Avogadro主要工具的總結

在這裡首先要了解到，要想繪製出一個簡單的分子，主要遵循以下順序：選擇合適的原子與合適的鍵連接，然後優化。兩者一般是這樣的順序，但是就像用PS繪製一張插畫一樣，往往是一步一步慢慢修改優化得來的，繪製分子也是如此，當一個分子或者基團比較大時，可以分塊連接，然後先快速優化使化學鍵更加清楚條理，接下來統一連接，再總體優化。

放在工具欄裡面的是分子設計最常用到的工具，具體使用方法給出以下兩種簡便方法以供大家參考。

1.將滑鼠懸停到工具圖標上，將會彈出一段文字說明，按照文字所示多加練習就可以熟練掌握。

2.在官網上找到使用說明網頁版，然後使用Chrome的全網頁翻譯，然後就可以快速瀏覽自己所需要的操作指南了，在本篇里當然是找工具欄的使用說明。（網頁網址）

所以在這裡將不再總結這些基礎的操作問題，而是來主要記錄一些理解起來比較有趣的方面。以下將按照具體工具分類來寫。

繪製工具

繪製由於沒有什麼需要理解的，所以在這裡介紹一個自己在繪製第一個分子時很想做的，就是當繪製一個苯環時，需要單雙鍵交替連接，但是自己知道這應該是一個大π鍵，所以顯示單雙鍵不是很合理。要做到只顯示同一種鍵（單鍵），需要去顯示式樣設置中的球棍模型中設置，點擊球棍模型後的扳手，將顯示多鍵點掉，就可以了，如下圖所示。

視角導航工具

視角導航工具使用也很方便，並且它的操作在片段調整，選擇，自轉，自動優化，測量，對齊這些工具中也是可以實現視角調整的操作。

化學鍵調整工具

在這裡要注意使用上述第二種學習方式時谷歌娘出現了嚴重的翻譯錯誤，果然是隔行如隔山啊，谷歌娘也不是萬能的。而且在這裡出現了一個闕值的東西，可以仔細說一下。

首先來看這個工具的具體設置，可以看到它提供兩個可供選擇的功能，分別為顯示鍵角（Show Angles）和對齊到鍵（Snap-to Bonds），對齊闕值"Snap-to Threshold"是為對齊到鍵服務的，這個值的大小就類似於一個磁鐵磁力的大小。

顯示鍵角的功能只需要左鍵點擊你要查看的鍵角所包含的原子或者化學鍵就可以了，哪裡不會點哪裡，就是這麼簡單。

對齊到鍵是指當我們選中化學鍵的時候，會出現一個藍色平面，左鍵選中此平面使其旋轉，我們會發現平面在某些固定位置會變成黃色。黃色就代表著此時有相鄰的鍵與其共面，對齊闕值的作用就是讓我們在旋轉平面時，在我們旋轉到共面位置左右時立即顯示到共面位置，方便我們尋找共面位置，闕值或大或小的作用就看自己需要調就好了。下面用視頻來簡單演示。

以上兩個為顯示化學鍵的一些參數功能，接下來如何調整化學鍵呢，化學鍵的調整分為鍵長和鍵角的調整，值得注意的是調整鍵長在手冊中並未提及，但是當滑鼠懸停在工具圖標上時卻有簡單修改鍵長的方式，手冊上不顯示可能是因為以後有更精確的方法修改鍵長，下面用視頻簡單演示。

片段調整（操縱）工具

此工具沒有特別要說明的，但是經常用到，相較於精確的平移來說，平時直接左鍵拖動會更加簡單粗暴。

選擇工具

選擇工具中要注意的是選擇殘基這個功能，這裡的殘基指的是肽中的殘基即生物大分子中的，不是是殘缺的基團，當時自己可是鬱悶了好一會，一直以為這個功能不能實現。

為了讓大家嘗試使用以殘基來選擇，我們先來用Avogadro自帶的肽建造工具來製作一個簡單的多肽。

自動優化工具

在平常會首先簡單快速優化一下繪製的分子，使用的是快速優化插件。

分子自動優化工具中讓人感覺到不明白的就是各種力場和演算法了，在這裡各種力場和演算法就如手冊上所說，可以參考幾何結構優化部分。

自轉，測量，對齊工具都很好上手，我自己翻譯的內容大意和谷歌娘的相差不多，就不再贅述。

下一篇打算的有兩個方向，一個為開始介紹總結主菜單上的操作用處，另一個為再深入了解一下力場和演算法的知識，總結類比一下各個出現的力場與演算法。這兩種都會比較耗費時間，由於我最近時間不是很充裕，所以時間會長上一些。（考研複習還是挺忙碌的，平常實驗也不少orz）