大牛的高顏值科研圖片竟是用 PPT 做的

大家讀論文或者聽報告的時候,經常會發現,論文里或者大牛的 PPT 里的圖,不僅看起來賞心悅目,而且還能明確地說明科學問題。反觀自己平時的作圖,發現,差距不是一點點。

於是很多同學都吐槽 PPT 不夠高級,畫不了高級的圖。應該是用別的軟體,比如 Illustrator,Graphic 等。

但我不這麼覺得,PPT 是一款非常實用且功能強大的軟體,即使用 PPT 也能畫出一張賞心悅目,且明確反應科學問題的圖。

那麼,作為一個科研汪,如何用這款強大的軟體畫一張能放在 paper 里、比較高大上的圖呢?

古人云:不積跬步無以至千里,不積小流無以成江海。說的是一點一滴的堅持,終會成就大業。我想說的是,再高大上的圖,也都是由最基本的圖形,一點點累積起來的。

1.有時候你需要的可能只是一些耐心

PPT 中插入的圖形只是一些標準圖形。比如,三角形,正方形等等。這些圖形可以滿足一些基本需求。但有時候,我們需要的不僅僅是基本圖形。比如,我需要一篇葉子,一顆植物,一個形狀怪異的蛋白質亞基。這時候,標準圖形就顯得很無力。 我們需要一些改變。好在,PPT 中提供了這樣一項功能。插入標準圖形後,右擊滑鼠你會發現有個「編輯頂點」的功能。

我們可以利用這項功能,去畫一片葉子,一株植物,一個形狀奇特的蛋白亞基。於是,我畫了幾片葉子,用這幾片葉子組裝成一株擬南芥。

PPT 作圖之畫擬南芥

這是比較簡單的應用。如果能把通過繪圖把實驗數據可視化,那麼這個方法做出來的圖,將會顯得更高級。

比如,有一段時間,我得到一批 RNA-seq 數據。數據分析之後發現,突變體的mRNA數據裡面有許多差異化表達的基因,通過分析發現許多差異化表達的基因編碼的蛋白都用來組裝光系統蛋白。常用的 RNA-seq 數據可視化的方法是 Heatmap(熱圖)。於是,我做了一個熱圖。

Heatmap(熱圖)表示的基因差異化表達

然而,我總覺得缺少了什麼。熱圖只表述了基因差異化表達,沒有顯示到底是那些基因。那麼我能不能結合PPT作圖和RNA-seq數據分析做點什麼呢?要不我就畫一張光系統的圖吧。因為,組成光系統的蛋白亞基是分別由葉綠體基因和細胞核基因編碼的。

在這張圖中,我打算:

1. 在這張圖裡面先分別標註哪些蛋白質是葉綠體基因編碼的,哪些蛋白是細胞核基因編碼的;

2. 標註出實驗中觀察到的,葉綠體基因和細胞核基因的差異化表達。

光合作用系統的模式圖,以及編碼亞基的基因,來源KEEG

利用這個「編輯頂點」功能,我首先可以畫一個磷脂酸雙分子層的膜結構,以及一堆蛋白質亞基:

磷脂雙分子層

蛋白亞基

接著,你可以把這些組裝起來(綠色的部分,就是由葉綠體基因編碼的蛋白亞基)

植物葉綠體中的光系統,綠色為光合作用相關的葉綠體基因。

整個作圖過程

最後,把這些圖精修一下,加上自己的實驗數據(每個編碼每個亞基的基因表達水平)就可以了。

(LHC: Light harvest complex protein(光吸收複合體); PhANGs: photosynthesis associated nuclear genes(光合作用相關細胞核基因); PhAPGs: photosynthesis associated plastid genes(光合作用相關的質體基因))

這樣,利用簡單的「編輯頂點」的功能,我們從簡單的畫一片葉子,到畫一個比較複雜的圖,把基因表達數據可視化,用簡單的功能,做出比較高級的圖。比起 Heatmap,我將基因差異化表達更加實體化,數據一目了然。只是,需要一點耐心而已。

2. 有時候,你可能需要一點技術

上述操作,可以說是一個非常龐大的工程了。如果沒有那麼多耐心,可能完成不了。我也是畫了個通宵。但,其實可以不用那麼麻煩。 這時候,你就需要一些運氣和技巧。

需要的運氣就是,如果你上網搜,剛好能搜到某些蛋白或者細胞結構的「矢量圖」(後綴為「.eps」)。學植物分子生物學的我,運氣並不好,並沒有搜到光系統的矢量圖。不過,學動物分子生物學的運氣就好一些。比如,你可能需要畫一顆心(臟)。於是,我在網上找到了這樣一張完美的心臟。

然而,你只想要的只是一個大心臟啊。怎麼辦?不用怕。

下載這個圖像,用 Adobe Illustrator 打開,然後點擊 File export As (Enhanced Metafile (emf)) 格式的文件。

打開 PPT,把這個文件拖到 PPT 里選擇圖片,在工具欄找到「組合」選項,右擊並選擇「取消組合」。PPT 會出現以下彈窗,選擇「是(Y)」,你就會驚奇地發現,這張圖上的每個元件以及每個小圖形,都變成了可編輯的圖形選項。(貌似只能在Windows系統可以,Mac我嘗試了好幾次都不行,可能office365沒這功能?)

移開那些暫時不需要的圖標(也可以存一個備份,以備不時之需),留下一個完美的心臟。為了表示,這個方法確實可行,我把下面一些血管的顏色變成了亮粉色。

最後,總結一下就是:

1. 可以通過「編輯頂點」這一功能,耐心地把 PPT 里的標準圖形,改成所需要的不規則圖形。可以滿足日常繪圖的需求。通過與實驗數據結合,可以畫出更高級的圖,將數據可視化。

2. 可以下載後綴為「.eps」的矢量圖,用 Illustrator 輸出為「.emf」的文件,導入到 PPT 中。

養成良好的習慣,遇到一些好看的以及常用的圖,及時儲存在一個文件夾里,日後需要的時候隨時取出。隨著時間的慢慢積累,就可以用 PPT 做出非常高大上的圖了。

本文首發於「生物學霸」,禁止轉載。原文鏈接:

大牛的高顏值科研圖片竟是用 PPT 做的?

mp.weixin.qq.com圖標

如需PPT等原始圖形和文件,或有關科研論文撰寫和作圖的問題,請移步我的微信公眾號:漆黑的師兄 (ID: dd_black233)

多謝關注~

推薦閱讀:

TAG:分子生物學 | 論文插圖 | 數據分析 |