯的幾個特點是：價格低，通量高，測序讀長短。那麼我們今天的問題，就是圍繞Illumina測序技術的細節來提問的。
1. 什麼是Illumina測序adapter？同一批上機的adapter序列一樣嗎？它的作用是什麼？
2. 一個完整的Illumina測序過程是那幾步？
3. 什麼是橋式PCR技術？為什麼要進行橋式PCR？
4. 我們都說，測序結果會包含index，那麼index是什麼？有什麼作用？
5. 我們所說的flowcell，lane，tile都是什麼意思？
6. Illumina測序結果質量表示方法採用的是Phred33還是Phred64？
參考資料1：
孟浩巍：20160405 illumina 測序原理介紹
參考資料2（Illumina官方測序宣傳視頻）：
https://www.zhihu.com/video/957543741846798336 最後，說一個事情。很多朋友都私信我說，我們在挖這個100個問題的大坑的時候，能不能逐漸開放一部分答案，我想了想，確實可以。不過答案不是每天更新，而是大約至少半個月更新1次。我們的提問頻率也要盡量保證1天1問，把我們的周期縮短。謝謝大家的支持！
硬廣時間：
3D基因組分析從入門到進階
這個是我本月的知乎Live，重點講述3D基因組相關的背景介紹與數據分析。3D基因組是目前非常火熱的1個方向。請大家不要錯過呀！
長久以來，我們都知道DNA在真核生物中並不是裸露存在的，而是會形成複雜的高級結構，但是結構與序列的相關關係一直沒有很好的技術去探索。
直到2009年，Job Dekker教授提出了Hi-C技術，從此開啟了3D基因組領域的大門。
Hi-C技術是3D基因組領域的一項基本技術，在Hi-C技術的基礎上又衍生出了很多新的技術比如ChIA-PET，Capture Hi-C等等。
目前3D基因組領域非常火，幾乎各行各業都開始嘗試用3D基因組的方法去解釋一些科學問題。與3D基因組相關的文章也基本保持在SCI 10分以上，非常適合大家結合自身課題方向衝擊高分文章。
本次 Live 主要包括以下內容? 課程內容及形式說明? 為什麼要進行三維基因組的研究
? 3C, 4C, 5C技術? 從3C, 4C, 5C到Hi-C技術? Hi-C測序數據的回貼（mapping）策略? Hi-C測序數據的reads 水平過濾? Hi-C測序數據的fragments 水平過濾? Hi-C測序數據的raw matrix? Hi-C測序數據的矯正方法（廣義線性回歸與迭代矯正法）? 如何尋找3D拓撲結構（TAD）? 如何尋找染色體結構區域（compartment）? 總結與提問環節? 代碼分享推薦閱讀：
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