一份文獻「調」「研」攻略，寫給初學者（喵103）
通常，我們所說的文獻調研分為三個部分，即文獻檢索、獲取全文以及文獻的閱讀；這就涉及到兩個關鍵的概念，即引文資料庫、全文資料庫：
- 我們通常使用的WOS、pubmed等屬於引文資料庫，這些資料庫中僅包含文獻的標題、作者信息、出版物信息、摘要、參考文獻以及關鍵詞等，不包含文獻的全文，這一類資料庫常用於文獻檢索，即從引文資料庫中找到我們感興趣的文獻；
- 全文資料庫指的是期刊的資料庫，它通常是需要付費獲取的，一些科研機構和圖書館會購買文獻出版集團的全文資料庫，以供自己的用戶使用——對於一些開放獲取的期刊，我們也可以在PMC資料庫中找到想要的文獻全文；
從資料庫中檢索感興趣的文獻並下載，屬於文獻的「調」，即從資料庫中把文獻調取到你的電腦上或者瀏覽器中。而文獻的「研」，即是瀏覽或閱讀文獻相關信息的過程。
首先講的是，文獻的「調」。
- WOS科學引文索引
這個資料庫需要購買，從各大高校和研究所的圖書館可以進入：
界面是這個樣子的：
圖片中有一些關鍵的部位，比如
- WOS的一些其他資料庫，比如查看期刊影響因子的JCR；
- 不同的引文資料庫，通常我們選擇Web of Science核心合集；
- 三種檢索方式，其中高級檢索是較為重要的；
- 基本檢索的檢索項，比如標題、作者、出版物等；
- 檢索的時間跨度，某些時候我們會需要限定近幾年的最新研究；
在引文資料庫中選擇Web of Science核心合集，然後使用基本檢索，可以添加各種各樣的檢索詞，比如下圖：
我們輸入地錢的拉丁文名Marchantia polymorpha作為標題檢索項的內容，這是因為要避免在文章中提及它的一些文獻干擾我們的檢索結果，當然，為了檢索到更全面的結果，你也可以將其設置為主題；
隨後我們檢索Transform有關的文獻，是為了調研地錢轉化相關的研究；
最後，因為Takayuki Kohchi是這個領域有名的科學家，所以我們檢索他所做的研究，注意WOS對作者的姓名格式要求非常嚴格；
檢索結果如下：
假如我們對關鍵詞Transform進行一下改變：
可以看出Takayuki Kohchi對於地錢遺傳學研究的貢獻是較為突出的，我們可以針對這些文章的出版日期，被引用頻次，相關性等進行排序，在論文信息方面，可以看到標題、作者、出版物以及右側的被引頻次信息；
可以計算出，Takayuki Kohchi在這個領域的研究共被引用了236次，即有236項研究是基於他的工作來進行的，由此可見他對這個領域的突出貢獻。
這是基本檢索，那麼，當我們想檢索Takayuki Kohchi所有發表在Cell、Plant Cell、Plant Cell and physiology上面的文章時，應該怎麼辦呢？
顯然，我們無法通過Takayuki Kohchi AND Cell AND Plant Cell AND Plant Cell and physiology這樣的檢索式來檢索，因為沒有一篇文獻是同時發表在Cell、Plant Cell、Plant Cell and physiology三個期刊上的。
此時，就需要用到高級檢索了。
首先進入高級檢索的界面：
請關注右側紅框中的內容，這基本上代表了高級檢索的規則：
那麼，如題，我們輸入AU= Takayuki Kohchi，然後再輸入AU=Kohchi T；
在頁面的下方你會看到如下內容：
我們可以發現，WOS對於人名的格式要求，同時，還可以發現這位作者一共發表了112篇學術論文，當然——包含同名的情況，此時我們應該通過研究機構OG來進行限定。
再輸入出版物信息：SO=(Cell OR Plant Cell OR Plant Cell and physiology)，注意此時使用的是OR邏輯連詞以及英文括弧，這代表我們將檢索所有發表在Cell 、 Plant Cell和Plant Cell and physiology 這三個期刊上的研究。
結果如下：
通過右邊的組配檢索式，我們可以獲取題目要求的——Takayuki Kohchi所有發表在Cell、Plant Cell、Plant Cell and physiology上面的文章。
所以答案是8篇，點擊數字8即可查看這8篇文獻的具體內容。
同理，我們還可以檢測合成生物學領域所有發表在Science、Nature和Cell等期刊上的文章，在實際應用中，我們通常會直接檢索某個領域所有發表在一區期刊上的綜述。
那麼，一區期刊、綜述分別是什麼意思呢？
從期刊說起，學術期刊是科學家發表自己研究成果和綜述性文章的雜誌，一般來說，研究性文章是報道科學研究的文章，其正文內容主要包括前言introduction（介紹研究背景和內容）、結果result（研究的數據結果）、討論Discussion與結論（討論是對結果的分析、對本研究領域的見解以及提出問題，結論是概括性的總結結果，延伸自己以後要做的研究）以及材料與方法Materials and Methods，有時還有一些補充的材料。
綜述文章則是對本領域研究進展的一個概括性總結，將許多研究彙集成知識體系，並指出下一步的研究問題，通常閱讀綜述是科研入門的最好方式。
對於英文期刊中的核心期刊SCI來說，有一個通行的評價方式，就是所有期刊對於本期刊文章的引用頻率，基於這個引用頻率延伸出了複雜的評價體系，而引用頻率的高低就是影響因子，將所有期刊按照影響因子排序，可以將其分成四個區，其中一區就是最頂尖的期刊——中科院與湯姆森路透集團的分區有所不同，通常我們所說的分區指的是中科院分區，相對來說更有代表性（分區的具體方式請自行百度）；
那麼，為什麼要對期刊進行分區呢？
由於研究領域的不同，一個研究領域的研究者越多，那麼這個領域最頂級期刊的影響因子就會更高，為了平衡不同領域之間的差異，我們將期刊分成不用的學科，進而對各個學科的期刊進行分區，中科院JCR分區中的一區代表著金字塔頂尖的水平，而湯姆森路透集團的分區則是前四分之一的水平，相比之下中科院JCR分區中的一區期刊更具有代表性。
那麼讓我們來嘗試一下，檢索合成生物學領域所有的一區文章。
首先創建檢索式：TS=Synthetic biology；
然後，根據中科院JCR分區，輸入生物科學領域所有的一區期刊，創建檢索式：
如圖所示，用AND連片語培兩個檢索式：
得到了6411個結果，可是我們顯然不能在短時間內讀完6411篇文章以了解這個領域，因此我們需要對其進行篩選。
打開檢索結果，可以發現在左下方可以精鍊檢索結果。
第一篇文獻很有趣，這篇文章講述了分層式動態調控手段在大腸桿菌代謝工程之中的應用，可見這篇文章是一篇很重要的研究大腸桿菌代謝工程的文章，如果你了解過我的其他專欄文章，那你一定知道青蒿素的生物合成曾經有一階段是在大腸桿菌中進行的，可以說大腸桿菌是合成生物學的一個模式底盤。
這麼重要的文章被引用了0次，是因為它是最近才發表的，準確的說是一周以前。
引用這篇文章的文獻最快也要一個月以後才會出現在資料庫裡面，所以它再重磅再厲害，現在也是0引用的。
因此你會發現，即使文章很好，引用數也不一定高，因此，一定要找最近的研究，而不是拿一篇很老的綜述和最新的剛發表的綜述來比較引用數。
那麼我們將檢索結果精鍊為綜述。
WOS愚蠢的設計在於，它無法精鍊發表於當前年份的文章，也就是說，在時間精鍊的選項中我只能選擇2017年的，因此我們將其按時間排序，依次閱讀標題和摘要，找到你感興趣的研究領域。
除此之外，還可以使用HistCite這款引文分析軟體，在此不再贅述，有需要的話我會在另外的專欄文章裡面為大家講解。
- Pubmed生物醫學引文資料庫
與WOS相似，不過Pubmed是純粹的生物醫學文章，只是PubMed的高級檢索不如WOS好用，不過依賴於PMC全文資料庫，PubMed的使用率還是很高的。
Pubmed的最有趣之處在於它是開源的，因此，你在WOS中無法實現的整個網頁翻譯的操作，可以在PubMed中實現——儘管我非常不提倡你這樣做。
另外，用PubMed提供的文獻PMID可以在微信公眾號生物學霸中獲取文獻全文。
- 谷歌學術Google Scholar
谷歌學術目前在中國大陸只能使用鏡像網址，不過由於谷歌本身是個搜索引擎的關係，谷歌學術也是能搜到最多相關文獻的檢索引擎，當然了，搜到的越多，就會有更多牛鬼蛇神英法日韓語言的文章出現，誰也無法保證它們的真實性。
另外，像百度一樣會出現的檢索結果重複的問題，谷歌學術也是存在的。
- CNKI中國知網
中國知網的高級檢索也是非常優秀的，相當於中文版的WOS，更重要的是，它可以獲取博士學位論文，這些學位論文也是極好的閱讀材料。
- 各大期刊出版商自己的資料庫
不推薦在期刊的資料庫裡面檢索，會非常的片面，但是在某些特定的時候，比如檢索這個期刊某一領域的文章風格的時候，你可能會用到這種方式。
- 一些集合了引文資料庫與全文資料庫的文獻檢索引擎
推薦這個網站，你可以獲取到全文，還可以按照影響因子排列，某些情況下，GeenMedical比WOS還要好用。網址：http://www.geenmedical.com/search
值得注意的是，還有很多這樣的網站，在此就不多介紹了，有機會會給大家推薦。
- Sci-hub：最大的學術盜版網站，以及Gen-lib：最大的電子書籍盜版網站
Sci-Hub和Gen-Lib一對難兄難弟，被研究者們所喜愛，被各大資本主義出版集團所打壓，搞得Sci-hub不停地更換域名，好像最近http://sci-hub.tw還可以使用。
記住要用文獻的DOI獲取全文，界面是這樣的：
你看的沒錯，SCI-HUB就是為了打破學術壟斷而出現的，可謂是應運而生。它誕生於一名俄羅斯女孩之手，目前這名俄羅斯女孩正面臨著數個出版商的起訴。
Gen-lib是電子書盜版網站，可以在這裡檢索一些專著的PDF，當然我知道你很大概率是不會看的，不過相信你有一天會用到這個網站。
注意紅框中是下載的相關網頁。
看到上方的單詞了嗎，GET IT！
以上是文獻的「調」。
前面說了，下載到全文之後，就是文獻的「研」，
通常，我會通過這麼兩種方式來閱讀英文材料：
- 谷歌瀏覽器應用商店裡面的谷歌翻譯插件，可以順滑地取詞翻譯，十分方便，主要用於在線版的網頁；
- PDF在手機上搭配多看閱讀+歐路詞典，或者在電腦上搭配2345看圖王+Golden dictionary或有道詞典；
這些翻譯插件的效果如下（如果達不到這種效果，那一定是你的打開方式不對）：
谷歌詞典取詞插件需要自己在設置裡面調成自動彈出；
多看閱讀自帶詞典插件，但也可以配合歐路詞典複製取詞。
除了有道詞典，給大家推薦的APP或者軟體都是無廣告的清涼版本，如果你下到的是有廣告的，那你可能是從某些奇怪的應用寶上面下載的，去官網下載即可。
另外，卸載360等軟體可以解決你電腦百分之五十的問題（另外百分之五十可以通過重啟電腦來解決），如果不行，那麼你一定用的是360瀏覽器，如果這樣的話請不要問我如何下載谷歌瀏覽器，請卸載360用IE瀏覽器下載谷歌瀏覽器。
PDF閱讀器有很多，2345看圖王只是其中的一種，如果你有更好的無廣告的PDF閱讀器，可以向我推薦，萬分感謝。
Golden dictionary是自行下載詞典文件的，我用的是劍橋詞典，諸位可以自己下載一些漢英詞典之類的。
前面已經說了一篇研究型文章的主體結構，那麼這次需要說明的是，「研」應該怎樣去閱讀文獻，首先要清楚你是初次接觸這個領域還是已經有些一些了解——初次接觸某個領域，從綜述看起，而且不要忽略文章的前言，相對應的，文章的結果部分你可能看不太懂，可以不深入閱讀。
當你對這個領域有了一定的了解，那麼此時文章的圖表、結果對你而言就是更加重要的部分了，如果不是特別需要，你甚至都不需要去閱讀文章的前言和材料方法部分。
尤其需要注意的是，很多文獻的補充材料Supplementary data中也有著一些有趣的地方，這一點不可忽視。
Q：我讀文獻的時候總是連不成句子怎麼辦？
A：盡量不要用整句整段翻譯，多嘗試取詞之後自行連成一個句子，等到你的英語水平提升了之後自然就可以讀懂了。
Q：需要做文獻筆記嗎？應該怎麼樣進行文獻筆記呢？
A：在精讀文獻的時候是需要進行文獻筆記的，可以嘗試使用PPT來進行文獻筆記，也可以使用Xmind思維導圖的形式，核心是幫你梳理出文獻的脈絡，等你對這個領域已經足夠了解了，就不再需要做筆記即可掌握文獻的研究思路。
Q：怎樣進行文獻拓展？有些內容不懂怎麼辦？
A：關注文章的參考文獻，可以按照這個思路按圖索驥；也可以針對文獻中不懂得問題查閱百科或者詢問前輩，有的時候你也可以針對遇到的問題再次進行文獻檢索——大部分的時候，只讀一篇文獻是形成不了優秀的文獻彙報的。
Q：為什麼鼓勵大家進行文獻彙報？
A：我們都知道講給別人聽是最好的學習方式，同時，你也可以在講述的過程中練就你的學術表達水平，另外，在講的過程中很容易發現自己的邏輯漏洞所在。
Q：看文獻需要很高的英語水平嗎？
A：大多數文章中使用的語法大概等於英語四級水平，尤其是老外寫的文章大多通俗易懂，因此不必擔心英語水平的問題，如果對語意的把握不夠準確，可以先從綜述文章以及前言開始讀起；單純讀文獻是一個很無聊的過程，但如果你把讀的文章整理成思維導圖，就不會很無聊了，也更容易記住——當然，並不是要你背文章。
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喵大俠的生物學
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