從安裝到基本設置——Win10子系統入門簡明教程

04-29

在生物信息學的分析中，Linux的使用是繞不開的。例如很多生信軟體只有Linux版，一些R包也沒有Windows版。但是很多人都使用Windows電腦。以前我們的選擇無非兩種：雙系統和虛擬機。雙系統的話安裝、配置以及和Windows系統文件交換較為麻煩，而虛擬機有額外的性能消耗。

可喜的是微軟在Win10最新版中加入了適用於Linux的Windows子系統（Windows Subsystem for Linux，WSL），使得你可以在Windows下安裝運行一個Linux環境。

簡介

適用於Linux的Windows子系統允許開發人員直接在Windows上運行Linux環境——包括大多數命令行工具、實用工具和應用程序--直接在 Windows 上，不需修改，沒有虛擬機的額外資源開銷。

上文是微軟官方文檔對子系統的描述，還是很簡明直接地描述了子系統的特性。

安裝

子系統這個功能已經在最新版的Windows 10中自帶，所以請需要的各位先升級至最新版Windows 10。如果你已經是最新版了，則可以按下面的教程安裝子系統。

首先，通過「Windows功能」開啟子系統。

在Cortana搜索框中輸入「Windows功能」，在彈出結果中選擇「啟用或關閉Windows功能」。

在彈出的「Windows功能」窗口中找到「適用於Linux的Windows子系統」勾起，之後按下「確定」。

Windows會自動搜索並安裝一些所需的文件，完成後會提示你重啟後才會生效，選擇「立即重新啟動」。

重啟後打開應用商店，搜索「Linux」，選擇「在Windows上運行Linux」。

進入的頁面中有多個Linux發行版供選擇，個人建議選擇Ubuntu。

安裝後選擇啟動，首次進入需要等待一段時間才可以開始初始設置。

安裝完成後就會要求你輸入用戶名和密碼

設置完用戶名和密碼後子系統本身的安裝就已經完成了。

基本設置

為了今後的使用方便，我們需要對子系統進行基本的設置並安裝一些軟體。

在這之前先說說子系統和Windows本身的文件交換方式。

Windows下各分區會掛載在子系統的「/mnt/」下，例如「D: est」在子系統中就是「/mnt/d/test/」。

更改Ubuntu軟體源

sudo sed -i s/archive.ubuntu.com/mirrors.ustc.edu.cn/g /etc/apt/sources.list

使新源生效

sudo apt-get update

安裝htop以方便日後查看任務運行情況

sudo apt-get install htop

安裝Anaconda：詳情參見

孟浩巍：生物信息學100個基礎問題 —— 番外2: 用Anaconda快速搭建生物信息學分析平台?

zhuanlan.zhihu.com

安裝R語言（推薦Microsoft R Open，是微軟基於官方開源版進行二次開發的R，兼容性一致，但是你無需做任何特別的事就可以直接使用多核運算，並對矩陣計算有專門的優化）：

到Microsoft R Open下載頁面（Home）下載Ubuntu對應的包，下載下來是一個「tar.gz」的壓縮包。

進入到所下載安裝包的目錄，在地址欄輸入「bash」並回車，子系統會開啟，且會自動進入到資源管理器當前目錄。

這個時候輸入下方命令

cp microsoft-r-open-3.4.3.tar.gz ~

這個就是把安裝包拷貝到子系統當前用戶的home目錄下。

回到home目錄

cd ~

當然，嫌上面的步驟麻煩的話可以用下面的命令直接把安裝包下載到home目錄

wget https://mran.blob.core.windows.net/install/mro/3.4.3/microsoft-r-open-3.4.3.tar.gz

解壓安裝包

tar -zxvf microsoft-r-open-3.4.3.tar.gz

進入解壓出來的目錄

cd microsoft-r-open/

啟動安裝

sudo ./install.sh

啟動安裝後會有兩個協議，按回車進入，按q退出，退出後輸入「y」後回車，而後就會開始安裝。

出現以下提示即表明安裝完成

為了後續的R包安裝正常，通過下面這條命令安裝一些庫和編譯工具

sudo apt-get install make cmake gfortran gcc g++ libpng-dev libcurl4-openssl-dev libxml2-dev

至此，子系統本身的安裝、基本設置就完成了。