生信童鞋注意了，這21款常用在線工具一定不要錯過啦

04-25

生信童鞋在日常的實驗中一定會遇到很多問題，這個時候如果能有一款在線工具能幫助你那就太好了，今天答答給大家帶來了21款常用在線工具，相信能解決童鞋們在實驗中遇到的大部分問題。

先給大家介紹下在線工具都有哪些功能：

啟動子預測；ORF預測；多序列比對；多序列比對相似性展示；繪製Venn圖；繪製GO注釋結果圖；繪製圈圖；circRNA分析；可視化通路圖在線分析；基因的代謝通路注釋；基因組可視化；序列結構示意圖繪製；在線分析RNA-seq ；基因外顯子內含子，UTR,注釋……

一、Promoter Scan

功能：啟動子預測

網址：https://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan/

二、ORF Finder

功能：ORF預測

網址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/

三、NCBI-BLAST

功能：序列比對

網址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

四、MUSCLE

功能：運行速度比較快的多序列比對

網址：http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/

五、Clustal Omega

功能：DNA、RNA、蛋白的多序列比對

網址：http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/

六、ClustalW2

功能：應用較廣泛的多序列比對

網址：http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2

七、T-Coffee

功能：準確度高,速度慢的多序列比對

網址：http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/tcoffee/

八、SimiTriX-SimiTetra

功能：多序列比對相似性展示

網址：http://cotton.hzau.edu.cn/EN/tools/BioERCP/simitrix.php

九、Venn圖

功能：繪製Venn圖

網址：http://www.biovenn.nl/index.php

十、Venn圖

功能：繪製Venn圖

網址：http://bioinformatics.psb.ugent.be/cgi-bin/liste/Venn/calculate_venn.htpl

十一、Venn圖

功能：繪製Venn圖

網址：http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html

十二、WEGO

功能：繪製GO注釋結果圖

網址：http://wego.genomics.org.cn/cgi-bin/wego/index.pl

十三、CIRCOS

功能：繪製圈圖

網址：http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/

十四、CIRCexplorer

功能：進行circRNA分析

網址：http://circexplorer2.readthedocs.io/en/latest/

十五、iPath

功能：進行可視化通路圖在線分析

網址：http://pathways.embl.de/

十六、KEGG

功能：進行基因的代謝通路注釋

網址：http://www.kegg.jp/blastkoala/

十七、UCSC

功能：進行基因組可視化

網址：http://genome.ucsc.edu/index.html

十八、IBS

功能：進行序列結構示意圖繪製

網址：http://ibs.biocuckoo.org/online.php

十九、RAP

功能：在線分析RNA-seq

網址：https://bioinformatics.cineca.it/rap/

二十、AUGUSTUS

功能：基因外顯子內含子，UTR,注釋

網址：http://bioinf.uni-greifswald.de/webaugustus/prediction/create

二十一、GSDS

功能：基因外顯子內含子，UTR,domain等區域特徵展示

網址：http://gsds.cbi.pku.edu.cn/